2c5c

Shiga-like toxin 1 B subunit complexed with a bivalent inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SHIGA-LIKE TOXIN 1 B SUBUNIT

BACTERIOPHAGE H30

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	同源多聚体	蛋白 5 其他聚合物 12	alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 7 alpha-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-galactopyranose × 3 alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose × 2 DIETHYL PROPANE-1,3-DIYLBISCARBAMATE × 4 alpha-D-galactopyranose × 1 water × 4	与蛋白数一致
2	其他组合	同源多聚体	蛋白 5 其他聚合物 8	alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 3 alpha-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-galactopyranose × 3 alpha-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose × 2 DIETHYL PROPANE-1,3-DIYLBISCARBAMATE × 4 SULFATE ION × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SLTB_BPH19
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 B； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 C； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 D； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 E； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 F； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 G； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 H； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 I； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89 作者链 J； PDB构建体 1–69； UniProt 21–89

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2c5c
沉积日期 deposition_date	2005-10-26
结构标题 title	Shiga-like toxin 1 B subunit complexed with a bivalent inhibitor
关键词 keywords	BACTERIAL EXOTOXIN, GB3 BINDING ACTIVITY, BIVALENT LIGAND, PROTEIN-CARBOHYDRATE RECOGNITION, OB FOLD, TOXIN; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2c5c__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2c5c__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2c5c__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.91 Å
Rg（电子密度）	21.69 Å
总 Rg	22.66 Å
原子数	3099
残基数	345
排除体积	55157 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2c5c__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2c5c__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SHIGA-LIKE TOXIN 1 B SUBUNIT
分子量 formula_weight	7698.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J
原子数 atom_count	6136

TPDCVTGKVEYTKYNDDDTFTVKVGDKELFTNRWNLQSLLLSAQITGMTVTIKTNACHNGGGFSEVIFR

来源 Source

来源生物 organism	BACTERIOPHAGE H30
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12371
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	504.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	alpha-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-galactopyranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	504.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	alpha-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	504.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	DIETHYL PROPANE-1,3-DIYLBISCARBAMATE
分子量 formula_weight	218.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	alpha-D-galactopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	18

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_id	d2c5ca_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d2c5cb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d2c5cc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d2c5cd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d2c5ce_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d2c5cf_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d2c5cg_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d2c5ch_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d2c5ci_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d2c5cj_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	2c5cA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	2c5cB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	2c5cC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	2c5cD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	2c5cE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	2c5cF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	2c5cG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	2c5cH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	2c5cI00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	2c5cJ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

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晶胞边长 a length_a	114.313 Å
晶胞边长 b length_b	114.313 Å
晶胞边长 c length_c	406.936 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	180

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.940 Å
最低分辨率 resolution_low	22.760 Å
R 因子 r_factor	0.2010
R_work r_work	0.1980
R_free r_free	0.2670

Shiga-like toxin 1 B subunit complexed with a bivalent inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SHIGA-LIKE TOXIN 1 B SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2c5c__assembly_1__model_1

2c5c__assembly_1__model_1 | I(q)

2c5c__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)

Shiga-like toxin 1 B subunit complexed with a bivalent inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SHIGA-LIKE TOXIN 1 B SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2c5c__assembly_1__model_1

2c5c__assembly_1__model_1 | I(q)

2c5c__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)