Exosome component 10
Homo sapiens
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 | 链 A； UniProt 483–593 | 片段：HRDC | 无其他共同聚合物 | SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成：1.45mM 13C/15N-PROTEIN; 20mM d-Tris-HCl(pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3 | 90% H2O/10% D2O | 分辨率未提供 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 2CPR | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3SAF Crystal structure of the human RRP6 catalytic domain with D313N mutation in the active site 提交 2011-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
180–606（427 aa）
片段：UNP residues 180-606
|
突变：D313N | MG MAGNESIUM ION × 1 YT3 YTTRIUM (III) ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；6% PEG6000, 1.5 M sodium chloride, 0.4 mM yttrium(III) trichloride, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.240 |
| 3SAF Crystal structure of the human RRP6 catalytic domain with D313N mutation in the active site 提交 2011-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
180–606（427 aa）
片段：UNP residues 180-606
|
突变：D313N | MG MAGNESIUM ION × 1 YT3 YTTRIUM (III) ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；6% PEG6000, 1.5 M sodium chloride, 0.4 mM yttrium(III) trichloride, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.240 |
| 3SAG Crystal structure of the human RRP6 catalytic domain with D313N mutation in the active site 提交 2011-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
180–606（427 aa）
片段：UNP residues 180-606
|
突变：D313N | YT3 YTTRIUM (III) ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；6% PEG6000, 1.5 M sodium chloride, 0.4 mM yttrium(III) trichloride, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.262 |
| 3SAG Crystal structure of the human RRP6 catalytic domain with D313N mutation in the active site 提交 2011-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
180–606（427 aa）
片段：UNP residues 180-606
|
突变：D313N | YT3 YTTRIUM (III) ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；6% PEG6000, 1.5 M sodium chloride, 0.4 mM yttrium(III) trichloride, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.262 |
| 3SAH Crystal structure of the human RRP6 catalytic domain with Y436A mutation in the catalytic site 提交 2011-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
180–606（427 aa）
片段：UNP residues 180-606
|
突变：Y436A | YT3 YTTRIUM (III) ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；6% PEG6000, 1.5 M sodium chloride, 0.4 mM yttrium(III) trichloride, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.265 |
| 3SAH Crystal structure of the human RRP6 catalytic domain with Y436A mutation in the catalytic site 提交 2011-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
180–606（427 aa）
片段：UNP residues 180-606
|
突变：Y436A | YT3 YTTRIUM (III) ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；6% PEG6000, 1.5 M sodium chloride, 0.4 mM yttrium(III) trichloride, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.265 |
| 6D6Q Human nuclear exosome-MTR4 RNA complex - overall reconstruction 提交 2018-04-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric |
链 J
1–648（648 aa）
链 J
705–804（100 aa）
|
突变：D313N 突变：D313N | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；30 sec wait time, 2.5 sec blot time
|
分辨率 3.45 Å |
| 6D6R Human nuclear exosome-MTR4 RNA complex - composite map after focused reconstruction 提交 2018-04-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric |
链 J
1–648（648 aa）
链 J
705–804（100 aa）
|
突变：D313N 突变：D313N | ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；30 sec wait time, 2.5 sec blot time
|
分辨率 3.45 Å |
| 7MQA Cryo-EM structure of the human SSU processome, state post-A1 提交 2021-05-05 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 69 PDB 声明：72-meric |
链 NV
1–885（885 aa）
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未记录 | MG MAGNESIUM ION × 64 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
共 6 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态
查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | EXOSX_HUMAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 8–118； UniProt 483–593 |
