SAXSdb — 2d1t

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Luciferin 4-monooxygenase

Luciola cruciata

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	CHLORIDE ION × 2 ;5'-O-[N-(DEHYDROLUCIFERYL)-SULFAMOYL] ADENOSINE ; × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LUCI_LUCCR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–548； UniProt 4–548

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2d1t
沉积日期 deposition_date	2005-08-31
结构标题 title	Crystal structure of the thermostable Japanese Firefly Luciferase red-color emission S286N mutant complexed with High-energy intermediate analogue
关键词 keywords	ALPHA/BETA, BETA BARREL, ALPHA+BETA, RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative, RSGI, Structural Genomics, Oxidoreductase; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2d1t__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2d1t__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2d1t__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.27 Å
Rg（电子密度）	23.21 Å
总 Rg	24.15 Å
原子数	4153
残基数	538
排除体积	74732 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2d1t__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Luciferin 4-monooxygenase
分子量 formula_weight	60160.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.13.12.7
突变 mutation	T217I,S286N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5011

MENMENDENIVVGPKPFYPIEEGSAGTQLRKYMERYAKLGAIAFTNAVTGVDYSYAEYLEKSCCLGKALQNYGLVVDGRIALCSENCEEFFIPVIAGLFIGVGVAPTNEIYTLRELVHSLGISKPTIVFSSKKGLDKVITVQKTVTTIKTIVILDSKVDYRGYQCLDTFIKRNTPPGYQASSFKTVEVDRKEQVALIMNSSGSTGLPKGVQLTHENIVTRFSHARDPIYGNQVSPGTAVLTVVPFHHGFGMFTTLGYLICGFRVVMLTKFDEETFLKTLQDYKCTNVILVPTLFAILNKSELLNKYDLSNLVEIASGGAPLSKEVGEAVARRFNLPGVRQGYGLTETTSAIIITPEGDDKPGASGKVVPLFKAKVIDLDTKKSLGPNRRGEVCVKGPMLMKGYVNNPEATKELIDEEGWLHTGDIGYYDEEKHFFIVDRLKSLIKYKGYQVPPAELESVLLQHPSIFDAGVAGVPDPVAGELPGAVVVLESGKNMTEKEVMDYVASQVSNAKRLRGGVRFVDEVPKGLTGKIDGRAIREILKKPVAKM

来源 Source

来源生物 organism	Luciola cruciata
通用名 common_name	Japanese firefly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7051
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;5'-O-[N-(DEHYDROLUCIFERYL)-SULFAMOYL] ADENOSINE ;
分子量 formula_weight	606.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	843

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2d1ta_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.23 — Acetyl-CoA synthetase-like
超家族 Superfamily superfamily	e.23.1 — Acetyl-CoA synthetase-like
家族 Family family	e.23.1.1 — Acetyl-CoA synthetase-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2d1tA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	38 — Luciferase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Luciferase; Domain 3

结构域编号 domain_id	2d1tA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	980 —

结构域编号 domain_id	2d1tA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	980 —

结构域编号 domain_id	2d1tA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	300 — GMP Synthetase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — ANL, C-terminal domain

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晶胞边长 a length_a	57.468 Å
晶胞边长 b length_b	181.174 Å
晶胞边长 c length_c	52.239 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.450 Å
最低分辨率 resolution_low	25.000 Å
R 因子 r_factor	0.1653
R_work r_work	0.1644
R_free r_free	0.1820

Crystal structure of the thermostable Japanese Firefly Luciferase red-color emission S286N mutant complexed with High-energy intermediate analogue

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Luciferin 4-monooxygenase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2d1t__assembly_1__model_1

2d1t__assembly_1__model_1 | I(q)

2d1t__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the thermostable Japanese Firefly Luciferase red-color emission S286N mutant complexed with High-energy intermediate analogue

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Luciferin 4-monooxygenase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2d1t__assembly_1__model_1

2d1t__assembly_1__model_1 | I(q)

2d1t__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)