2c2v

Crystal structure of the CHIP-UBC13-UEV1a complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 1 × 2 （Q13404） STIP1 homology and U box-containing protein 1 × 2 （Q9WUD1） water × 6	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 1 × 2 （Q13404） STIP1 homology and U box-containing protein 1 × 2 （Q9WUD1） water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBE2N_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–154； UniProt 2–152 作者链 E； PDB构建体 4–154； UniProt 2–152 作者链 H； PDB构建体 4–154； UniProt 2–152 作者链 K； PDB构建体 4–154； UniProt 2–152

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 1

Homo sapiens

UniProt Q13404

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N × 2 （P61088） STIP1 homology and U box-containing protein 1 × 2 （Q9WUD1） water × 6	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N × 2 （P61088） STIP1 homology and U box-containing protein 1 × 2 （Q9WUD1） water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UB2V1_HUMAN
Isoform	Q13404-1
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–142； UniProt 80–221 作者链 F； PDB构建体 1–142； UniProt 80–221 作者链 I； PDB构建体 1–142； UniProt 80–221 作者链 L； PDB构建体 1–142； UniProt 80–221

STIP1 homology and U box-containing protein 1

Mus musculus

UniProt Q9WUD1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N × 2 （P61088） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 1 × 2 （Q13404） water × 6	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N × 2 （P61088） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 1 × 2 （Q13404） water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CHIP_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 S； PDB构建体 1–78； UniProt 227–304 作者链 T； PDB构建体 1–78； UniProt 227–304 作者链 U； PDB构建体 1–78； UniProt 227–304 作者链 V； PDB构建体 1–78； UniProt 227–304

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2c2v
沉积日期 deposition_date	2005-09-30
结构标题 title	Crystal structure of the CHIP-UBC13-UEV1a complex
关键词 keywords	CHAPERONE, HEAT-SHOCK PROTEIN COMPLEX, E3 LIGASE, UBIQUITINYLATION, TPR, HEAT-SHOCK PROTEIN; CHAPERONE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2c2v__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2c2v__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2c2v__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	45.02 Å
Rg（电子密度）	45.56 Å
总 Rg	45.46 Å
原子数	5748
残基数	723
排除体积	102760 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2c2v__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2c2v__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N
分子量 formula_weight	17241.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.23
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,H,K
原子数 atom_count	11636

AGSAGLPRRIIKETQRLLAEPVPGIKAEPDESNARYFHVVIAGPQDSPFEGGTFKLELFLPEEYPMAAPKVRFMTKIYHPNVDKLGRICLDILKDKWSPALQIRTVLLSIQALLSAPNPDDPLANDVAEQWKTNEAQAIETARAWTRLYAMNNI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 1
分子量 formula_weight	16095.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I,L

TTGVKVPRNFRLLEELEEGQKGVGDGTVSWGLEDDEDMTLTRWTGMILGPPRTIYENRIYSLKIECGPKYPEAPPFVRFVTKINMNGVNSSNGVVDPRAISVLAKWQNSYSIKVVLQELRRLMMSKENMKLPQPPEGQCYSN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	STIP1 homology and U box-containing protein 1
分子量 formula_weight	9033.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S,T,U,V

DIPDYLCGKISFELMREPCITPSGITYDRKDIEEHLQRVGHFNPVTRSPLTQEQLIPNLAMKEVIDAFISENGWVEDY

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	35

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 26 domains

SCOP 2.08 (14 domains)

结构域编号 domain_id	d2c2vb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.1 — UBC-related

结构域编号 domain_id	d2c2vb3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2c2vc1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.1 — UBC-related

结构域编号 domain_id	d2c2ve_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.1 — UBC-related

结构域编号 domain_id	d2c2vf_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.1 — UBC-related

结构域编号 domain_id	d2c2vh_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.1 — UBC-related

结构域编号 domain_id	d2c2vi_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.1 — UBC-related

结构域编号 domain_id	d2c2vk2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.1 — UBC-related

结构域编号 domain_id	d2c2vk3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2c2vl_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.1 — UBC-related

结构域编号 domain_id	d2c2vs1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.44 — RING/U-box
超家族 Superfamily superfamily	g.44.1 — RING/U-box
家族 Family family	g.44.1.2 — U-box

结构域编号 domain_id	d2c2vt_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.44 — RING/U-box
超家族 Superfamily superfamily	g.44.1 — RING/U-box
家族 Family family	g.44.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2c2vu_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.44 — RING/U-box
超家族 Superfamily superfamily	g.44.1 — RING/U-box
家族 Family family	g.44.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2c2vv_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.44 — RING/U-box
超家族 Superfamily superfamily	g.44.1 — RING/U-box
家族 Family family	g.44.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	2c2vB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	2c2vC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	2c2vE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	2c2vF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	2c2vH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	2c2vI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	2c2vK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	2c2vL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	2c2vS00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

结构域编号 domain_id	2c2vT00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

结构域编号 domain_id	2c2vU00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

结构域编号 domain_id	2c2vV00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

▶

晶胞边长 a length_a	180.310 Å
晶胞边长 b length_b	69.991 Å
晶胞边长 c length_c	204.477 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	106.95 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	196.120 Å
R 因子 r_factor	0.2180
R_work r_work	0.2140
R_free r_free	0.2970

Crystal structure of the CHIP-UBC13-UEV1a complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

STIP1 homology and U box-containing protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2c2v__assembly_2__model_1

2c2v__assembly_2__model_1 | I(q)

2c2v__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 26 domains

SCOP 2.08 (14 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the CHIP-UBC13-UEV1a complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

STIP1 homology and U box-containing protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2c2v__assembly_2__model_1

2c2v__assembly_2__model_1 | I(q)

2c2v__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 26 domains

SCOP 2.08 (14 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)