SAXSdb — 2cay

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VACUOLAR PROTEIN SORTING PROTEIN 36

SACCHAROMYCES CEREVISIAE

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–99 链 A； UniProt 252–289 链 B； UniProt 1–99 链 B； UniProt 252–289	片段：PH DOMAIN, RESIDUES 1-99 AND 252-289	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 9.5；1M AMSO4, 0.2M NACL, 6% GLYCEROL 0.1M TRIS PH 9.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.228

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2CAY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1U5T Structure of the ESCRT-II endosomal trafficking complex 提交 2004-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 396–564（169 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；298 K；Naacetate, hepes, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 3.60 Å R-free 0.288
1W7P The crystal structure of endosomal complex ESCRT-II (VPS22/VPS25/VPS36) 提交 2004-09-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–566（566 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；3.1% PEG35000, 0.1 M TRIS ACETATE PH 8.5, 1.36 M SODIUM FORMIATE, 19% GLYCEROL	分辨率 3.60 Å R-free 0.330
2J9U 2 Angstrom X-ray structure of the yeast ESCRT-I Vps28 C-terminus in complex with the NZF-N domain from ESCRT-II 提交 2006-11-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 110–171（62 aa）片段：RESIDUES 110-176	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；20% ETHANOL, 0.1M KCL, pH 7.40	分辨率 2.00 Å R-free 0.260
2J9U 2 Angstrom X-ray structure of the yeast ESCRT-I Vps28 C-terminus in complex with the NZF-N domain from ESCRT-II 提交 2006-11-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 110–171（62 aa）片段：RESIDUES 110-176	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；20% ETHANOL, 0.1M KCL, pH 7.40	分辨率 2.00 Å R-free 0.260

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VPS36_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 9–107； UniProt 1–99 作者链 A； PDB构建体 108–145； UniProt 252–289 作者链 B； PDB构建体 9–107； UniProt 1–99 作者链 B； PDB构建体 108–145； UniProt 252–289

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2cay
沉积日期 deposition_date	2005-12-23
结构标题 title	Vps36 N-terminal PH domain
关键词 keywords	;TRANSPORT, VPS36, PH DOMAIN, ESCRT-II, LIPID-BINDING, MULTIVESICULAR BODIES, MEMBRANE, METAL-BINDING, PROTEIN TRANSPORT, ZINC, ZINC-FINGER ;; TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.79 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.86 Å
零角强度 I(0) i0	16396200.00
分子量 molecular_weight	30494.0 kDa
排除体积 excluded_volume	38160 Å³
包络体积 envelope_volume	45714 Å³
水化壳体积 shell_volume	19094 Å³
包络直径 envelope_diameter	77.6 Å
壳层 Rg shell_rg	26.32 Å
包络 Rg envelope_rg	21.02 Å
形状 Rg shape_rg	20.81 Å
总 Rg total_rg	21.80 Å
总原子数 total_atoms	2155
残基数 n_residues	262
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	74.1 Å
Rg (实空间) rg_real	21.87 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6400e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2950e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	16400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8620
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.440
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.296
角度范围 angular_range	— – 0.3650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2414000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.786; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.910; Smooth: 0.933

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	VACUOLAR PROTEIN SORTING PROTEIN 36
分子量 formula_weight	16893.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2331

MAHHHHHHMEYWHYVETTSSGQPLLREGEKDIFIDQSVGLYHGKSKILQRQRGRIFLTSQRIIYIDDAKPTQNSLGLELDDLAYVNYSSGFLTRSPRLILFFKDPSSSTEFVQLSFRKSDGVLFSQATERALENILTEKNKHIFN

来源 Source

来源生物 organism	SACCHAROMYCES CEREVISIAE
通用名 common_name	;BAKER'S YEAST ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	176

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2caya1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.55.1 — PH domain-like
家族 Family family	b.55.1.12 — VPS36 N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2caya2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2cayb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.55.1 — PH domain-like
家族 Family family	b.55.1.12 — VPS36 N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2cayb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2cayA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

结构域编号 domain_id	2cayB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	94.451 Å
晶胞边长 b length_b	88.375 Å
晶胞边长 c length_c	45.888 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	44.190 Å
R 因子 r_factor	0.1930
R_work r_work	0.1910
R_free r_free	0.2280

fit	/app/data/saxs_computation/ca/2cay/2cay.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ca/2cay/2cay.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ca/2cay/2cay.dat

Vps36 N-terminal PH domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VACUOLAR PROTEIN SORTING PROTEIN 36

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction