SAXSdb — 2d7m

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Filamin-C

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1536–1637	片段：Filamin domain	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成：1.22mM Filamin domain U-15N,13C; 20mM d-Tris-HCl(pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2D7M	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1V05 Dimerization of human Filamin C: crystal structure of the domain 24 提交 2004-03-22	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2633–2725（93 aa）片段：ROD DOMAIN, RESIDUES 2633-2725	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；1.6M NA CITRATE, 0.1M HEPES, PH7.5, pH 7.50	分辨率 1.43 Å R-free 0.205
2D7N Solution structure of the 16th Filamin domain from human Filamin C 提交 2005-11-24	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1782–1861（80 aa）片段：Filamin domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1.19mM Filamin domain U-15N,13C; 20mM d-Tris-HCl(pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2D7O Solution structure of the 17th Filamin domain from human Filamin C 提交 2005-11-24	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1856–1953（98 aa）片段：Filamin domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1.16mM Filamin domain U-15N,13C; 20mM d-Tris-HCl(pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2D7P Solution structure of the 22th Filamin domain from human Filamin C 提交 2005-11-24	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2402–2500（99 aa）片段：Filamin domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1.24mM Filamin domain U-15N,13C; 20mM d-Tris-HCl(pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2D7Q Solution structure of the 23th Filamin domain from human Filamin C 提交 2005-11-24	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2500–2599（100 aa）片段：Filamin domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1.13mM Filamin domain U-15N,13C; 20mM d-Tris-HCl(pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2NQC Crystal structure of ig-like domain 23 from human filamin C 提交 2006-10-31	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2495–2598（104 aa）片段：Ig-like domain 23	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1 IMD IMIDAZOLE × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；17.5% PEG 10000, 0.2M imidazole malate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.05 Å R-free 0.237
3V8O Human Filamin C Ig - like Domains 4 and 5 提交 2011-12-23	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 569–761（193 aa）片段：Domains 4 and 5 (UNP residues 569-761)	未记录	K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；1.6M Sodium Potassium Phosphate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.255
3V8O Human Filamin C Ig - like Domains 4 and 5 提交 2011-12-23	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 569–761（193 aa）片段：Domains 4 and 5 (UNP residues 569-761)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；1.6M Sodium Potassium Phosphate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.255
4MGX Crystal structure of human filamin C domains 4-5 and GPIB alpha cytoplasmic domain complex 提交 2013-08-29	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 572–756（185 aa）片段：domains 4 and 5 (UNP residues 572-756)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；297 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 20% w/v PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K	分辨率 3.16 Å R-free 0.277
7OUU Crystal structure of human filamin C domains 14-15 提交 2021-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1534–1736（203 aa）链 B 1534–1736（203 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295.15 K；0.1 M HEPES 7.0, 30 % v/v Jeffamine ED-2003	分辨率 1.47 Å R-free 0.228
7OUV Crystal structure of human filamin C domains 14-15 cardiovascular disease causing mutation S1624L 提交 2021-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1534–1736（203 aa）链 B 1534–1736（203 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；295.15 K；0.1 M SPG pH 5.0, 25% w/v PEG 1500	分辨率 1.80 Å R-free 0.240
7P0E Crystal structure of human filamin C domains 14-15 cardiovascular disease causing mutation G1676R 提交 2021-06-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1534–1736（203 aa）链 B 1534–1736（203 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；295.15 K；0.1 M BIS-TRIS pH 6.0, 26.3 % w/v PEG 3350, 5% w/v Glycerol	分辨率 1.60 Å R-free 0.221
8PA0 cvHsp (HspB7) C131S alpha-crystallin domain - filamin C (FLNC) domain 24 complex 提交 2023-06-06	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2630–2725（96 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 mM HEPES and 20% w/v PEG 8000, pH 7.0	分辨率 2.85 Å R-free 0.291

共 12 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FLNC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 8–109； UniProt 1536–1637

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2d7m
沉积日期 deposition_date	2005-11-24
结构标题 title	Solution structure of the 14th Filamin domain from human Filamin C
关键词 keywords	;beta-sandwich, immunoglobulin-like fold, filamin domain, Structural Genomics, NPPSFA, National Project on Protein Structural and Functional Analyses, RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative, RSGI, STRUCTURAL PROTEIN ;; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.76 Å
零角强度 I(0) i0	834699000.00
分子量 molecular_weight	234360.0 kDa
排除体积 excluded_volume	289030 Å³
包络体积 envelope_volume	31592 Å³
水化壳体积 shell_volume	15238 Å³
包络直径 envelope_diameter	64.7 Å
壳层 Rg shell_rg	23.74 Å
包络 Rg envelope_rg	18.87 Å
形状 Rg shape_rg	14.73 Å
总 Rg total_rg	15.03 Å
总原子数 total_atoms	32520
残基数 n_residues	2300
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	60.1 Å
Rg (实空间) rg_real	15.66 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.47 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.3470e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0690e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.66 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	834700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7878
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	16.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.464
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.067
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	327900.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.536; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.632; Smooth: 0.999

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d2d7ma1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.18 — E set domains
家族 Family family	b.1.18.10 — Filamin repeat (rod domain)

结构域编号 domain_id	d2d7ma2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2d7ma3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2d7mA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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描述 description	Filamin-C
分子量 formula_weight	11749.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	32520

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606

fit	/app/data/saxs_computation/d7/2d7m/2d7m.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d7/2d7m/2d7m.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d7/2d7m/2d7m.dat

Solution structure of the 14th Filamin domain from human Filamin C

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Filamin-C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)