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2cls

The crystal structure of the human RND1 GTPase in the active GTP bound state

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 82.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RHO-RELATED GTP-BINDING PROTEIN RHO6

HOMO SAPIENS

UniProt Q92730

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 5–200 片段：RESIDUES 5-200 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；0.2M NAI, 20%(W/V)PEG3350, 0.1M BISTRISPROPANE PH8.5, 10% (V/V) ETHYLENE GLYCOL, 0.5% (V/V) DIMETHYLSULPHOXIDE, pH 8.50 分辨率 2.31 Å R-free 0.236
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 5–200 片段：RESIDUES 5-200 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；0.2M NAI, 20%(W/V)PEG3350, 0.1M BISTRISPROPANE PH8.5, 10% (V/V) ETHYLENE GLYCOL, 0.5% (V/V) DIMETHYLSULPHOXIDE, pH 8.50 分辨率 2.31 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2CLS Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2REX Crystal structure of the effector domain of PLXNB1 bound with Rnd1 GTPase 提交 2007-09-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 5–200（196 aa） 片段：Residues 5-200
未记录 UNX UNKNOWN LIGAND × 15 MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 3350, 0.2M Calcium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.248
2REX Crystal structure of the effector domain of PLXNB1 bound with Rnd1 GTPase 提交 2007-09-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 5–200（196 aa） 片段：Residues 5-200
未记录 UNX UNKNOWN LIGAND × 15 MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 3350, 0.2M Calcium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.248
2REX Crystal structure of the effector domain of PLXNB1 bound with Rnd1 GTPase 提交 2007-09-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 5–200（196 aa） 片段：Residues 5-200
链 D 5–200（196 aa） 片段：Residues 5-200
未记录 UNX UNKNOWN LIGAND × 30 MG MAGNESIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 3350, 0.2M Calcium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.248
2REX Crystal structure of the effector domain of PLXNB1 bound with Rnd1 GTPase 提交 2007-09-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 5–200（196 aa） 片段：Residues 5-200
链 D 5–200（196 aa） 片段：Residues 5-200
未记录 UNX UNKNOWN LIGAND × 60 MG MAGNESIUM ION × 4 CA CALCIUM ION × 4 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 3350, 0.2M Calcium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.248
2REX Crystal structure of the effector domain of PLXNB1 bound with Rnd1 GTPase 提交 2007-09-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 5–200（196 aa） 片段：Residues 5-200
链 D 5–200（196 aa） 片段：Residues 5-200
未记录 UNX UNKNOWN LIGAND × 30 MG MAGNESIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 3350, 0.2M Calcium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.248
3Q3J Crystal structure of plexin A2 RBD in complex with Rnd1 提交 2010-12-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 5–200（196 aa） 片段：UNP residues 5-200
未记录 UNX UNKNOWN LIGAND × 36 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 vapor diffusion, sitting drops；pH 7.5；293 K；The complex sample (2.7 mg/mL) was incubated with 5mM Gpp(NH)p. Crystallization cocktail: 25.5% PEG3350, 0.2 M magnesium chloride, 0.1M Hepes. Seeding was applied in the production of the diffraction-quality crystal., pH 7.5, vapor diffusion, sitting drops, temperature 293K
分辨率 1.97 Å R-free 0.248

共 2 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RND1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–198； UniProt 5–200 作者链 B； PDB构建体 3–198； UniProt 5–200

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2cls

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2cls
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2cls
沉积日期 deposition_date2006-04-28
结构标题 titleThe crystal structure of the human RND1 GTPase in the active GTP bound state
关键词 keywords;NUCLEOTIDE-BINDING, GTP-BINDING PROTEIN RHO6, MEMBRANE, PRENYLATION, LIPOPROTEIN, GTP-BINDING, CYTOSKELETON, SMALL GTPASE, NUCLEOTIDE BINDING PROTEIN ;; NUCLEOTIDE BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.77 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.26 Å
零角强度 I(0) i028009700.00
分子量 molecular_weight39799.0 kDa
排除体积 excluded_volume49373 ų
包络体积 envelope_volume60023 ų
水化壳体积 shell_volume21441 ų
包络直径 envelope_diameter81.6 Å
壳层 Rg shell_rg30.38 Å
包络 Rg envelope_rg24.48 Å
形状 Rg shape_rg24.25 Å
总 Rg total_rg25.00 Å
总原子数 total_atoms2774
残基数 n_residues357
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax82.0 Å
Rg (实空间) rg_real24.87 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.71 Å
I(0) (实空间) i0_real2.8010e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.9450e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal28010000.0000
解质量估计 total_estimate0.7781
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary22.1 Å
偏度 Skewness skewness0.353
峰度 Kurtosis kurtosis-0.667
角度范围 angular_range— – 0.3200 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5275000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.778; Stabil: 0.983; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.831; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2clsa_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins
结构域编号 domain_idd2clsb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2clsA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id2clsB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)