SAXSdb — 2db3

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-dependent RNA helicase vasa

Drosophila melanogaster

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	单体	蛋白 1 RNA 1	5'-R(UPUPUPUPUPUPUPUPUPU)-3' × 1 MAGNESIUM ION × 1 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 water × 2	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	单体	蛋白 1 RNA 1	5'-R(UPUPUPUPUPUPUPUPUPU)-3' × 1 MAGNESIUM ION × 1 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 water × 2	与全部聚合物一致
3	蛋白–RNA	单体	蛋白 1 RNA 1	5'-R(UPUPUPUPUPUPUPUPUPU)-3' × 1 MAGNESIUM ION × 1 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 water × 2	与全部聚合物一致
4	蛋白–RNA	单体	蛋白 1 RNA 1	5'-R(UPUPUPUPUPUPUPUPUPU)-3' × 1 MAGNESIUM ION × 1 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 water × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VASA_DROME
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 11–434； UniProt 200–623 作者链 B； PDB构建体 11–434； UniProt 200–623 作者链 C； PDB构建体 11–434； UniProt 200–623 作者链 D； PDB构建体 11–434； UniProt 200–623

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2db3
沉积日期 deposition_date	2005-12-14
结构标题 title	Structural basis for RNA unwinding by the DEAD-box protein Drosophila Vasa
关键词 keywords	;DEAD-BOX, HELICASE, PROTEIN-RNA COMPLEX, ATPase, RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative, RSGI, Structural Genomics, HYDROLASE-RNA COMPLEX ;; HYDROLASE/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2db3__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2db3__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2db3__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.11 Å
Rg（电子密度）	21.16 Å
总 Rg	21.93 Å
原子数	3457
残基数	427
排除体积	61166 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2db3__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2db3__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2db3__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2db3__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5'-R(UPUPUPUPUPUPUPUPUPU)-3'
分子量 formula_weight	3016.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	E,F,G,H
原子数 atom_count	15119

UUUUUUUUUU

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ATP-dependent RNA helicase vasa
分子量 formula_weight	48340.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.1.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D

GPLGSPEFPGEFYIPPEPSNDAIEIFSSGIASGIHFSKYNNIPVKVTGSDVPQPIQHFTSADLRDIIIDNVNKSGYKIPTPIQKCSIPVISSGRDLMACAQTGSGKTAAFLLPILSKLLEDPHELELGRPQVVIVSPTRELAIQIFNEARKFAFESYLKIGIVYGGTSFRHQNECITRGCHVVIATPGRLLDFVDRTFITFEDTRFVVLDEADRMLDMGFSEDMRRIMTHVTMRPEHQTLMFSATFPEEIQRMAGEFLKNYVFVAIGIVGGACSDVKQTIYEVNKYAKRSKLIEILSEQADGTIVFVETKRGADFLASFLSEKEFPTTSIHGDRLQSQREQALRDFKNGSMKVLIATSVASRGLDIKNIKHVINYDMPSKIDDYVHRIGRTGRVGNNGRATSFFDPEKDRAIAADLVKILEGSGQTVPDFLRTC

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	506.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1319

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	2db3A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2db3A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2db3B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2db3B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2db3C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2db3C02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2db3D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2db3D02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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晶胞边长 a length_a	71.050 Å
晶胞边长 b length_b	142.331 Å
晶胞边长 c length_c	130.465 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.86 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	39.460 Å
R 因子 r_factor	0.1970
R_work r_work	0.1970
R_free r_free	0.2500

Structural basis for RNA unwinding by the DEAD-box protein Drosophila Vasa

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-dependent RNA helicase vasa

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2db3__assembly_2__model_1

2db3__assembly_2__model_1 | I(q)

2db3__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (2)

Structural basis for RNA unwinding by the DEAD-box protein Drosophila Vasa

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-dependent RNA helicase vasa

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2db3__assembly_2__model_1

2db3__assembly_2__model_1 | I(q)

2db3__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (2)