2dxb

Recombinant thiocyanate hydrolase comprising partially-modified cobalt centers

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thiocyanate hydrolase subunit alpha

Thiobacillus thioparus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Thiocyanate hydrolase subunit beta × 4 （O66186） Thiocyanate hydrolase subunit gamma × 4 （O66188） COBALT (III) ION × 4 PHOSPHATE ION × 4 water × 12	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Thiocyanate hydrolase subunit beta × 4 （O66186） Thiocyanate hydrolase subunit gamma × 4 （O66188） COBALT (III) ION × 4 PHOSPHATE ION × 4 water × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SCNA_THITI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–126； UniProt 0–125 作者链 D； PDB构建体 1–126； UniProt 0–125 作者链 G； PDB构建体 1–126； UniProt 0–125 作者链 J； PDB构建体 1–126； UniProt 0–125 作者链 M； PDB构建体 1–126； UniProt 0–125 作者链 P； PDB构建体 1–126； UniProt 0–125 作者链 S； PDB构建体 1–126； UniProt 0–125 作者链 V； PDB构建体 1–126； UniProt 0–125

Thiocyanate hydrolase subunit beta

Thiobacillus thioparus

UniProt O66186

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Thiocyanate hydrolase subunit alpha × 4 （O66187） Thiocyanate hydrolase subunit gamma × 4 （O66188） COBALT (III) ION × 4 PHOSPHATE ION × 4 water × 12	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Thiocyanate hydrolase subunit alpha × 4 （O66187） Thiocyanate hydrolase subunit gamma × 4 （O66188） COBALT (III) ION × 4 PHOSPHATE ION × 4 water × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SCNB_THITI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–157； UniProt 0–156 作者链 E； PDB构建体 1–157； UniProt 0–156 作者链 H； PDB构建体 1–157； UniProt 0–156 作者链 K； PDB构建体 1–157； UniProt 0–156 作者链 N； PDB构建体 1–157； UniProt 0–156 作者链 Q； PDB构建体 1–157； UniProt 0–156 作者链 T； PDB构建体 1–157； UniProt 0–156 作者链 W； PDB构建体 1–157； UniProt 0–156

Thiocyanate hydrolase subunit gamma

Thiobacillus thioparus

UniProt O66188

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Thiocyanate hydrolase subunit alpha × 4 （O66187） Thiocyanate hydrolase subunit beta × 4 （O66186） COBALT (III) ION × 4 PHOSPHATE ION × 4 water × 12	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Thiocyanate hydrolase subunit alpha × 4 （O66187） Thiocyanate hydrolase subunit beta × 4 （O66186） COBALT (III) ION × 4 PHOSPHATE ION × 4 water × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SCNC_THITI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–243； UniProt 0–242 作者链 F； PDB构建体 1–243； UniProt 0–242 作者链 I； PDB构建体 1–243； UniProt 0–242 作者链 L； PDB构建体 1–243； UniProt 0–242 作者链 O； PDB构建体 1–243； UniProt 0–242 作者链 R； PDB构建体 1–243； UniProt 0–242 作者链 U； PDB构建体 1–243； UniProt 0–242 作者链 X； PDB构建体 1–243； UniProt 0–242

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2dxb
沉积日期 deposition_date	2006-08-25
结构标题 title	Recombinant thiocyanate hydrolase comprising partially-modified cobalt centers
关键词 keywords	;hydrolase, cobalt, metalloprotein, sulfenic acid, sulfinic acid, nitrile hydratase, thiocyanate, carbonyl sulfide, claw setting, protein, enzyme, complex, model complex, non-corrin, post-translational modification, sulfenate, sulfinate ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2dxb__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2dxb__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2dxb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.30 Å
Rg（电子密度）	37.70 Å
总 Rg	38.23 Å
原子数	15725
残基数	1946
排除体积	278970 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2dxb__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2dxb__assembly_2__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Thiocyanate hydrolase subunit alpha
分子量 formula_weight	14507.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.5.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G,J,M,P,S,V
原子数 atom_count	34391

MSDSHHKPVWDRTHHAKMATGIGDPQCFKGMAGKSKFNVGDRVRIKDLPDLFYTRTMTYTRGATGTIVRLVYESPAAEDEAFGNEENVEWFYSIVFAQKDLWPEYSDTFANDTLETEIPERYLEKA

来源 Source

来源生物 organism	Thiobacillus thioparus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	931
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Thiocyanate hydrolase subunit beta
分子量 formula_weight	18065.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.5.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,H,K,N,Q,T,W

MSSSIREEVHRHLGTVALMQPALHQQTHAPAPTEITHTLFRAYTRVPHDVGGEADVPIEYHEKEEEIWELNTFATCECLAWRGVWTAEERRRKQNCDVGQTVYLGMPYYGRWLLTAARILVDKQFVTLTELHNKIVEMRERVASGQGLGEYLPPKAK

来源 Source

来源生物 organism	Thiobacillus thioparus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	931
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Thiocyanate hydrolase subunit gamma
分子量 formula_weight	27619.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.5.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I,L,O,R,U,X

MSADHDHDHDHDHDHKPAPMVEEVSDFEILEMAVRELAIEKGLFSAEDHRVWKDYVHTLGPLPAARLVAKAWLDPEYKKLCIEDGVEASKAVGVNWVTSPPTQFGTPSDYCNLRVLADSPTLKHVVVCTLCSCYPRPILGQSPEWYRSPNYRRRLVRWPRQVLAEFGLQLPSEVQIRVADSNQKTRYIVMPVRPEGTDGWTEDQLAEIVTRDCLIGVAVPKPGITVNAKRPVLKANRPVHHDH

来源 Source

来源生物 organism	Thiobacillus thioparus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	931
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	COBALT (III) ION
分子量 formula_weight	58.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2941

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

结构域编号 domain_id	2dxbA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	2dxbB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Nitrile hydratase, beta subunit

结构域编号 domain_id	2dxbC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	330 — Nitrile Hydratase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma

结构域编号 domain_id	2dxbD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	2dxbE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Nitrile hydratase, beta subunit

结构域编号 domain_id	2dxbF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	330 — Nitrile Hydratase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma

结构域编号 domain_id	2dxbG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	2dxbH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Nitrile hydratase, beta subunit

结构域编号 domain_id	2dxbI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	330 — Nitrile Hydratase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma

结构域编号 domain_id	2dxbJ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	2dxbK00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Nitrile hydratase, beta subunit

结构域编号 domain_id	2dxbL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	330 — Nitrile Hydratase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma

结构域编号 domain_id	2dxbM00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	2dxbN00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Nitrile hydratase, beta subunit

结构域编号 domain_id	2dxbO00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	330 — Nitrile Hydratase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma

结构域编号 domain_id	2dxbP00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	2dxbQ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Nitrile hydratase, beta subunit

结构域编号 domain_id	2dxbR00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	330 — Nitrile Hydratase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma

结构域编号 domain_id	2dxbS00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	2dxbT00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Nitrile hydratase, beta subunit

结构域编号 domain_id	2dxbU00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	330 — Nitrile Hydratase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma

结构域编号 domain_id	2dxbV00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	2dxbW00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Nitrile hydratase, beta subunit

结构域编号 domain_id	2dxbX00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	330 — Nitrile Hydratase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma

▶

晶胞边长 a length_a	114.874 Å
晶胞边长 b length_b	245.141 Å
晶胞边长 c length_c	244.653 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.250 Å
最低分辨率 resolution_low	49.410 Å
R 因子 r_factor	0.1710
R_work r_work	0.1710
R_free r_free	0.1980

Recombinant thiocyanate hydrolase comprising partially-modified cobalt centers

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thiocyanate hydrolase subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Thiocyanate hydrolase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Thiocyanate hydrolase subunit gamma

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2dxb__assembly_1__model_1

2dxb__assembly_1__model_1 | I(q)

2dxb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)

Recombinant thiocyanate hydrolase comprising partially-modified cobalt centers

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thiocyanate hydrolase subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Thiocyanate hydrolase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Thiocyanate hydrolase subunit gamma

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2dxb__assembly_1__model_1

2dxb__assembly_1__model_1 | I(q)

2dxb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)