2d1p

crystal structure of heterohexameric TusBCD proteins, which are crucial for the tRNA modification

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hypothetical UPF0163 protein yheN

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Hypothetical UPF0116 protein yheM × 2 （P45531） Hypothetical protein yheL × 2 （P45530） water × 6	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Hypothetical UPF0116 protein yheM × 2 （P45531） Hypothetical protein yheL × 2 （P45530） SULFATE ION × 1 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	YHEN_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 13–140； UniProt 1–128 作者链 D； PDB构建体 13–140； UniProt 1–128 作者链 G； PDB构建体 13–140； UniProt 1–128

Hypothetical UPF0116 protein yheM

Escherichia coli

UniProt P45531

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Hypothetical UPF0163 protein yheN × 2 （P45532） Hypothetical protein yheL × 2 （P45530） water × 6	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Hypothetical UPF0163 protein yheN × 2 （P45532） Hypothetical protein yheL × 2 （P45530） SULFATE ION × 1 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	YHEM_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–119； UniProt 1–119 作者链 E； PDB构建体 1–119； UniProt 1–119 作者链 H； PDB构建体 1–119； UniProt 1–119

Hypothetical protein yheL

Escherichia coli

UniProt P45530

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Hypothetical UPF0163 protein yheN × 2 （P45532） Hypothetical UPF0116 protein yheM × 2 （P45531） water × 6	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Hypothetical UPF0163 protein yheN × 2 （P45532） Hypothetical UPF0116 protein yheM × 2 （P45531） SULFATE ION × 1 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	YHEL_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–95； UniProt 1–95 作者链 F； PDB构建体 1–95； UniProt 1–95 作者链 I； PDB构建体 1–95； UniProt 1–95

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2d1p
沉积日期 deposition_date	2005-08-30
结构标题 title	crystal structure of heterohexameric TusBCD proteins, which are crucial for the tRNA modification
关键词 keywords	tRNA modification, sulfur transfer, Structural genomics, TRANSLATION; TRANSLATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2d1p__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2d1p__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2d1p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.11 Å
Rg（电子密度）	23.74 Å
总 Rg	24.75 Å
原子数	5294
残基数	688
排除体积	94304 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2d1p__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2d1p__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Hypothetical UPF0163 protein yheN
分子量 formula_weight	15055.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G
原子数 atom_count	8214

MRGSHHHHHHGSMRFAIVVTGPAYGTQQASSAFQFAQALIADGHELSSVFFYREGVYNANQLTSPASDEFDLVRAWQQLNAQHGVALNICVAAALRRGVVDETEAGRLGLASSNLQQGFTLSGLGALAEASLTCDRVVQF

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Hypothetical UPF0116 protein yheM
分子量 formula_weight	13057.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,H

MKRIAFVFSTAPHGTAAGREGLDALLATSALTDDLAVFFIADGVFQLLPGQKPDAVLARDYIATFKLLGLYDIEQCWVCAASLRERGLDPQTPFVVEATPLEADALRRELANYDVILRF

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Hypothetical protein yheL
分子量 formula_weight	10729.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I

MLHTLHRSPWLTDFAALLRLLSEGDELLLLQDGVTAAVDGNRYLESLRNAPIKVYALNEDLIARGLTGQISNDIILIDYTDFVRLTVKHPSQMAW

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	284

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 21 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d2d1pa1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.114 — DsrEFH-like
超家族 Superfamily superfamily	c.114.1 — DsrEFH-like
家族 Family family	c.114.1.1 — DsrEF-like

结构域编号 domain_id	d2d1pa2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2d1pb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.114 — DsrEFH-like
超家族 Superfamily superfamily	c.114.1 — DsrEFH-like
家族 Family family	c.114.1.1 — DsrEF-like

结构域编号 domain_id	d2d1pc1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.114 — DsrEFH-like
超家族 Superfamily superfamily	c.114.1 — DsrEFH-like
家族 Family family	c.114.1.2 — DsrH-like

结构域编号 domain_id	d2d1pd2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.114 — DsrEFH-like
超家族 Superfamily superfamily	c.114.1 — DsrEFH-like
家族 Family family	c.114.1.1 — DsrEF-like

结构域编号 domain_id	d2d1pd3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2d1pe_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.114 — DsrEFH-like
超家族 Superfamily superfamily	c.114.1 — DsrEFH-like
家族 Family family	c.114.1.1 — DsrEF-like

结构域编号 domain_id	d2d1pf_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.114 — DsrEFH-like
超家族 Superfamily superfamily	c.114.1 — DsrEFH-like
家族 Family family	c.114.1.2 — DsrH-like

结构域编号 domain_id	d2d1pg2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.114 — DsrEFH-like
超家族 Superfamily superfamily	c.114.1 — DsrEFH-like
家族 Family family	c.114.1.1 — DsrEF-like

结构域编号 domain_id	d2d1pg3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2d1ph_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.114 — DsrEFH-like
超家族 Superfamily superfamily	c.114.1 — DsrEFH-like
家族 Family family	c.114.1.1 — DsrEF-like

结构域编号 domain_id	d2d1pi_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.114 — DsrEFH-like
超家族 Superfamily superfamily	c.114.1 — DsrEFH-like
家族 Family family	c.114.1.2 — DsrH-like

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id	2d1pA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1260 — Hypothetical Protein Ychn; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DsrEFH-like

结构域编号 domain_id	2d1pB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1260 — Hypothetical Protein Ychn; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DsrEFH-like

结构域编号 domain_id	2d1pC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1260 — Hypothetical Protein Ychn; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DsrEFH-like

结构域编号 domain_id	2d1pD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1260 — Hypothetical Protein Ychn; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DsrEFH-like

结构域编号 domain_id	2d1pE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1260 — Hypothetical Protein Ychn; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DsrEFH-like

结构域编号 domain_id	2d1pF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1260 — Hypothetical Protein Ychn; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DsrEFH-like

结构域编号 domain_id	2d1pG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1260 — Hypothetical Protein Ychn; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DsrEFH-like

结构域编号 domain_id	2d1pH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1260 — Hypothetical Protein Ychn; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DsrEFH-like

结构域编号 domain_id	2d1pI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1260 — Hypothetical Protein Ychn; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DsrEFH-like

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晶胞边长 a length_a	141.392 Å
晶胞边长 b length_b	141.392 Å
晶胞边长 c length_c	135.686 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.150 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2094
R_work r_work	0.2094
R_free r_free	0.2423

crystal structure of heterohexameric TusBCD proteins, which are crucial for the tRNA modification

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hypothetical UPF0163 protein yheN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Hypothetical UPF0116 protein yheM

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Hypothetical protein yheL

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2d1p__assembly_1__model_1

2d1p__assembly_1__model_1 | I(q)

2d1p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 21 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (9 domains)

7. 引用文献 (1)

crystal structure of heterohexameric TusBCD proteins, which are crucial for the tRNA modification

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hypothetical UPF0163 protein yheN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Hypothetical UPF0116 protein yheM

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Hypothetical protein yheL

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2d1p__assembly_1__model_1

2d1p__assembly_1__model_1 | I(q)

2d1p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 21 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (9 domains)

7. 引用文献 (1)