SAXSdb — 2dky

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Rho-GTPase-activating protein 7

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–78	片段：SAM-domain	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 AMBIENT NMR样品组成：1.08mM SAM DOMAIN, 20mM d-TRIS-HCL, 100mM NaCl, 1mM d-DTT, 0.02% NaN3, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2DKY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2GYT Solution structure of the SAM (sterile alpha motif) domain of DLC1 (deleted in liver cancer 1) 提交 2006-05-10	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–76（76 aa）片段：sterile alpha motif (SAM) domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM sodium phosphate；压力 1 NMR样品组成 1mM DLC1-SAM 15N, 13C-labaled; 50mM sodium phosphate buffer(pH 7.0); 3mM DTT; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM DLC1-SAM 15N-labaled; 50mM sodium phosphate buffer(pH 7.0); 3mM DTT; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2KAP Solution structure of DLC1-SAM 提交 2008-11-12	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 17–76（60 aa）片段：sterile alpha motif (SAM) domain, UNP residues 17-76	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；298 K；压力 ambient NMR样品组成 1mM DLC1-SAM, 50mM sodium phosphate, 3mM DTT, 5% [U-100% 2H] D2O, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 1mM [U-100% 15N] DLC1-SAM, 50mM sodium phosphate, 3mM DTT, 5% [U-100% 2H] D2O, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 1mM [U-100% 13C; U-100% 15N] DLC1-SAM, 50mM sodium phosphate, 3mM DTT, 5% [U-100% 2H] D2O, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 1mM DLC1-SAM, 50mM sodium phosphate, 3mM DTT, 100 % D2O, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 1mM [U-100% 13C; U-100% 15N] DLC1-SAM, 50mM sodium phosphate, 3mM DTT, 100% D2O, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2LOZ The novel binding mode of DLC1 and Tensin2 PTB domain 提交 2012-01-29	构建体不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 811–824（14 aa）片段：UNP residues 811-824	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.2；压力 ambient NMR样品组成 0.6-0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Tensin2-1, 1.2-1.4 mM DLC1-2, 100 mM potassium phosphate-3, 100 mM potassium chloride-4, 1 mM EDTA-5, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.2-1.4 mM Tensin2-6, 0.6-0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] DLC1-7, 100 mM potassium phosphate-8, 100 mM potassium chloride-9, 1 mM EDTA-10, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.6-0.8 mM [U-100% 13C] Tensin2-11, 1.2-1.4 mM DLC1-12, 100 mM potassium phosphate-13, 100 mM potassium chloride-14, 1 mM EDTA-15, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 1.2-1.4 mM Tensin2-16, 0.6-0.8 mM [U-100% 13C] DLC1-17, 100 mM potassium phosphate-18, 100 mM potassium chloride-19, 1 mM EDTA-20, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
3KUQ Crystal structure of the DLC1 RhoGAP domain 提交 2009-11-27	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1066–1275（210 aa）片段：Rho-GAP domain	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；291 K；30% PEG-3350, 0.2M sodium chloride, 5% glycerol, 0.02M HEPES, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.30 Å R-free 0.260
5FZT The crystal structure of R7R8 in complex with a DLC1 fragment. 提交 2016-03-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 467–489（23 aa）片段：TBS, UNP RESIDUES 467-489	未记录	MLI MALONATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；15% ETHANOL, 0.1 M TRIS PH 7.4 AT 4OC	分辨率 2.10 Å R-free 0.231

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RHG07_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 8–85； UniProt 1–78

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2dky
沉积日期 deposition_date	2006-04-14
结构标题 title	Solution structure of the SAM-domain of Rho-GTPase-activating protein 7
关键词 keywords	;CELL-FREE PROTEIN SYNTHESIS, PROTEIN REGULATION, Structural Genomics, NPPSFA, National Project on Protein Structural and Functional Analyses, RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative, RSGI, SIGNALING PROTEIN ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.47 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.87 Å
零角强度 I(0) i0	611453000.00
分子量 molecular_weight	203370.0 kDa
排除体积 excluded_volume	252640 Å³
包络体积 envelope_volume	43533 Å³
水化壳体积 shell_volume	18728 Å³
包络直径 envelope_diameter	67.0 Å
壳层 Rg shell_rg	25.93 Å
包络 Rg envelope_rg	20.33 Å
形状 Rg shape_rg	14.81 Å
总 Rg total_rg	15.34 Å
总原子数 total_atoms	28320
残基数 n_residues	1820
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	40.7 Å
Rg (实空间) rg_real	14.67 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.05 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.8310e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.0100e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	611500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6823
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	16.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.254
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.499
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	4.7090
最高正则化参数 α highest_alpha	189100.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.002; Oscil: 0.976; Stabil: 0.981; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d2dkya1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.1 — SAM/Pointed domain
家族 Family family	a.60.1.3 — Variant SAM domain

结构域编号 domain_id	d2dkya2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2dkya3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2dkyA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2070 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

描述 description	Rho-GTPase-activating protein 7
分子量 formula_weight	10199.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	28320

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606

Solution structure of the SAM-domain of Rho-GTPase-activating protein 7

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Rho-GTPase-activating protein 7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/dk/2dky/2dky.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dk/2dky/2dky.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dk/2dky/2dky.dat