SAXSdb — 2c2n

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MALONYL COA-ACYL CARRIER PROTEIN TRANSACYLASE

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 60–375	片段：RESIDUES 60-375	SO4 SULFATE ION × 6 AE4 3,6,9,12,15-PENTAOXAHEPTADECAN-1-OL × 1 DXE 1,2-DIMETHOXYETHANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；32%PEG4000, 0.25M LI2SO4, 100MM TRIS-HCL, PH8.5, SITTING DROP, 293 K, pH 8.50	分辨率 1.55 Å R-free 0.218
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 60–375	片段：RESIDUES 60-375	SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 AE3 2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；32%PEG4000, 0.25M LI2SO4, 100MM TRIS-HCL, PH8.5, SITTING DROP, 293 K, pH 8.50	分辨率 1.55 Å R-free 0.218

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2C2N	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8CSP Human mitochondrial small subunit assembly intermediate (State A) 提交 2022-05-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：33-meric	链 8 1–390（390 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 K POTASSIUM ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 28 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 ZN ZINC ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.66 Å
8CSQ Human mitochondrial small subunit assembly intermediate (State B) 提交 2022-05-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：33-meric	链 8 1–390（390 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 K POTASSIUM ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 27 ZN ZINC ION × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.54 Å
8CSR Human mitochondrial small subunit assembly intermediate (State C) 提交 2022-05-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：34-meric	链 8 1–390（390 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 K POTASSIUM ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 31 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 ZN ZINC ION × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.54 Å
8CSS Human mitochondrial small subunit assembly intermediate (State D) 提交 2022-05-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：33-meric	链 8 1–390（390 aa）	未记录	SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 K POTASSIUM ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 32 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 ZN ZINC ION × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.36 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FABD_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 24–339； UniProt 60–375 作者链 B； PDB构建体 24–339； UniProt 60–375

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2c2n
沉积日期 deposition_date	2005-09-29
结构标题 title	Structure of human mitochondrial malonyltransferase
关键词 keywords	FATTY ACID SYNTHASE, LIPID SYNTHESIS, MITOCHONDRION TRANSFERASE, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.02 Å
零角强度 I(0) i0	78205100.00
分子量 molecular_weight	69214.0 kDa
排除体积 excluded_volume	86496 Å³
包络体积 envelope_volume	106010 Å³
水化壳体积 shell_volume	31101 Å³
包络直径 envelope_diameter	94.8 Å
壳层 Rg shell_rg	35.76 Å
包络 Rg envelope_rg	28.90 Å
形状 Rg shape_rg	29.05 Å
总 Rg total_rg	29.58 Å
总原子数 total_atoms	4853
残基数 n_residues	625
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	95.7 Å
Rg (实空间) rg_real	29.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.66 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.8210e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0980e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	78200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8890
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.362
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.582
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10730000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.891; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.956; Smooth: 0.926

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	MALONYL COA-ACYL CARRIER PROTEIN TRANSACYLASE
分子量 formula_weight	37654.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5479

MHHHHHHSSGVDLGTENLYFQSMGQCSVLLFPGQGSQVVGMGRGLLNYPRVRELYAAARRVLGYDLLELSLHGPQETLDRTVHCQPAIFVASLAAVEKLHHLQPSVIENCVAAAGFSVGEFAALVFAGAMEFAEGLYAVKIRAEAMQEASEAVPSGMLSVLGQPQSKFNFACLEAREHCKSLGIENPVCEVSNYLFPDCRVISGHQEALRFLQKNSSKFHFRRTRMLPVSGAFHTRLMEPAVEPLTQALKAVDIKKPLVSVYSNVHGHRYRHPGHIHKLLAQQLVSPVKWEQTMHAIYERKKGRGFPQTFEVGPGRQLGAILKSCNMQAWKSYSAVDVL

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	3,6,9,12,15-PENTAOXAHEPTADECAN-1-OL
分子量 formula_weight	266.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-DIMETHOXYETHANE
分子量 formula_weight	90.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANOL
分子量 formula_weight	134.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	575

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2c2nA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	366 — Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2

结构域编号 domain_id	2c2nA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	250 — Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding

结构域编号 domain_id	2c2nB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	366 — Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2

结构域编号 domain_id	2c2nB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	250 — Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	52.573 Å
晶胞边长 b length_b	84.828 Å
晶胞边长 c length_c	74.565 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.43 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.550 Å
最低分辨率 resolution_low	74.330 Å
R 因子 r_factor	0.1790
R_work r_work	0.1780
R_free r_free	0.2180

fit	/app/data/saxs_computation/c2/2c2n/2c2n.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c2/2c2n/2c2n.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c2/2c2n/2c2n.dat

Structure of human mitochondrial malonyltransferase