2dem

Crystal structure of Uracil-DNA glycosylase in complex with AP:A containing DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 63.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2dem
沉积日期 deposition_date	2006-02-13
结构标题 title	Crystal structure of Uracil-DNA glycosylase in complex with AP:A containing DNA
关键词 keywords	;base excision repair, uracil-DNA glycosylase, Iron/Sulfur cluster, Thermophile, Structural Genomics, NPPSFA, National Project on Protein Structural and Functional Analyses, RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative, RSGI, HYDROLASE-DNA COMPLEX ;; HYDROLASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.79 Å
零角强度 I(0) i0	27212400.00
分子量 molecular_weight	33827.0 kDa
排除体积 excluded_volume	39652 Å³
包络体积 envelope_volume	47308 Å³
水化壳体积 shell_volume	20813 Å³
包络直径 envelope_diameter	64.7 Å
壳层 Rg shell_rg	25.53 Å
包络 Rg envelope_rg	19.03 Å
形状 Rg shape_rg	18.75 Å
总 Rg total_rg	19.67 Å
总原子数 total_atoms	2329
残基数 n_residues	247
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	63.9 Å
Rg (实空间) rg_real	19.98 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7210e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2760e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.01 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	27210000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8926
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.141
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.365
角度范围 angular_range	— – 0.3950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3025000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.875; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.984

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(APTPGPTPTPGPCP(D1P)PTPTPAPGPTPCP*C)-3'
分子量 formula_weight	4457.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	2630

ATGTTGCXTTAGTCC

Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(GPGPAPCPTPAPAPAPGPCPAPAPCPA)-3'
分子量 formula_weight	4306.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

GGACTAAAGCAACA

Entity 3 polymer

描述 description	uracil-DNA glycosylase
分子量 formula_weight	24324.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.2.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MDREAFVQTLTACRLCPRLVAWREEVVGRKRAFRGEPYWARPVPGFGDPEARILLFGLAPGAHGSNRTGRPFTGDASGAFLYPLLHEAGLSSKPESLPGDDLRLYGVYLTAAVRCAPPKNKPTPEELRACARWTEVELGLLPEVRVYVALGRIALEALLAHFGLRKSAHPFRHGAHYPLPGGRHLLASYHVSRQNTQTGRLTREMFLEVLMEAKRLAGL

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	300852
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 non-polymer

描述 description	DIHYDROGENPHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	97.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	ETHANOL
分子量 formula_weight	46.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	301

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2demA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	470 — Uracil-DNA Glycosylase, subunit E
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Uracil-DNA glycosylase-like domain

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	68.920 Å
晶胞边长 b length_b	150.170 Å
晶胞边长 c length_c	93.410 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.950 Å
最低分辨率 resolution_low	37.030 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2000
R_free r_free	0.2250

fit	/app/data/saxs_computation/de/2dem/2dem.fit
pddf	/app/data/pr_computation/de/2dem/2dem.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/de/2dem/2dem.dat

Crystal structure of Uracil-DNA glycosylase in complex with AP:A containing DNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)