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2d9i

Solution structure of the SMR domain of NEDD4-binding protein 2

Method: SOLUTION NMR Dmax: 55.4 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NEDD4-binding protein 2

Homo sapiens

UniProt Q86UW6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1688–1770 片段：SMR domain 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；293 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成：0.99mM 13C, 15N-labeled protein; 20mM d-Tris-HCl(pH7.0);100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3 | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2D9I Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2VKC Solution structure of the B3BP Smr domain 提交 2007-12-18 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1666–1770（105 aa） 片段：RESIDUES 1666-1770
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；308 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 1.0
NMR样品组成 95% WATER/5% D2O
分辨率未提供
3BHB Crystal Structure of KMD Phosphopeptide Bound to Human Class I MHC HLA-A2 提交 2007-11-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 129–138（10 aa） 片段：UNP residues 129-138
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；24% POLYACRYLIC ACID, 0.1M HEPES, 0.09M MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, hanging drop, temperature 298K
分辨率 2.20 Å R-free 0.256
3FAU Crystal Structure of human small-MutS related domain 提交 2008-11-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1691–1770（80 aa） 片段：DNA binding domain
链 B 1691–1770（80 aa） 片段：DNA binding domain
链 C 1691–1770（80 aa） 片段：DNA binding domain
链 D 1691–1770（80 aa） 片段：DNA binding domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 hanging drop；pH 7；293 K；0.1M Ammonium Chloride, 0.1M Mops (pH 7.0), 40% PEG 2000mme, hanging drop, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.242
3FAU Crystal Structure of human small-MutS related domain 提交 2008-11-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1691–1770（80 aa） 片段：DNA binding domain
链 D 1691–1770（80 aa） 片段：DNA binding domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 hanging drop；pH 7；293 K；0.1M Ammonium Chloride, 0.1M Mops (pH 7.0), 40% PEG 2000mme, hanging drop, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.242
3FAU Crystal Structure of human small-MutS related domain 提交 2008-11-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1691–1770（80 aa） 片段：DNA binding domain
链 C 1691–1770（80 aa） 片段：DNA binding domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 hanging drop；pH 7；293 K；0.1M Ammonium Chloride, 0.1M Mops (pH 7.0), 40% PEG 2000mme, hanging drop, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.242

共 3 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 N4BP2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 8–90； UniProt 1688–1770

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2d9i

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2d9i
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2d9i
沉积日期 deposition_date2005-12-09
结构标题 titleSolution structure of the SMR domain of NEDD4-binding protein 2
关键词 keywords;SMR domain, Nedd4-binding protein 2, N4BP2, BCL-3 binding protein, Structural Genomics, NPPSFA, National Project on Protein Structural and Functional Analyses, RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative, RSGI, APOPTOSIS ;; APOPTOSIS
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier14.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron13.95 Å
零角强度 I(0) i0604621000.00
分子量 molecular_weight206340.0 kDa
排除体积 excluded_volume258460 ų
包络体积 envelope_volume37063 ų
水化壳体积 shell_volume17287 ų
包络直径 envelope_diameter61.8 Å
壳层 Rg shell_rg24.24 Å
包络 Rg envelope_rg18.77 Å
形状 Rg shape_rg13.96 Å
总 Rg total_rg14.19 Å
总原子数 total_atoms29340
残基数 n_residues1920
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax55.4 Å
Rg (实空间) rg_real14.94 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.50 Å
I(0) (实空间) i0_real6.0460e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.1160e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal14.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal604600000.0000
解质量估计 total_estimate0.7211
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary49.8 Å
偏度 Skewness skewness0.402
峰度 Kurtosis kurtosis0.019
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha290500.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.499; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.879; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd2d9ia1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.68 — IF3-like
超家族 Superfamily superfamilyd.68.8 — SMR domain-like
家族 Family familyd.68.8.1 — Smr domain
结构域编号 domain_idd2d9ia2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2d9ia3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2d9iA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1370 — Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily110 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)