2c21

Specificity of the Trypanothione-dependednt Leishmania major Glyoxalase I: Structure and biochemical comparison with the human enzyme

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRYPANOTHIONE-DEPENDENT GLYOXALASE I

LEISHMANIA MAJOR

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	NICKEL (II) ION × 2 (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 1 SODIUM ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	NICKEL (II) ION × 2 (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3 (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 1 SODIUM ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	NICKEL (II) ION × 2 (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q68RJ8_LEIMA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–144； UniProt 1–141 作者链 B； PDB构建体 4–144； UniProt 1–141 作者链 C； PDB构建体 4–144； UniProt 1–141 作者链 D； PDB构建体 4–144； UniProt 1–141 作者链 E； PDB构建体 4–144； UniProt 1–141 作者链 F； PDB构建体 4–144； UniProt 1–141

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2c21
沉积日期 deposition_date	2005-09-23
结构标题 title	Specificity of the Trypanothione-dependednt Leishmania major Glyoxalase I: Structure and biochemical comparison with the human enzyme
关键词 keywords	GLYOXALASE I, LYASE, LEISHMANIA MAJOR, TRYPANOTHIONE, GLUTATHIONYLSPERMIDINE, METHYLGLYOXAL, DETOXIFICATION; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2c21__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2c21__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2c21__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.78 Å
Rg（电子密度）	18.48 Å
总 Rg	19.40 Å
原子数	2275
残基数	278
排除体积	40671 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2c21__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2c21__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2c21__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	TRYPANOTHIONE-DEPENDENT GLYOXALASE I
分子量 formula_weight	16621.9 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	7851

GSHMPSRRMLHTMIRVGDLDRSIKFYTERLGMKVLRKWDVPEDKYTLVFLGYGPEMSSTVLELTYNYGVTSYKHDEAYGHIAIGVEDVKELVADMRKHDVPIDYEDESGFMAFVVDPDGYYIELLNEKTMMEKAEADMKEQGTA

来源 Source

来源生物 organism	LEISHMANIA MAJOR
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5664
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	(4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	839

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d2c21a1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.32 — Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase
超家族 Superfamily superfamily	d.32.1 — Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase
家族 Family family	d.32.1.1 — Glyoxalase I (lactoylglutathione lyase)

结构域编号 domain_id	d2c21b_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.32 — Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase
超家族 Superfamily superfamily	d.32.1 — Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase
家族 Family family	d.32.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2c21c_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.32 — Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase
超家族 Superfamily superfamily	d.32.1 — Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase
家族 Family family	d.32.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2c21d_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.32 — Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase
超家族 Superfamily superfamily	d.32.1 — Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase
家族 Family family	d.32.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2c21e_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.32 — Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase
超家族 Superfamily superfamily	d.32.1 — Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase
家族 Family family	d.32.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2c21f_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.32 — Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase
超家族 Superfamily superfamily	d.32.1 — Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase
家族 Family family	d.32.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	2c21A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	180 — 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1

结构域编号 domain_id	2c21B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	180 — 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1

结构域编号 domain_id	2c21C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	180 — 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1

结构域编号 domain_id	2c21D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	180 — 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1

结构域编号 domain_id	2c21E00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	180 — 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1

结构域编号 domain_id	2c21F00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	180 — 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1

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晶胞边长 a length_a	130.193 Å
晶胞边长 b length_b	148.957 Å
晶胞边长 c length_c	50.698 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	129.100 Å
R 因子 r_factor	0.1570
R_work r_work	0.1550
R_free r_free	0.2010

Specificity of the Trypanothione-dependednt Leishmania major Glyoxalase I: Structure and biochemical comparison with the human enzyme

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRYPANOTHIONE-DEPENDENT GLYOXALASE I

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2c21__assembly_1__model_1

2c21__assembly_1__model_1 | I(q)

2c21__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Specificity of the Trypanothione-dependednt Leishmania major Glyoxalase I: Structure and biochemical comparison with the human enzyme

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRYPANOTHIONE-DEPENDENT GLYOXALASE I

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2c21__assembly_1__model_1

2c21__assembly_1__model_1 | I(q)

2c21__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)