SAXSdb — 2dsh

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

diphthine synthase

Pyrococcus horikoshii

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	SULFATE ION × 7 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 3 GLYCEROL × 3 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	SULFATE ION × 14 S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 6 GLYCEROL × 6 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPHB_PYRHO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265 作者链 B； PDB构建体 1–265； UniProt 1–265

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2dsh
沉积日期 deposition_date	2006-06-30
结构标题 title	Crystal structure of Lys26 to Tyr mutant of Diphthine synthase
关键词 keywords	;Transferase, Methyltransferase, Structural Genomics, NPPSFA, National Project on Protein Structural and Functional Analyses, RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative, RSGI ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2dsh__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2dsh__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2dsh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.10 Å
Rg（电子密度）	22.74 Å
总 Rg	23.78 Å
原子数	4293
残基数	530
排除体积	77412 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2dsh__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2dsh__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	diphthine synthase
分子量 formula_weight	29647.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.98
突变 mutation	K26Y
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4803

MVLYFIGLGLYDERDITVKGLEIAKYCDYVFAEFYTSLMAGTTLGRIQKLIGKEIRVLSREDVELNFENIVLPLAKENDVAFLTPGDPLVATTHAELRIRAKRAGVESYVIHAPSIYSAVGITGLHIYKFGKSATVAYPEGNWFPTSYYDVIKENAERGLHTLLFLDIKAEKRMYMTANEAMELLLKVEDMKKGGVFTDDTLVVVLARAGSLNPTIRAGYVKDLIREDFGDPPHILIVPGKLHIVEAEYLVEIAGAPREILRVNV

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus horikoshii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	70601
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
分子量 formula_weight	384.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	510

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2dsha_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.90 — Tetrapyrrole methylase
超家族 Superfamily superfamily	c.90.1 — Tetrapyrrole methylase
家族 Family family	c.90.1.1 — Tetrapyrrole methylase

结构域编号 domain_id	d2dshb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.90 — Tetrapyrrole methylase
超家族 Superfamily superfamily	c.90.1 — Tetrapyrrole methylase
家族 Family family	c.90.1.1 — Tetrapyrrole methylase

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2dshA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1010 — Cobalt-precorrin-4 Transmethylase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tetrapyrrole methylase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	2dshA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	950 — Methyltransferase, Cobalt-precorrin-4 Transmethylase; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tetrapyrrole methylase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	2dshB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1010 — Cobalt-precorrin-4 Transmethylase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tetrapyrrole methylase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	2dshB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	950 — Methyltransferase, Cobalt-precorrin-4 Transmethylase; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tetrapyrrole methylase, C-terminal domain

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晶胞边长 a length_a	104.777 Å
晶胞边长 b length_b	104.777 Å
晶胞边长 c length_c	135.844 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.1940
R_work r_work	0.1940
R_free r_free	0.2180

Crystal structure of Lys26 to Tyr mutant of Diphthine synthase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

diphthine synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2dsh__assembly_1__model_1

2dsh__assembly_1__model_1 | I(q)

2dsh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Lys26 to Tyr mutant of Diphthine synthase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

diphthine synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2dsh__assembly_1__model_1

2dsh__assembly_1__model_1 | I(q)

2dsh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)