SAXSdb — 2cb3

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PEPTIDOGLYCAN-RECOGNITION PROTEIN-LE

DROSOPHILA MELANOGASTER

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	GLYCEROL × 1 GLCNAC(BETA1-4)-MURNAC(1,6-ANHYDRO)-L-ALA-GAMMA-D-GLU-MESO-A2PM-D-ALA × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	GLCNAC(BETA1-4)-MURNAC(1,6-ANHYDRO)-L-ALA-GAMMA-D-GLU-MESO-A2PM-D-ALA × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	GLCNAC(BETA1-4)-MURNAC(1,6-ANHYDRO)-L-ALA-GAMMA-D-GLU-MESO-A2PM-D-ALA × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	GLCNAC(BETA1-4)-MURNAC(1,6-ANHYDRO)-L-ALA-GAMMA-D-GLU-MESO-A2PM-D-ALA × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PGPLE_DROME
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–175； UniProt 173–345 作者链 B； PDB构建体 3–175； UniProt 173–345 作者链 C； PDB构建体 3–175； UniProt 173–345 作者链 D； PDB构建体 3–175； UniProt 173–345

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2cb3
沉积日期 deposition_date	2005-12-29
结构标题 title	Crystal structure of peptidoglycan recognition protein-LE in complex with tracheal cytotoxin (monomeric diaminopimelic acid-type peptidoglycan)
关键词 keywords	PGRP, TRACHEAL CYTOTOXIN, INNATE IMMUNITY, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2cb3__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2cb3__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2cb3__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	16.39 Å
Rg（电子密度）	15.00 Å
总 Rg	16.19 Å
原子数	1452
残基数	174
排除体积	25630 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2cb3__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2cb3__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2cb3__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2cb3__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PEPTIDOGLYCAN-RECOGNITION PROTEIN-LE
分子量 formula_weight	20035.7 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	5942

GHELSAIIPRSSWLAQKPMDEPLPLQLPVKYVVILHTATESSEKRAINVRLIRDMQSFHIESRGWNDIAYNFLVGCDGNIYEGRGWKTVGAHTLGYNRISLGISFIGCFMKELPTADALNMCRNLLARGVEDGHISTDYRLICHCQCNSTESPGRRLYEEIQTWPHFYNIEEEEQ

来源 Source

来源生物 organism	DROSOPHILA MELANOGASTER
通用名 common_name	FRUIT FLY
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLCNAC(BETA1-4)-MURNAC(1,6-ANHYDRO)-L-ALA-GAMMA-D-GLU-MESO-A2PM-D-ALA
分子量 formula_weight	921.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	205

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2cb3a1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.118 — N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.118.1 — N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like
家族 Family family	d.118.1.1 — N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like

结构域编号 domain_id	d2cb3b_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.118 — N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.118.1 — N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like
家族 Family family	d.118.1.1 — N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like

结构域编号 domain_id	d2cb3c_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.118 — N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.118.1 — N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like
家族 Family family	d.118.1.1 — N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like

结构域编号 domain_id	d2cb3d_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.118 — N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.118.1 — N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like
家族 Family family	d.118.1.1 — N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2cb3A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	80 — Lysozyme-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Peptidoglycan recognition protein-like

结构域编号 domain_id	2cb3B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	80 — Lysozyme-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Peptidoglycan recognition protein-like

结构域编号 domain_id	2cb3C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	80 — Lysozyme-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Peptidoglycan recognition protein-like

结构域编号 domain_id	2cb3D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	80 — Lysozyme-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Peptidoglycan recognition protein-like

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晶胞边长 a length_a	217.530 Å
晶胞边长 b length_b	217.530 Å
晶胞边长 c length_c	217.530 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	96

空间群 space_group	I 2 3
空间群编号 int_tables_number	197
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.1985
R_work r_work	0.1985
R_free r_free	0.2145

Crystal structure of peptidoglycan recognition protein-LE in complex with tracheal cytotoxin (monomeric diaminopimelic acid-type peptidoglycan)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PEPTIDOGLYCAN-RECOGNITION PROTEIN-LE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2cb3__assembly_3__model_1

2cb3__assembly_3__model_1 | I(q)

2cb3__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of peptidoglycan recognition protein-LE in complex with tracheal cytotoxin (monomeric diaminopimelic acid-type peptidoglycan)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PEPTIDOGLYCAN-RECOGNITION PROTEIN-LE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2cb3__assembly_3__model_1

2cb3__assembly_3__model_1 | I(q)

2cb3__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)