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2ca6

MIRAS structure determination from hemihedrally twinned crystals

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 86.1 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RAN GTPASE-ACTIVATING PROTEIN 1

SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE

UniProt P41391

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–386 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；2 MICROLITER PROTEIN (25MG/ML IN 20MM TRIS-HCL PH7.5, 2MMDTE) AND 2 MICROLITER RESERVOIR (24% PEG2000MME, 100MM TRIS PH8.5, 200MM LI2SO4, 20MM MGCL2)., pH 8.50 分辨率 2.20 Å R-free 0.218
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–386 未记录 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；2 MICROLITER PROTEIN (25MG/ML IN 20MM TRIS-HCL PH7.5, 2MMDTE) AND 2 MICROLITER RESERVOIR (24% PEG2000MME, 100MM TRIS PH8.5, 200MM LI2SO4, 20MM MGCL2)., pH 8.50 分辨率 2.20 Å R-free 0.218

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2CA6 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1K5D Crystal structure of Ran-GPPNHP-RanBP1-RanGAP complex 提交 2001-10-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–386（386 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG4000, POTASSIUM ACETATE, TRIS-HCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.70 Å R-free 0.267
1K5D Crystal structure of Ran-GPPNHP-RanBP1-RanGAP complex 提交 2001-10-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 1–386（386 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG4000, POTASSIUM ACETATE, TRIS-HCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.70 Å R-free 0.267
1K5D Crystal structure of Ran-GPPNHP-RanBP1-RanGAP complex 提交 2001-10-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 1–386（386 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG4000, POTASSIUM ACETATE, TRIS-HCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.70 Å R-free 0.267
1K5D Crystal structure of Ran-GPPNHP-RanBP1-RanGAP complex 提交 2001-10-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 L 1–386（386 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG4000, POTASSIUM ACETATE, TRIS-HCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.70 Å R-free 0.267
1K5G Crystal structure of Ran-GDP-AlFx-RanBP1-RanGAP complex 提交 2001-10-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–386（386 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG4000, TRIS-HCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.10 Å R-free 0.269
1K5G Crystal structure of Ran-GDP-AlFx-RanBP1-RanGAP complex 提交 2001-10-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 1–386（386 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG4000, TRIS-HCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.10 Å R-free 0.269
1K5G Crystal structure of Ran-GDP-AlFx-RanBP1-RanGAP complex 提交 2001-10-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 1–386（386 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG4000, TRIS-HCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.10 Å R-free 0.269
1K5G Crystal structure of Ran-GDP-AlFx-RanBP1-RanGAP complex 提交 2001-10-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 L 1–386（386 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG4000, TRIS-HCL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.10 Å R-free 0.269
1YRG THE CRYSTAL STRUCTURE OF RNA1P: A NEW FOLD FOR A GTPASE-ACTIVATING PROTEIN 提交 1999-03-29 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–386（385 aa）
突变：SER2ALA 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；HANGING DROPS MADE FROM 2-4 MICROLITER OF PROTEIN SOLUTION (25 MG/ML RNA1P IN 0.02 M TRIS-HCL, 0.002 M DTE, PH 7.5) AND THE SAME VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION (21-24% PEG 2000 MME, 0.1 M TRIS-HCL, 0.2 M LI2SO4, 0.02 M MGCL2, PH 8.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.66 Å R-free 0.277
1YRG THE CRYSTAL STRUCTURE OF RNA1P: A NEW FOLD FOR A GTPASE-ACTIVATING PROTEIN 提交 1999-03-29 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 2–386（385 aa）
突变：SER2ALA 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；HANGING DROPS MADE FROM 2-4 MICROLITER OF PROTEIN SOLUTION (25 MG/ML RNA1P IN 0.02 M TRIS-HCL, 0.002 M DTE, PH 7.5) AND THE SAME VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION (21-24% PEG 2000 MME, 0.1 M TRIS-HCL, 0.2 M LI2SO4, 0.02 M MGCL2, PH 8.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.66 Å R-free 0.277

共 3 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RNA1_SCHPO
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–386； UniProt 1–386 作者链 B； PDB构建体 1–386； UniProt 1–386

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2ca6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2ca6
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2ca6
沉积日期 deposition_date2005-12-17
结构标题 titleMIRAS structure determination from hemihedrally twinned crystals
关键词 keywords;GAP, GTPASE ACTIVATION, GTPASE-ACTIVATING PROTEIN, HEMIHEDRAL TWINNING, LEUCINE-RICH REPEAT PROTEIN, LRR, MEROHEDRAL TWINNING, MEROHEDRY, RANGAP, RNA1P, SIGNALING PROTEIN, SIGNALING ACTIVATOR, NUCLEAR TRANSPORT, SIGNALING REGULATOR ;; SIGNALING REGULATOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.51 Å
零角强度 I(0) i095693100.00
分子量 molecular_weight76840.0 kDa
排除体积 excluded_volume96246 ų
包络体积 envelope_volume123870 ų
水化壳体积 shell_volume34061 ų
包络直径 envelope_diameter93.7 Å
壳层 Rg shell_rg37.95 Å
包络 Rg envelope_rg28.74 Å
形状 Rg shape_rg29.49 Å
总 Rg total_rg30.36 Å
总原子数 total_atoms5400
残基数 n_residues688
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax86.1 Å
Rg (实空间) rg_real30.31 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.50 Å
I(0) (实空间) i0_real9.5690e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4140e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.40 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal95700000.0000
解质量估计 total_estimate0.9087
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary44.7 Å
偏度 Skewness skewness-0.041
峰度 Kurtosis kurtosis-0.731
角度范围 angular_range— – 0.2600 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha38770000.0000
实空间数据点数 n_real_points53
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.976; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.883
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2ca6a_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
超家族 Superfamily superfamilyc.10.1 — RNI-like
家族 Family familyc.10.1.2 — Rna1p (RanGAP1), N-terminal domain
结构域编号 domain_idd2ca6b_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
超家族 Superfamily superfamilyc.10.1 — RNI-like
家族 Family familyc.10.1.2 — Rna1p (RanGAP1), N-terminal domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2ca6A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease Inhibitor
结构域编号 domain_id2ca6B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease Inhibitor
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8. 引用文献 (3)

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9. 文件与曲线 (10)