Nuclear factor NF-kappa-B p100 subunit
Homo sapiens
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 | 链 A； UniProt 766–861 | 片段：death domain | 无其他共同聚合物 | SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成：1.15mM death domain U-15N, 13C, 20mM TrisHCl, 100mM NaCl, 1mM DTT, 0.02% NaN3 | 90% H2O/10% D2O | 分辨率未提供 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 2D96 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1A3Q HUMAN NF-KAPPA-B P52 BOUND TO DNA 提交 1998-01-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
37–327（291 aa）
链 B
37–327（291 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；THE PROTEIN-DNA COMPLEX WAS CRYSTALLIZED USING THE HANGING DROP METHOD. THE RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 5% PEG 4000, 5 MM MGSO4, 50 MM MES PH 6.0 AND 3 MM DTT. DROPS CONTAINED A 1:1 MIXTURE OF COMPLEX SOLUTION AND RESERVOIR SOLUTION., vapor diffusion - hanging drop
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.320 |
| 3DO7 X-ray structure of a NF-kB p52/RelB/DNA complex 提交 2008-07-03 | 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 B
37–329（293 aa）
片段：RHR (UNP residues 37-329)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；6% PEG 4000, 50 mM NaCl, 0.1% BOG, 10 mM DTT, 10 mM NaCitrate and 2 mM Spermidine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 3.05 Å R-free 0.273 |
| 4OT9 crystal structure of the C-terminal domain of p100/NF-kB2 提交 2014-02-13 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
407–765（359 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；10% PEG 4000, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 3.35 Å R-free 0.272 |
| 4OT9 crystal structure of the C-terminal domain of p100/NF-kB2 提交 2014-02-13 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
407–765（359 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；10% PEG 4000, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 3.35 Å R-free 0.272 |
| 5ZMC Structural Basis for Reactivation of -146C>T Mutant TERT Promoter by cooperative binding of p52 and ETS1/2 提交 2018-04-02 | 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
35–329（295 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；0.1 M HEPES pH 7.0 and 2.0 M Ammonium sulphate
|
分辨率 2.99 Å R-free 0.288 |
| 7CLI Structure of NF-kB p52 homodimer bound to P-Selectin kB DNA fragment 提交 2020-07-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–398（398 aa）
链 B
1–398（398 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；0.1M Sodium malonate, pH 4.0, 0.2M CsCl, 5% PEG 3350
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.275 |
| 7VUP Structure of NF-kB p52 homodimer bound to +1/-1 swap P-Selectin kB DNA fragment 提交 2021-11-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–398（398 aa）
链 B
1–398（398 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Sodium malonate, pH 4.0, 50mM CsCl, 2.5% PEG 3350
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.286 |
| 7VUQ Structure of NF-kB p52 homodimer bound to A/T-centric P-Selectin kB DNA fragment 提交 2021-11-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–398（398 aa）
链 B
1–398（398 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Sodium malonate, pH 4.0, 50mM CsCl, 2.5% PEG 3350
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分辨率 3.10 Å R-free 0.249 |
| 7W7L Structure of NF-kB p52 homodimer bound to 13-mer A/T-centric P-Selectin kB DNA fragment 提交 2021-12-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–327（327 aa）
链 B
1–327（327 aa）
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未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；50mM MES, pH 6.0, 10mM MgCl2, 10% PEG 3350
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分辨率 3.00 Å R-free 0.258 |
共 8 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态
查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | NFKB2_HUMAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 8–103； UniProt 766–861 |
