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2cal

Crystal structure of His143Met rusticyanin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 48.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RUSTICYANIN

THIOBACILLUS FERROOXIDANS

UniProt P24930

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 35–187 突变：YES CU1 COPPER (I) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 1.10 Å R-free 0.170

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2CAL Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1A3Z REDUCED RUSTICYANIN AT 1.9 ANGSTROMS 提交 1998-01-27 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 33–187（155 aa）
未记录 CU1 COPPER (I) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；VAPOR DIFFUSION IN HANGING DROPS AGAINST 100 MM-SODIUM CITRATE, PH 4.6, 200 MM LITHIUM CHLORIDE AND 25%(W/V) PEG 8000 AT 277K. CRYSTALS SOAKED IN 10MM DITHIONITE FOR 3 DAYS PRIOR TO DATA COLLECTION., vapor diffusion - hanging drop
分辨率 1.90 Å R-free 0.272
1A8Z STRUCTURE DETERMINATION OF A 16.8KDA COPPER PROTEIN RUSTICYANIN AT 2.1A RESOLUTION USING ANOMALOUS SCATTERING DATA WITH DIRECT METHODS 提交 1998-03-30 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 35–187（153 aa）
未记录 CU1 COPPER (I) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 3.8；SIMILAR TO THOSE DESCRIBED IN DJEBLI ET AL., J. MOL. BIOL. 229, 581 (1992)., pH 3.8
分辨率 2.10 Å R-free 0.219
1CUR REDUCED RUSTICYANIN, NMR 提交 1996-04-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–155（155 aa）
未记录 CU COPPER (II) ION × 1 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1GY1 Crystal structures of Ser86Asp and Met148Leu Rusticyanin 提交 2002-04-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 33–187（155 aa）
突变：YES CU COPPER (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5；pH 5.00
分辨率 1.65 Å R-free 0.190
1GY1 Crystal structures of Ser86Asp and Met148Leu Rusticyanin 提交 2002-04-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 33–187（155 aa）
突变：YES CU COPPER (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5；pH 5.00
分辨率 1.65 Å R-free 0.190
1RCY RUSTICYANIN (RC) FROM THIOBACILLUS FERROOXIDANS 提交 1996-04-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 38–187（150 aa）
未记录 CU COPPER (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.6；pH 4.6
分辨率 1.90 Å R-free 0.252
2CAK 1.27Angstrom Structure of Rusticyanin from Thiobacillus ferrooxidans 提交 2005-12-21 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 35–187（153 aa）
未记录 CU1 COPPER (I) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 3.8；pH 3.80
分辨率 1.27 Å R-free 0.138

共 6 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RUS2_THIFE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–154； UniProt 35–187

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2cal

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2cal
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2cal
沉积日期 deposition_date2005-12-21
结构标题 titleCrystal structure of His143Met rusticyanin
关键词 keywords;RUSTICYANIN, IRON RESPIRATORY ELECTRON TRANSPORT CHAIN, BLUE COPPER PROTEIN, ELECTRON TRANSPORT, METAL- BINDING, PERIPLASMIC, TRANSPORT ;; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.14 Å
零角强度 I(0) i04675500.00
分子量 molecular_weight16341.0 kDa
排除体积 excluded_volume20788 ų
包络体积 envelope_volume22176 ų
水化壳体积 shell_volume13150 ų
包络直径 envelope_diameter47.4 Å
壳层 Rg shell_rg20.14 Å
包络 Rg envelope_rg14.45 Å
形状 Rg shape_rg14.10 Å
总 Rg total_rg15.50 Å
总原子数 total_atoms2233
残基数 n_residues153
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax48.7 Å
Rg (实空间) rg_real15.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.27 Å
I(0) (实空间) i0_real4.6760e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.2710e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.12 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal4676000.0000
解质量估计 total_estimate0.8852
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary20.4 Å
偏度 Skewness skewness0.095
峰度 Kurtosis kurtosis-0.372
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1038000.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.841; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.987
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2cala_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.1 — Plastocyanin/azurin-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2calA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)