SAXSdb — 2cm4

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

COMPLEMENT INHIBITOR

ORNITHODOROS MOUBATA

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 19–168	突变：YES	ACT ACETATE ION × 1 RCL RICINOLEIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4.6；30% PEG 4000 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.6 0.2 M AMMONIUM ACETATE	分辨率 1.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2CM4	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2CM9 The complement inhibitor OmCI in complex with ricinoleic acid 提交 2006-05-04	结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–168（150 aa）	突变：YES	RCL RICINOLEIC ACID × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；30% PEG 4000 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.6 0.2 M AMMONIUM ACETATE	分辨率 2.30 Å
3ZUI OMCI in complex with palmitoleic acid 提交 2011-07-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–168（150 aa）	未记录	PAM PALMITOLEIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；30% PEG 4000, 0.2 M MGCL2, 0.1 M TRIS PH 8.5.	分辨率 1.71 Å R-free 0.223
3ZUO OMCI in complex with leukotriene B4 提交 2011-07-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–168（150 aa）	未记录	LTB LEUKOTRIENE B4 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.4；21% PEG 4000, 0.2 M SODIUM ACETATE, TRIS 0.1 M PH 8.4.	分辨率 1.86 Å R-free 0.238
3ZUO OMCI in complex with leukotriene B4 提交 2011-07-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 19–168（150 aa）	未记录	LTB LEUKOTRIENE B4 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.4；21% PEG 4000, 0.2 M SODIUM ACETATE, TRIS 0.1 M PH 8.4.	分辨率 1.86 Å R-free 0.238
3ZUO OMCI in complex with leukotriene B4 提交 2011-07-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 19–168（150 aa）	未记录	LTB LEUKOTRIENE B4 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.4；21% PEG 4000, 0.2 M SODIUM ACETATE, TRIS 0.1 M PH 8.4.	分辨率 1.86 Å R-free 0.238
3ZUO OMCI in complex with leukotriene B4 提交 2011-07-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 19–168（150 aa）	未记录	LTB LEUKOTRIENE B4 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.4；21% PEG 4000, 0.2 M SODIUM ACETATE, TRIS 0.1 M PH 8.4.	分辨率 1.86 Å R-free 0.238
5HCC Ternary complex of human Complement C5 with Ornithodoros moubata OmCI and Dermacentor andersoni RaCI3. 提交 2016-01-04	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 19–168（150 aa）	突变：N78Q, N102Q	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 CYS CYSTEINE × 1 DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；294 K；10% PEG 20K, 2% v/v 1,4 Dioxane, 0.1 M Bicine pH 9.0	分辨率 2.59 Å R-free 0.267
5HCD Ternary complex of human Complement C5 with Ornithodoros moubata OmCI and Rhipicephalus microplus RaCI2 提交 2016-01-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 19–168（150 aa）片段：UNP residues 19-168	突变：N78Q, N102Q	CYS CYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；294 K；10% (w/v) PEG 20K, 2%(v/v)1,4 Dioxane, 0.1M Bicine pH 9.0	分辨率 2.98 Å R-free 0.282
5HCE Ternary complex of human Complement C5 with Ornithodoros moubata OmCI and Rhipicephalus appendiculatus RaCI1 提交 2016-01-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 19–168（150 aa）片段：UNP residues 19-168	突变：N78Q, N102Q	CYS CYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；294 K；10% PEG 6K, 0.1 M Bicine pH 9.0	分辨率 3.12 Å R-free 0.281
6RQJ Structure of human complement C5 complexed with tick inhibitors OmCI, RaCI1 and CirpT1 提交 2019-05-15	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 19–168（150 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å

共 7 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5YD59_ORNMO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–150； UniProt 19–168

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2cm4
沉积日期 deposition_date	2006-05-04
结构标题 title	The complement inhibitor OmCI in complex with ricinoleic acid
关键词 keywords	ORNITHODOROS MOUBATA, C5, TICK, OMCI, LIPOCALIN, INHIBITOR, COMPLEMENT; INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.32 Å
零角强度 I(0) i0	5821750.00
分子量 molecular_weight	16627.0 kDa
排除体积 excluded_volume	20494 Å³
包络体积 envelope_volume	23247 Å³
水化壳体积 shell_volume	13526 Å³
包络直径 envelope_diameter	48.0 Å
壳层 Rg shell_rg	20.34 Å
包络 Rg envelope_rg	14.71 Å
形状 Rg shape_rg	14.30 Å
总 Rg total_rg	15.54 Å
总原子数 total_atoms	1162
残基数 n_residues	145
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	48.1 Å
Rg (实空间) rg_real	15.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.18 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.8220e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.0830e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5822000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7279
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.079
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.448
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1221000.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.916; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.256; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.955

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	COMPLEMENT INHIBITOR
分子量 formula_weight	16832.6 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1329

DSESDCTGSEPVDAFQAFSEGKEAYVLVRSTDPKARDCLKGEPAGEKQDNTLPVMMTFKQGTDWASTDWTFTLDGAKVTATLGQLTQNREVVYDSQSHHCHVDKVEKEVPDYEMWMLDAGGLEVEVECCRQKLEELASGRNQMYPHLKDC

来源 Source

来源生物 organism	ORNITHODOROS MOUBATA
通用名 common_name	SOFT TICK
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6938
宿主生物 host_organism	PICHIA METHANOLICA

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	RICINOLEIC ACID
分子量 formula_weight	298.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	159

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2cm4A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Calycin beta-barrel core domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	45.170 Å
晶胞边长 b length_b	55.520 Å
晶胞边长 c length_c	60.620 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	40.900 Å
R 因子 r_factor	0.1690
R_work r_work	0.1690
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/cm/2cm4/2cm4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cm/2cm4/2cm4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cm/2cm4/2cm4.dat

The complement inhibitor OmCI in complex with ricinoleic acid

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

COMPLEMENT INHIBITOR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction