2dd5

Thiocyanate hydrolase (SCNase) from Thiobacillus thioparus native holo-enzyme

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thiocyanate hydrolase alpha subunit

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Thiocyanate hydrolase beta subunit × 4 （O66186） Thiocyanate hydrolase gamma subunit × 4 （O66188） SULFATE ION × 12 COBALT (III) ION × 4 water × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SCNA_THITI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–126； UniProt 1–125 作者链 D； PDB构建体 2–126； UniProt 1–125 作者链 G； PDB构建体 2–126； UniProt 1–125 作者链 J； PDB构建体 2–126； UniProt 1–125

Thiocyanate hydrolase beta subunit

物种未注明

UniProt O66186

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Thiocyanate hydrolase alpha subunit × 4 （O66187） Thiocyanate hydrolase gamma subunit × 4 （O66188） SULFATE ION × 12 COBALT (III) ION × 4 water × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SCNB_THITI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–157； UniProt 1–156 作者链 E； PDB构建体 2–157； UniProt 1–156 作者链 H； PDB构建体 2–157； UniProt 1–156 作者链 K； PDB构建体 2–157； UniProt 1–156

Thiocyanate hydrolase gamma subunit

物种未注明

UniProt O66188

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Thiocyanate hydrolase alpha subunit × 4 （O66187） Thiocyanate hydrolase beta subunit × 4 （O66186） SULFATE ION × 12 COBALT (III) ION × 4 water × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SCNC_THITI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 2–243； UniProt 1–242 作者链 F； PDB构建体 2–243； UniProt 1–242 作者链 I； PDB构建体 2–243； UniProt 1–242 作者链 L； PDB构建体 2–243； UniProt 1–242

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2dd5
沉积日期 deposition_date	2006-01-19
结构标题 title	Thiocyanate hydrolase (SCNase) from Thiobacillus thioparus native holo-enzyme
关键词 keywords	;hydrolase, cobalt, metalloprotein, sulfenic acid, sulfinic acid, nitrile hydratase, thiocyanate, carbonyl sulfide, claw setting, protein, enzyme, complex, model complex, non-corrin ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2dd5__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2dd5__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2dd5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.30 Å
Rg（电子密度）	37.70 Å
总 Rg	38.22 Å
原子数	15772
残基数	1947
排除体积	279610 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2dd5__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Thiocyanate hydrolase alpha subunit
分子量 formula_weight	14507.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.5.8
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G,J
原子数 atom_count	17962

MSDSHHKPVWDRTHHAKMATGIGDPQCFKGMAGKSKFNVGDRVRIKDLPDLFYTRTMTYTRGATGTIVRLVYESPAAEDEAFGNEENVEWFYSIVFAQKDLWPEYSDTFANDTLETEIPERYLEKA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Thiocyanate hydrolase beta subunit
分子量 formula_weight	18065.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.5.8
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,H,K

MSSSIREEVHRHLGTVALMQPALHQQTHAPAPTEITHTLFRAYTRVPHDVGGEADVPIEYHEKEEEIWELNTFATCECLAWRGVWTAEERRRKQNCDVGQTVYLGMPYYGRWLLTAARILVDKQFVTLTELHNKIVEMRERVASGQGLGEYLPPKAK

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Thiocyanate hydrolase gamma subunit
分子量 formula_weight	27619.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.5.8
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I,L

MSADHDHDHDHDHDHKPAPMVEEVSDFEILEMAVRELAIEKGLFSAEDHRVWKDYVHTLGPLPAARLVAKAWLDPEYKKLCIEDGVEASKAVGVNWVTSPPTQFGTPSDYCNLRVLADSPTLKHVVVCTLCSCYPRPILGQSPEWYRSPNYRRRLVRWPRQVLAEFGLQLPSEVQIRVADSNQKTRYIVMPVRPEGTDGWTEDQLAEIVTRDCLIGVAVPKPGITVNAKRPVLKANRPVHHDH

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	COBALT (III) ION
分子量 formula_weight	58.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2190

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	2dd5A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	2dd5B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Nitrile hydratase, beta subunit

结构域编号 domain_id	2dd5C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	330 — Nitrile Hydratase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma

结构域编号 domain_id	2dd5D00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	2dd5E00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Nitrile hydratase, beta subunit

结构域编号 domain_id	2dd5F00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	330 — Nitrile Hydratase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma

结构域编号 domain_id	2dd5G00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	2dd5H00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Nitrile hydratase, beta subunit

结构域编号 domain_id	2dd5I00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	330 — Nitrile Hydratase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma

结构域编号 domain_id	2dd5J00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	2dd5K00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Nitrile hydratase, beta subunit

结构域编号 domain_id	2dd5L00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	330 — Nitrile Hydratase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma

▶

晶胞边长 a length_a	170.187 Å
晶胞边长 b length_b	170.187 Å
晶胞边长 c length_c	282.469 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	37.800 Å
R 因子 r_factor	0.1850
R_work r_work	0.1850
R_free r_free	0.2050

Thiocyanate hydrolase (SCNase) from Thiobacillus thioparus native holo-enzyme

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thiocyanate hydrolase alpha subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Thiocyanate hydrolase beta subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Thiocyanate hydrolase gamma subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2dd5__assembly_1__model_1

2dd5__assembly_1__model_1 | I(q)

2dd5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Thiocyanate hydrolase (SCNase) from Thiobacillus thioparus native holo-enzyme

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thiocyanate hydrolase alpha subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Thiocyanate hydrolase beta subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Thiocyanate hydrolase gamma subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2dd5__assembly_1__model_1

2dd5__assembly_1__model_1 | I(q)

2dd5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)