2d0v

Crystal structure of methanol dehydrogenase from Hyphomicrobium denitrificans

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

methanol dehydrogenase large subunit

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	methanol dehydrogenase small subunit × 2 （Q4AE23） CALCIUM ION × 2 PYRROLOQUINOLINE QUINONE × 2 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	methanol dehydrogenase small subunit × 2 （Q4AE23） CALCIUM ION × 2 PYRROLOQUINOLINE QUINONE × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q4AE26_9RHIZ
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–597； UniProt 1–597 作者链 D； PDB构建体 1–597； UniProt 1–597 作者链 I； PDB构建体 1–597； UniProt 1–597

methanol dehydrogenase small subunit

物种未注明

UniProt Q4AE23

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	methanol dehydrogenase large subunit × 2 （Q4AE26） CALCIUM ION × 2 PYRROLOQUINOLINE QUINONE × 2 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	methanol dehydrogenase large subunit × 2 （Q4AE26） CALCIUM ION × 2 PYRROLOQUINOLINE QUINONE × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q4AE23_9RHIZ
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–72； UniProt 30–101 作者链 E； PDB构建体 1–72； UniProt 30–101 作者链 J； PDB构建体 1–72； UniProt 30–101

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2d0v
沉积日期 deposition_date	2005-08-09
结构标题 title	Crystal structure of methanol dehydrogenase from Hyphomicrobium denitrificans
关键词 keywords	electron transfer, oxidoreductase, calcium binding, methanol, PQQ; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2d0v__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2d0v__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2d0v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.19 Å
Rg（电子密度）	33.61 Å
总 Rg	34.18 Å
原子数	10530
残基数	1334
排除体积	184970 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2d0v__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2d0v__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	methanol dehydrogenase large subunit
分子量 formula_weight	66173.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.99.8
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,I
原子数 atom_count	16491

NDKLIELSNSNENWVMPGKNYDSNNYSTSTQINVDNVKQLKHAWSFSTGELHGHEGAPLVIGDVMYVHSSFPNKTFALDLNDPGHILWQHSPKQDPAARSVACCDLVNRGLAYWPGDDKTPSLIIKTQLDGHLVALNAKTGEEFWKVENGDIKVGQTLTQAPYVVHDLAIVGSSGAELGVRGHVTAYNVRTGEQAWRYYATGPDAEIGLADDFNSANPHYGQKGLGTATWEGDAWKIGGGTNWGWYAYDPAANLIYYGSGNPAPWNETMRPGDNKWTMTITARDADTGKMKFGYQKTPHDEWDFAGVNVIMLSEQTDKTGKKRKLLTHPDRNGIVYTLDRENGDLISADKLDDTVNVFKTVDLKTGLPVRDPEYGTRMDHKGTDICPSAMGYHNQGHDSYDPQKQLFFMGINHICMDWEPFMLPYRAGQFFVGATLWMYPGPKGDRQNYLGLGQIKAYNAITNEYKWQHMERFSVWGGTLATAGNLVFYGTLDGFLKARNSDTGELVWKHKLPSGVIGYPMTYEHKGVQYIAVMSGVGGWPGVGLVFDLQDPTAGLGAVGAFKNLQNYTQMGGSLEVFSLDGKNPYDDVNVGEYEKG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	methanol dehydrogenase small subunit
分子量 formula_weight	8374.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.99.8
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,J

YDGTHCKAPGNCWEPKPGFPEKIAGSKYDPKHDPKELNKQVESRKGEEERNANRAEHFKKTGKWVYDVKKIQ

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PYRROLOQUINOLINE QUINONE
分子量 formula_weight	330.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	727

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d2d0va_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.70 — 8-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.70.1 — Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like
家族 Family family	b.70.1.1 — Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like

结构域编号 domain_id	d2d0vb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.137 — Non-globular all-alpha subunits of globular proteins
超家族 Superfamily superfamily	a.137.2 — Methanol dehydrogenase subunit
家族 Family family	a.137.2.1 — Methanol dehydrogenase subunit

结构域编号 domain_id	d2d0vd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.70 — 8-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.70.1 — Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like
家族 Family family	b.70.1.1 — Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like

结构域编号 domain_id	d2d0ve_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.137 — Non-globular all-alpha subunits of globular proteins
超家族 Superfamily superfamily	a.137.2 — Methanol dehydrogenase subunit
家族 Family family	a.137.2.1 — Methanol dehydrogenase subunit

结构域编号 domain_id	d2d0vi_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.70 — 8-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.70.1 — Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like
家族 Family family	b.70.1.1 — Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like

结构域编号 domain_id	d2d0vj_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.137 — Non-globular all-alpha subunits of globular proteins
超家族 Superfamily superfamily	a.137.2 — Methanol dehydrogenase subunit
家族 Family family	a.137.2.1 — Methanol dehydrogenase subunit

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	2d0vA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	140 — 8 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methanol Dehydrogenase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily

结构域编号 domain_id	2d0vB00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	160 — Methanol Dehydrogenase; Chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Methanol dehydrogenase, beta subunit

结构域编号 domain_id	2d0vD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	140 — 8 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methanol Dehydrogenase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily

结构域编号 domain_id	2d0vE00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	160 — Methanol Dehydrogenase; Chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Methanol dehydrogenase, beta subunit

结构域编号 domain_id	2d0vI00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	140 — 8 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methanol Dehydrogenase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily

结构域编号 domain_id	2d0vJ00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	160 — Methanol Dehydrogenase; Chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Methanol dehydrogenase, beta subunit

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晶胞边长 a length_a	291.320 Å
晶胞边长 b length_b	63.999 Å
晶胞边长 c length_c	109.941 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	105.74 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.490 Å
最低分辨率 resolution_low	44.600 Å
R 因子 r_factor	0.1585
R_work r_work	0.1486
R_free r_free	0.2469

Crystal structure of methanol dehydrogenase from Hyphomicrobium denitrificans

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

methanol dehydrogenase large subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

methanol dehydrogenase small subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2d0v__assembly_1__model_1

2d0v__assembly_1__model_1 | I(q)

2d0v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of methanol dehydrogenase from Hyphomicrobium denitrificans

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

methanol dehydrogenase large subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

methanol dehydrogenase small subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2d0v__assembly_1__model_1

2d0v__assembly_1__model_1 | I(q)

2d0v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)