SAXSdb — 2d2o

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neopullulanase 2

Thermoactinomyces vulgaris

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合同源多聚体蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–585 链 B； UniProt 1–585	突变：D325N	;alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose ; × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；298 K；1.0 % (w/v) polyethylene glycol 6,000, 2.5mM calcium chloride, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.217

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2D2O	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BVZ ALPHA-AMYLASE II (TVAII) FROM THERMOACTINOMYCES VULGARIS R-47 提交 1998-09-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–585（585 aa）片段：N,A,B.C	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.1；pH 6.1	分辨率 2.60 Å R-free 0.272
1BVZ ALPHA-AMYLASE II (TVAII) FROM THERMOACTINOMYCES VULGARIS R-47 提交 1998-09-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–585（585 aa）片段：N,A,B.C	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.1；pH 6.1	分辨率 2.60 Å R-free 0.272
1G1Y CRYSTAL STRUCTURE OF ALPHA-AMYLASE II (TVAII) FROM THERMOACTINOMYCES VULGARIS R-47 AND BETA-CYCLODEXTRIN COMPLEX 提交 2000-10-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–585（585 aa）链 B 1–585（585 aa）	突变：E354A 突变：E354A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；284 K；MES, PEG6000, Calcium chloride, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 284K	分辨率 3.00 Å R-free 0.260
1JF5 CRYSTAL STRUCTURE OF THERMOACTINOMYCES VULGARIS R-47 ALPHA-AMYLASE 2 MUTANT F286A 提交 2001-06-20	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–585（585 aa）链 B 1–585（585 aa）	突变：F286A 突变：F286A	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；298 K；PEG6000, MES, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.273
1JF6 Crystal structure of thermoactinomyces vulgaris r-47 alpha-amylase mutant F286Y 提交 2001-06-20	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–585（585 aa）链 B 1–585（585 aa）	突变：F286Y 突变：F286Y	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；298 K；PEG600, MES, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.282
1JI2 Improved X-ray Structure of Thermoactinomyces vulgaris R-47 alpha-Amylase 2 提交 2001-06-28	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–585（585 aa）链 B 1–585（585 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；298 K；PEG6000, MES, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.224
1JIB Complex of Alpha-amylase II (TVA II) from Thermoactinomyces vulgaris R-47 with Maltotetraose Based on a Crystal Soaked with Maltohexaose. 提交 2001-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–585（585 aa）	突变：D325N	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；292 K；PEG6000, MES, CaCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 3.30 Å R-free 0.304
1JIB Complex of Alpha-amylase II (TVA II) from Thermoactinomyces vulgaris R-47 with Maltotetraose Based on a Crystal Soaked with Maltohexaose. 提交 2001-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–585（585 aa）	突变：D325N	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；292 K；PEG6000, MES, CaCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 3.30 Å R-free 0.304
1JL8 Complex of alpha-amylase II (TVA II) from Thermoactinomyces vulgaris R-47 with beta-cyclodextrin based on a co-crystallization with methyl beta-cyclodextrin 提交 2001-07-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–585（585 aa）	突变：D325N	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；292 K；MES, methyl beta-cyclodextrin, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 3.20 Å R-free 0.255
1JL8 Complex of alpha-amylase II (TVA II) from Thermoactinomyces vulgaris R-47 with beta-cyclodextrin based on a co-crystallization with methyl beta-cyclodextrin 提交 2001-07-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–585（585 aa）	突变：D325N	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；292 K；MES, methyl beta-cyclodextrin, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 3.20 Å R-free 0.255
1VB9 Crystal structure of Thermoactinomyces vulgaris R-47 alpha-amylase II (TVA II) complexed with transglycosylated product 提交 2004-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–585（585 aa）	突变：D325N	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；293 K；PEG6000, calcium chloride, Tris, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.233
1VB9 Crystal structure of Thermoactinomyces vulgaris R-47 alpha-amylase II (TVA II) complexed with transglycosylated product 提交 2004-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–585（585 aa）	突变：D325N	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；293 K；PEG6000, calcium chloride, Tris, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.233
1VFM Crystal structure of Thermoactinomyces vulgaris R-47 alpha-amylase 2/alpha-cyclodextrin complex 提交 2004-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–585（585 aa）	突变：D325N/D421N	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；298 K；PEG20000, calcium chloride, MES, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.90 Å R-free 0.248
1VFM Crystal structure of Thermoactinomyces vulgaris R-47 alpha-amylase 2/alpha-cyclodextrin complex 提交 2004-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–585（585 aa）	突变：D325N/D421N	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；298 K；PEG20000, calcium chloride, MES, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.90 Å R-free 0.248
1VFO Crystal structure of Thermoactinomyces vulgaris R-47 alpha-amylase 2/beta-cyclodextrin complex 提交 2004-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–585（585 aa）	突变：D325N/D421N	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；298 K；PEG20000, calcium chloride, MES, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.81 Å R-free 0.256
1VFO Crystal structure of Thermoactinomyces vulgaris R-47 alpha-amylase 2/beta-cyclodextrin complex 提交 2004-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–585（585 aa）	突变：D325N/D421N	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；298 K；PEG20000, calcium chloride, MES, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.81 Å R-free 0.256
1VFU Crystal structure of Thermoactinomyces vulgaris R-47 amylase 2/gamma-cyclodextrin complex 提交 2004-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–585（585 aa）	突变：D325N/D421N	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；298 K；PEG20000, calcium chloride, MES, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.10 Å R-free 0.284
1VFU Crystal structure of Thermoactinomyces vulgaris R-47 amylase 2/gamma-cyclodextrin complex 提交 2004-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–585（585 aa）	突变：D325N/D421N	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；298 K；PEG20000, calcium chloride, MES, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.10 Å R-free 0.284
1WZK Thermoactinomyces vulgaris R-47 alpha-amylase II (TVA II) mutatnt D465N 提交 2005-03-06	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–585（585 aa）链 B 1–585（585 aa）	突变：D465N 突变：D465N	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；293 K；PEG6000, calcium chloride, Tris, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.248
1WZL Thermoactinomyces vulgaris R-47 alpha-amylase II (TVA II) mutatnt R469L 提交 2005-03-06	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–585（585 aa）链 B 1–585（585 aa）	突变：R469L 突变：R469L	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；293 K；PEG6000, calcium chloride, Tris, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.229
1WZM Thermoactinomyces vulgaris R-47 alpha-amylase II (TVA II) mutatnt R469K 提交 2005-03-06	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–585（585 aa）链 B 1–585（585 aa）	突变：R469K 突变：R469K	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；293 K；PEG6000, calcium chloride, Tris, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.20 Å R-free 0.293
3A6O Crystal structure of Thermoactinomyces vulgaris R-47 alpha-amylase 2/acarbose complex 提交 2009-09-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–585（585 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 ARE ACARBOSE DERIVED PENTASACCHARIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.80 Å R-free 0.231
3A6O Crystal structure of Thermoactinomyces vulgaris R-47 alpha-amylase 2/acarbose complex 提交 2009-09-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–585（585 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 ARE ACARBOSE DERIVED PENTASACCHARIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.80 Å R-free 0.231

共 15 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NEPU2_THEVU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–585； UniProt 1–585 作者链 B； PDB构建体 1–585； UniProt 1–585

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2d2o
沉积日期 deposition_date	2005-09-13
结构标题 title	Structure of a complex of Thermoactinomyces vulgaris R-47 alpha-amylase 2 with maltohexaose demonstrates the important role of aromatic residues at the reducing end of the substrate binding cleft
关键词 keywords	beta/alpha barrel, Hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.49 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.67 Å
零角强度 I(0) i0	285985000.00
分子量 molecular_weight	136980.0 kDa
排除体积 excluded_volume	171320 Å³
包络体积 envelope_volume	203200 Å³
水化壳体积 shell_volume	50671 Å³
包络直径 envelope_diameter	113.0 Å
壳层 Rg shell_rg	40.73 Å
包络 Rg envelope_rg	32.62 Å
形状 Rg shape_rg	32.63 Å
总 Rg total_rg	33.34 Å
总原子数 total_atoms	9688
残基数 n_residues	1170
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	107.0 Å
Rg (实空间) rg_real	33.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.71 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8600e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.8320e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	286000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8986
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.277
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.455
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	84150000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.910; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.950

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Neopullulanase 2
分子量 formula_weight	67553.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.135
突变 mutation	D325N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	10668

MLLEAIFHEAKGSYAYPISETQLRVRLRAKKGDVVRCEVLYADRYASPEEELAHALAGKAGSDERFDYFEALLECSTKRVKYVFLLTGPQGEAVYFGETGFSAERSKAGVFQYAYIHRSEVFTTPEWAKEAVIYQIFPERFANGDPSNDPPGTEQWAKDARPRHDSFYGGDLKGVIDRLPYLEELGVTALYFTPIFASPSHHKYDTADYLAIDPQFGDLPTFRRLVDEAHRRGIKIILDAVFNHAGDQFFAFRDVLQKGEQSRYKDWFFIEDFPVSKTSRTNYETFAVQVPAMPKLRTENPEVKEYLFDVARFWMEQGIDGWRLNVANEVDHAFWREFRRLVKSLNPDALIVGEIWHDASGWLMGDQFDSVMNYLFRESVIRFFATGEIHAERFDAELTRARMLYPEQAAQGLWNLLDSHDTERFLTSCGGNEAKFRLAVLFQMTYLGTPLIYYGDEIGMAGATDPDCRRPMIWEEKEQNRGLFEFYKELIRLRHRLASLTRGNVRSWHADKQANLYAFVRTVQDQHVGVVLNNRGEKQTVLLQVPESGGKTWLDCLTGEEVHGKQGQLKLTLRPYQGMILWNGR

来源 Source

来源生物 organism	Thermoactinomyces vulgaris
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2026
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	;alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	990.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	980

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d2d2oa1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.18 — E set domains
家族 Family family	b.1.18.2 — E-set domains of sugar-utilizing enzymes

结构域编号 domain_id	d2d2oa2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.71 — Glycosyl hydrolase domain
超家族 Superfamily superfamily	b.71.1 — Glycosyl hydrolase domain
家族 Family family	b.71.1.1 — alpha-Amylases, C-terminal beta-sheet domain

结构域编号 domain_id	d2d2oa3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.1 — Amylase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	d2d2ob1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.18 — E set domains
家族 Family family	b.1.18.2 — E-set domains of sugar-utilizing enzymes

结构域编号 domain_id	d2d2ob2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.71 — Glycosyl hydrolase domain
超家族 Superfamily superfamily	b.71.1 — Glycosyl hydrolase domain
家族 Family family	b.71.1.1 — alpha-Amylases, C-terminal beta-sheet domain

结构域编号 domain_id	d2d2ob3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.1 — Amylase, catalytic domain

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	2d2oA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2d2oA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	2d2oA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	400 — Oligo-1,6-glucosidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2

结构域编号 domain_id	2d2oA04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1180 — Golgi alpha-mannosidase II

结构域编号 domain_id	2d2oB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2d2oB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	2d2oB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	400 — Oligo-1,6-glucosidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2

结构域编号 domain_id	2d2oB04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1180 — Golgi alpha-mannosidase II

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	113.690 Å
晶胞边长 b length_b	118.710 Å
晶胞边长 c length_c	112.380 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	46.000 Å
R 因子 r_factor	0.1840
R_work r_work	0.1840
R_free r_free	0.2170

fit	/app/data/saxs_computation/d2/2d2o/2d2o.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d2/2d2o/2d2o.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d2/2d2o/2d2o.dat

Structure of a complex of Thermoactinomyces vulgaris R-47 alpha-amylase 2 with maltohexaose demonstrates the important role of aromatic residues at the reducing end of the substrate binding cleft

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neopullulanase 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction