SAXSdb — 2d09

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

putative cytochrome P450

Streptomyces coelicolor

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 FLAVIOLIN × 2 OXYGEN MOLECULE × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9FCA6_STRCO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–404； UniProt 1–404

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2d09
沉积日期 deposition_date	2005-07-30
结构标题 title	A Role for Active Site Water Molecules and Hydroxyl Groups of Substrate for Oxygen Activation in Cytochrome P450 158A2
关键词 keywords	streptomyces, Cytochrome P450 oxidoreductase, CYP158A2, proton transfer, dioxygen activation, Oxidoreductase; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2d09__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2d09__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2d09__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.13 Å
Rg（电子密度）	20.97 Å
总 Rg	21.87 Å
原子数	3177
残基数	404
排除体积	56262 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2d09__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	putative cytochrome P450
分子量 formula_weight	44621.7 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3435

MTEETISQAVPPVRDWPAVDLPGSDFDPVLTELMREGPVTRISLPNGEGWAWLVTRHDDVRLVTNDPRFGREAVMDRQVTRLAPHFIPARGAVGFLDPPDHTRLRRSVAAAFTARGVERVRERSRGMLDELVDAMLRAGPPADLTEAVLSPFPIAVICELMGVPATDRHSMHTWTQLILSSSHGAEVSERAKNEMNAYFSDLIGLRSDSAGEDVTSLLGAAVGRDEITLSEAVGLAVLLQIGGEAVTNNSGQMFHLLLSRPELAERLRSEPEIRPRAIDELLRWIPHRNAVGLSRIALEDVEIKGVRIRAGDAVYVSYLAANRDPEVFPDPDRIDFERSPNPHVSFGFGPHYCPGGMLARLESELLVDAVLDRVPGLKLAVAPEDVPFKKGALIRGPEALPVTWAAA

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces coelicolor
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	100226
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	FLAVIOLIN
分子量 formula_weight	206.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	OXYGEN MOLECULE
分子量 formula_weight	32.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	258

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2d09a1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.104 — Cytochrome P450
超家族 Superfamily superfamily	a.104.1 — Cytochrome P450
家族 Family family	a.104.1.1 — Cytochrome P450

结构域编号 domain_id	d2d09a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2d09A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	630 — Cytochrome p450
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome P450

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晶胞边长 a length_a	55.000 Å
晶胞边长 b length_b	70.935 Å
晶胞边长 c length_c	102.950 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	15.000 Å
R 因子 r_factor	0.2450
R_work r_work	0.2320
R_free r_free	0.2390

A Role for Active Site Water Molecules and Hydroxyl Groups of Substrate for Oxygen Activation in Cytochrome P450 158A2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

putative cytochrome P450

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2d09__assembly_1__model_1

2d09__assembly_1__model_1 | I(q)

2d09__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (2)

A Role for Active Site Water Molecules and Hydroxyl Groups of Substrate for Oxygen Activation in Cytochrome P450 158A2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

putative cytochrome P450

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2d09__assembly_1__model_1

2d09__assembly_1__model_1 | I(q)

2d09__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (2)