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2e7n

Solution structure of the second Bromodomain from human Bromodomain-containing protein 3

Method: SOLUTION NMR Dmax: 52.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bromodomain-containing protein 3

Homo sapiens

UniProt Q15059

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 306–415 片段：Bromodomain 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成：1.22mM 13C,15N-labeled protein; 20mM d-Tris-HCl(pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O; 10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2E7N Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
24OS Crystal Structure of BRD3 BD1 domain in complex with small molecule inhibitor IBET-762 提交 2026-03-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 24–143（120 aa） 片段：BD1 domain
链 B 24–143（120 aa） 片段：BD1 domain
未记录 EAM 2-[(4S)-6-(4-chlorophenyl)-8-methoxy-1-methyl-4H-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepin-4-yl]-N-ethylacetamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；10mM HEPES (pH 7.5),150mM NaCl, 0.5mM TCEP
分辨率 1.83 Å R-free 0.314
2NXB Crystal structure of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) 提交 2006-11-17 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 24–144（121 aa） 片段：bromo 1 domain
未记录 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.20M KSCN, 0.1M BTPop, 20% PEG3350, 10% EtGly, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.40 Å R-free 0.185
2NXB Crystal structure of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) 提交 2006-11-17 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 24–144（121 aa） 片段：bromo 1 domain
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.20M KSCN, 0.1M BTPop, 20% PEG3350, 10% EtGly, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.40 Å R-free 0.185
2OO1 Crystal structure of the Bromo domain 2 of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) 提交 2007-01-25 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 307–416（110 aa） 片段：Bromo 2 Domain
未记录 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2M NaF, 0.1M BTProp, 20% PEG3350, 10% EtGly, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.70 Å R-free 0.213
2OO1 Crystal structure of the Bromo domain 2 of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) 提交 2007-01-25 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 307–416（110 aa） 片段：Bromo 2 Domain
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2M NaF, 0.1M BTProp, 20% PEG3350, 10% EtGly, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.70 Å R-free 0.213
2OO1 Crystal structure of the Bromo domain 2 of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) 提交 2007-01-25 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 307–416（110 aa） 片段：Bromo 2 Domain
未记录 7PE 2-(2-(2-(2-(2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHANOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2M NaF, 0.1M BTProp, 20% PEG3350, 10% EtGly, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.70 Å R-free 0.213
2OO1 Crystal structure of the Bromo domain 2 of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) 提交 2007-01-25 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 307–416（110 aa） 片段：Bromo 2 Domain
未记录 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2M NaF, 0.1M BTProp, 20% PEG3350, 10% EtGly, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.70 Å R-free 0.213
2YW5 Solution structure of the bromodomain from human bromodomain containing protein 3 提交 2007-04-19 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 25–155（131 aa） 片段：UNP residues 25-155, bromodomain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成 1.2mM 13C/15N-PROTEIN; 20mM d-Tris-HCl(pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
3S91 Crystal Structure of the first bromodomain of human BRD3 in complex with the inhibitor JQ1 提交 2011-05-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 24–144（121 aa）
未记录 JQ1 (6S)-6-(2-tert-butoxy-2-oxoethyl)-4-(4-chlorophenyl)-2,3,9-trimethyl-6,7-dihydrothieno[3,2-f][1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]diazepin-10-ium × 2 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；277 K；14% isopropanol, 0.14M CaCl2, 30% glycerol, 0.7M acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.06 Å R-free 0.233
3S92 Crystal Structure of the second bromodomain of human BRD3 in complex with the inhibitor JQ1 提交 2011-05-31 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 306–416（111 aa）
未记录 JQ1 (6S)-6-(2-tert-butoxy-2-oxoethyl)-4-(4-chlorophenyl)-2,3,9-trimethyl-6,7-dihydrothieno[3,2-f][1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]diazepin-10-ium × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；20% PEG 3350, 0.2M (NH4)2Hcit, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.36 Å R-free 0.186
5A7C Crystal structure of the second bromodomain of human BRD3 in complex with compound 提交 2015-07-03 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 306–416（111 aa） 片段：BROMO 2 DOMAIN, RESIDUES 306-416
未记录 5D4 N-(6-ACETAMIDOHEXYL)ACETAMIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；19% PEG 6000, 0.1M HEPES PH 7.0
分辨率 1.90 Å R-free 0.256
5A7C Crystal structure of the second bromodomain of human BRD3 in complex with compound 提交 2015-07-03 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 306–416（111 aa） 片段：BROMO 2 DOMAIN, RESIDUES 306-416
未记录 5D4 N-(6-ACETAMIDOHEXYL)ACETAMIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；19% PEG 6000, 0.1M HEPES PH 7.0
分辨率 1.90 Å R-free 0.256
5A7C Crystal structure of the second bromodomain of human BRD3 in complex with compound 提交 2015-07-03 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 306–416（111 aa） 片段：BROMO 2 DOMAIN, RESIDUES 306-416
未记录 5D4 N-(6-ACETAMIDOHEXYL)ACETAMIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；19% PEG 6000, 0.1M HEPES PH 7.0
分辨率 1.90 Å R-free 0.256
5A7C Crystal structure of the second bromodomain of human BRD3 in complex with compound 提交 2015-07-03 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 306–416（111 aa） 片段：BROMO 2 DOMAIN, RESIDUES 306-416
未记录 5D4 N-(6-ACETAMIDOHEXYL)ACETAMIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；19% PEG 6000, 0.1M HEPES PH 7.0
分辨率 1.90 Å R-free 0.256
5HFR Crystal structure of the second bromodomain H395R mutant of human BRD3 提交 2016-01-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 306–416（111 aa） 片段：UNP residues 306-416
突变：H395R NO3 NITRATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M sodium nitrate, 10 % PEG 3350, 5 % EDO, 0.1 M bis tris prop. pH 6.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.221
5HFR Crystal structure of the second bromodomain H395R mutant of human BRD3 提交 2016-01-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 306–416（111 aa） 片段：UNP residues 306-416
突变：H395R EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M sodium nitrate, 10 % PEG 3350, 5 % EDO, 0.1 M bis tris prop. pH 6.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.221
5HFR Crystal structure of the second bromodomain H395R mutant of human BRD3 提交 2016-01-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 306–416（111 aa） 片段：UNP residues 306-416
突变：H395R EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M sodium nitrate, 10 % PEG 3350, 5 % EDO, 0.1 M bis tris prop. pH 6.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.221
5HFR Crystal structure of the second bromodomain H395R mutant of human BRD3 提交 2016-01-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 306–416（111 aa） 片段：UNP residues 306-416
突变：H395R EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M sodium nitrate, 10 % PEG 3350, 5 % EDO, 0.1 M bis tris prop. pH 6.5
分辨率 1.70 Å R-free 0.221
5HJC BRD3 second bromodomain in complex with histone H3 acetylation at K18 提交 2016-01-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 307–416（110 aa） 片段：second bromodomain, UNP residues 307-416
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；30%(w/v) polyethylene glycol methyl ether 5000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES, 0.1 M guanidine hydrochloride
分辨率 2.60 Å R-free 0.269
6BGG Solution NMR structures of the BRD3 ET domain in complex with a CHD4 peptide 提交 2017-10-28 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 557–644（88 aa） 片段：unp residues 557-644
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）.2；压力 1
NMR样品组成 500 uM [U-13C; U-15N] BRD3, 500 uM CHD4, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 500 uM [U-13C; U-15N] BRD3, 500 uM CHD4, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 500 uM BRD3, 500 uM CHD4, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
6BGH Solution NMR structure of Brd3 ET domain bound to Brg1 peptide 提交 2017-10-28 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 557–643（87 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 NaCl；压力 1
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 NaCl；压力 1
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50 NaCl；压力 1
NMR样品组成 300 uM Brd3_ET, 600 uM Brg1, 0.02 % Roche Complete Protease Inhibitor, 166 uM DSS, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 300 uM [U-15N] Brd3_ET, 600 uM Brg1, 0.02 % Roche Complete Protease Inhibitor, 166 uM DSS, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 300 uM [U-13C; U-15N] Brd3_ET, 600 uM Brg1, 0.02 % Roche Complete Protease Inhibitor, 166 uM DSS, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
6I41 Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (wild-type) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-08 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 245–253（9 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；100 mM Tris pH 8.5, 200 mM NaCl, 25% (w/v) PEG3350
分辨率 1.90 Å R-free 0.238
6I5P Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (E47K) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-14 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 245–253（9 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；200mM Ammonium Acetate, 100mM Tris pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3350
分辨率 1.81 Å R-free 0.227
6I5P Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (E47K) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-14 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 245–253（9 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；200mM Ammonium Acetate, 100mM Tris pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3350
分辨率 1.81 Å R-free 0.227
6I5P Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (E47K) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-14 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 245–253（9 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；200mM Ammonium Acetate, 100mM Tris pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3350
分辨率 1.81 Å R-free 0.227
6I5P Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (E47K) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-14 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 245–253（9 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；200mM Ammonium Acetate, 100mM Tris pH 8.5, 25% (w/v) PEG 3350
分辨率 1.81 Å R-free 0.227
6I68 Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (M117V) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-15 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 245–253（9 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；200 mM Sodium formate, 100 mM Bis Tris propane pH 7.5, 20% (w/v) PEG 3350
分辨率 1.85 Å R-free 0.237
6I68 Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (M117V) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-15 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 245–253（9 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；200 mM Sodium formate, 100 mM Bis Tris propane pH 7.5, 20% (w/v) PEG 3350
分辨率 1.85 Å R-free 0.237
6I68 Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (M117V) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-15 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 245–253（9 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；200 mM Sodium formate, 100 mM Bis Tris propane pH 7.5, 20% (w/v) PEG 3350
分辨率 1.85 Å R-free 0.237
6I68 Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (M117V) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-15 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 245–253（9 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；200 mM Sodium formate, 100 mM Bis Tris propane pH 7.5, 20% (w/v) PEG 3350
分辨率 1.85 Å R-free 0.237
6I7A Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (D140N) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 245–253（9 aa）
链 F 245–253（9 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；294 K；200 mM Sodium chloride, 100 mM HEPES pH 7.0, 20% (w/v) PEG 6000
分辨率 2.20 Å R-free 0.234
6I7A Co-crystal structure of human SPOP MATH domain (D140N) and human BRD3 fragment 提交 2018-11-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 245–253（9 aa）
链 H 245–253（9 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；294 K；200 mM Sodium chloride, 100 mM HEPES pH 7.0, 20% (w/v) PEG 6000
分辨率 2.20 Å R-free 0.234
6QJU Crystal structure of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) in complex with 3-bromo-1H-indazol-5-amine 提交 2019-01-25 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 24–144（121 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 SCN THIOCYANATE ION × 1 J58 3-bromanyl-2~{H}-indazol-5-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.20 M KSCN, 0.1 M BTPop, 20% PEG3350, 10% EtGly, soaked with 14% DMSO containing 42mM 3-bromo-1H-imidazol-5-amine
分辨率 1.20 Å R-free 0.160
6QJU Crystal structure of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) in complex with 3-bromo-1H-indazol-5-amine 提交 2019-01-25 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 24–144（121 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.20 M KSCN, 0.1 M BTPop, 20% PEG3350, 10% EtGly, soaked with 14% DMSO containing 42mM 3-bromo-1H-imidazol-5-amine
分辨率 1.20 Å R-free 0.160
6U4A BRD3-BD1 in complex with the cyclic peptide 3.1_3 提交 2019-08-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 25–147（123 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Sodium sulfate 0.1 M Bis-Tris propane 8.5 20 % w/v PEG 3350
分辨率 1.88 Å R-free 0.188
6U4A BRD3-BD1 in complex with the cyclic peptide 3.1_3 提交 2019-08-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 25–147（123 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Sodium sulfate 0.1 M Bis-Tris propane 8.5 20 % w/v PEG 3350
分辨率 1.88 Å R-free 0.188
6ULP BRD3-BD2 in complex with the cyclic peptide 3.2_3 提交 2019-10-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 307–419（113 aa） 片段：second bromodomain
链 B 307–419（113 aa） 片段：second bromodomain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；0.2 M Calcium chloride dihydrate, 0.1 M Tris 8.0, 20 % w/v PEG 6000
分辨率 2.80 Å R-free 0.248
7JMY Solution NMR structure of human Brd3 ET domain 提交 2020-08-03 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 554–640（87 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NaCl；压力 1
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NaCl；压力 1
NMR样品组成 0.5 mM [U-15N] Brd3 ET Domain, 100 mM sodium chloride, 20 mM Na3PO4, 2 mM 2-mercapto ethanol, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] Brd3 ET Domain, 100 mM sodium chloride, 20 mM Na3PO4, 2 mM beta-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
7JQ8 Solution NMR structure of human Brd3 ET domain 提交 2020-08-10 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 554–640（87 aa） 片段：NET domain, residues 554-640
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NaCl；压力 1
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NaCl；压力 1
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NaCl；压力 1
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NaCl；压力 1
NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] MLV IN TP, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Brd3 ET, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.5 mM Brd3 ET, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.5 mM Brd3 ET, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
7JYN Solution NMR structure of human Brd3 ET complexed with NSD3(148-184) peptide 提交 2020-08-31 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 554–640（87 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 1
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 1
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 1
NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NSD3(148-184), 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.25 mM NSD3(148-184), 0.25 mM U-100% 13C; U-100% 15 Brd3ET, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.25 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NSD3(148-184), 0.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Brd3ET, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
7JYZ Solution NMR structure and dynamics of human Brd3 ET in complex with MLV IN CTD 提交 2020-09-01 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 554–640（87 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 1
NMR测量条件 pH 7.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 1
NMR样品组成 0.25 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Brd3 ET, 0.25 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] MLV-IN-CTD, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.25 mM [U-15N] Brd3 ET, 0.25 mM [U-15N] MLV-IN-CTD, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
7L72 Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRD3 bound to Ro3280 提交 2020-12-25 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 306–416（111 aa）
未记录 79C 4-[(9-cyclopentyl-7,7-difluoro-5-methyl-6-oxo-6,7,8,9-tetrahydro-5H-pyrimido[4,5-b][1,4]diazepin-2-yl)amino]-3-methoxy-N-(1-methylpiperidin-4-yl)benzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M L-Proline, 0.1 M HEPES pH 7.5, 10 % w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 1.50 Å R-free 0.182
7L9L Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRD3 bound to BI2536 提交 2021-01-04 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 306–416（111 aa）
未记录 R78 4-{[(7R)-8-cyclopentyl-7-ethyl-5-methyl-6-oxo-5,6,7,8-tetrahydropteridin-2-yl]amino}-3-methoxy-N-(1-methylpiperidin-4-yl)benzamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 10 % w/v Polyethylene glycol 6,000, 5 % v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol
分辨率 1.55 Å R-free 0.178
7LAY Crystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRD3 bound to SG3-179 提交 2021-01-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 24–144（121 aa）
未记录 5W2 4-[[4-[[3-(~{tert}-butylsulfonylamino)-4-chloranyl-phenyl]amino]-5-methyl-pyrimidin-2-yl]amino]-2-fluoranyl-~{N}-(1-methylpiperidin-4-yl)benzamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 25 % w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 1.45 Å R-free 0.188
7LAY Crystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRD3 bound to SG3-179 提交 2021-01-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 24–144（121 aa）
未记录 5W2 4-[[4-[[3-(~{tert}-butylsulfonylamino)-4-chloranyl-phenyl]amino]-5-methyl-pyrimidin-2-yl]amino]-2-fluoranyl-~{N}-(1-methylpiperidin-4-yl)benzamide × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 25 % w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 1.45 Å R-free 0.188
7LAZ Crystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRD3 bound to ERK5-IN-1 提交 2021-01-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 24–144（121 aa）
未记录 VYJ 11-cyclopentyl-2-({2-ethoxy-4-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)piperidine-1-carbonyl]phenyl}amino)-5-methyl-5,11-dihydro-6H-pyrimido[4,5-b][1,4]benzodiazepin-6-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 4.3 M Sodium chloride
分辨率 2.30 Å R-free 0.240
7LAZ Crystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRD3 bound to ERK5-IN-1 提交 2021-01-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 24–144（121 aa）
未记录 VYJ 11-cyclopentyl-2-({2-ethoxy-4-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)piperidine-1-carbonyl]phenyl}amino)-5-methyl-5,11-dihydro-6H-pyrimido[4,5-b][1,4]benzodiazepin-6-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 4.3 M Sodium chloride
分辨率 2.30 Å R-free 0.240
7LB4 Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRD3 bound to bromosporine 提交 2021-01-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 306–416（111 aa）
未记录 BMF Bromosporine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 10 % w/v Polyethylene glycol 6,000, 5 % v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol
分辨率 2.00 Å R-free 0.229
7LB4 Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRD3 bound to bromosporine 提交 2021-01-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 306–416（111 aa）
未记录 BMF Bromosporine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 10 % w/v Polyethylene glycol 6,000, 5 % v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol
分辨率 2.00 Å R-free 0.229
7LBT Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRD3 bound to ERK5-IN-1 提交 2021-01-08 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 306–416（111 aa）
未记录 VYJ 11-cyclopentyl-2-({2-ethoxy-4-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)piperidine-1-carbonyl]phenyl}amino)-5-methyl-5,11-dihydro-6H-pyrimido[4,5-b][1,4]benzodiazepin-6-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.12 M Alcohols (0.2M 1,6-Hexanediol; 0.2M 1-Butanol, 0.2M 1,2-Propanediol; 0.2M 2-Propanol; 0.2M 1,4-Butanediol; 0.2M 1,3-Propanediol), 0.1MBuffer System 3 (pH 8.5 Tris (base) and BICINE 1.0M each), 37.5% v/vPrecipitant Mix 4 (25% v/v MPD; 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350)
分辨率 2.70 Å R-free 0.232
7LBT Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRD3 bound to ERK5-IN-1 提交 2021-01-08 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 306–416（111 aa）
未记录 VYJ 11-cyclopentyl-2-({2-ethoxy-4-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)piperidine-1-carbonyl]phenyl}amino)-5-methyl-5,11-dihydro-6H-pyrimido[4,5-b][1,4]benzodiazepin-6-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.12 M Alcohols (0.2M 1,6-Hexanediol; 0.2M 1-Butanol, 0.2M 1,2-Propanediol; 0.2M 2-Propanol; 0.2M 1,4-Butanediol; 0.2M 1,3-Propanediol), 0.1MBuffer System 3 (pH 8.5 Tris (base) and BICINE 1.0M each), 37.5% v/vPrecipitant Mix 4 (25% v/v MPD; 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350)
分辨率 2.70 Å R-free 0.232
7LBT Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRD3 bound to ERK5-IN-1 提交 2021-01-08 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 306–416（111 aa）
未记录 VYJ 11-cyclopentyl-2-({2-ethoxy-4-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)piperidine-1-carbonyl]phenyl}amino)-5-methyl-5,11-dihydro-6H-pyrimido[4,5-b][1,4]benzodiazepin-6-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.12 M Alcohols (0.2M 1,6-Hexanediol; 0.2M 1-Butanol, 0.2M 1,2-Propanediol; 0.2M 2-Propanol; 0.2M 1,4-Butanediol; 0.2M 1,3-Propanediol), 0.1MBuffer System 3 (pH 8.5 Tris (base) and BICINE 1.0M each), 37.5% v/vPrecipitant Mix 4 (25% v/v MPD; 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350)
分辨率 2.70 Å R-free 0.232
7LBT Crystal structure of the second bromodomain (BD2) of human BRD3 bound to ERK5-IN-1 提交 2021-01-08 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 306–416（111 aa）
未记录 VYJ 11-cyclopentyl-2-({2-ethoxy-4-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)piperidine-1-carbonyl]phenyl}amino)-5-methyl-5,11-dihydro-6H-pyrimido[4,5-b][1,4]benzodiazepin-6-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.12 M Alcohols (0.2M 1,6-Hexanediol; 0.2M 1-Butanol, 0.2M 1,2-Propanediol; 0.2M 2-Propanol; 0.2M 1,4-Butanediol; 0.2M 1,3-Propanediol), 0.1MBuffer System 3 (pH 8.5 Tris (base) and BICINE 1.0M each), 37.5% v/vPrecipitant Mix 4 (25% v/v MPD; 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350)
分辨率 2.70 Å R-free 0.232
7R8R Physachenolide C with Bromodomain (BRD3-BD1) 提交 2021-06-27 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 24–144（121 aa）
未记录 8L6 Physachenolide C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；10mM CaCl, 50mM Tris-HCl pH 8.5, 30% w/v PEG 4000
分辨率 1.80 Å R-free 0.235
7RJK Crystal structure of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) in complex with hnRNPK 提交 2021-07-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 24–144（121 aa） 片段：UNP residues 24-144
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；292 K；2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.2 M potassium/sodium tartrate tetrahydrate
分辨率 1.85 Å R-free 0.217
7RJK Crystal structure of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) in complex with hnRNPK 提交 2021-07-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 24–144（121 aa） 片段：UNP residues 24-144
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；292 K；2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.2 M potassium/sodium tartrate tetrahydrate
分辨率 1.85 Å R-free 0.217
7RJL Crystal structure of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) in complex with SHMT 提交 2021-07-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 24–144（121 aa） 片段：UNP residues 24-144
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；292 K；35% v/v Tacsimate
分辨率 1.50 Å R-free 0.185
7RJL Crystal structure of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) in complex with SHMT 提交 2021-07-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 24–144（121 aa） 片段：UNP residues 24-144
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；292 K；35% v/v Tacsimate
分辨率 1.50 Å R-free 0.185
7RJM Crystal structure of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) in complex with ILF3 提交 2021-07-21 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 24–144（121 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；292 K；25% w/v PEG3350, 0.1 M Bis-Tris, 0.2 M sodium chloride
分辨率 2.10 Å R-free 0.237
7RJM Crystal structure of human Bromodomain containing protein 3 (BRD3) in complex with ILF3 提交 2021-07-21 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 24–144（121 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；292 K；25% w/v PEG3350, 0.1 M Bis-Tris, 0.2 M sodium chloride
分辨率 2.10 Å R-free 0.237
7RJN Crystal structure of human bromodomain containing protein 3 (BRD3) in complex with BCLTF1 提交 2021-07-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 24–144（121 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；292 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate trihydrate, 30% w/v PEG4000
分辨率 1.95 Å R-free 0.234
7RJN Crystal structure of human bromodomain containing protein 3 (BRD3) in complex with BCLTF1 提交 2021-07-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 24–144（121 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；292 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate trihydrate, 30% w/v PEG4000
分辨率 1.95 Å R-free 0.234
7S3P BD2 domain of human BRD3 bound to Physachenolide C 提交 2021-09-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 K 306–416（111 aa）
未记录 8L6 Physachenolide C × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Sodium chloride 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 25% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.89 Å R-free 0.240
7S3P BD2 domain of human BRD3 bound to Physachenolide C 提交 2021-09-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 10 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 I 306–416（111 aa）
未记录 8L6 Physachenolide C × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Sodium chloride 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 25% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.89 Å R-free 0.240
7S3P BD2 domain of human BRD3 bound to Physachenolide C 提交 2021-09-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 11 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 J 306–416（111 aa）
未记录 8L6 Physachenolide C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Sodium chloride 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 25% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.89 Å R-free 0.240
7S3P BD2 domain of human BRD3 bound to Physachenolide C 提交 2021-09-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 306–416（111 aa）
未记录 8L6 Physachenolide C × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Sodium chloride 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 25% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.89 Å R-free 0.240
7S3P BD2 domain of human BRD3 bound to Physachenolide C 提交 2021-09-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 306–416（111 aa）
未记录 8L6 Physachenolide C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Sodium chloride 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 25% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.89 Å R-free 0.240
7S3P BD2 domain of human BRD3 bound to Physachenolide C 提交 2021-09-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 306–416（111 aa）
未记录 8L6 Physachenolide C × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Sodium chloride 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 25% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.89 Å R-free 0.240
7S3P BD2 domain of human BRD3 bound to Physachenolide C 提交 2021-09-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 306–416（111 aa）
未记录 8L6 Physachenolide C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Sodium chloride 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 25% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.89 Å R-free 0.240
7S3P BD2 domain of human BRD3 bound to Physachenolide C 提交 2021-09-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 306–416（111 aa）
未记录 8L6 Physachenolide C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Sodium chloride 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 25% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.89 Å R-free 0.240
7S3P BD2 domain of human BRD3 bound to Physachenolide C 提交 2021-09-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 F 306–416（111 aa）
未记录 8L6 Physachenolide C × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Sodium chloride 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 25% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.89 Å R-free 0.240
7S3P BD2 domain of human BRD3 bound to Physachenolide C 提交 2021-09-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 8 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 G 306–416（111 aa）
未记录 8L6 Physachenolide C × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Sodium chloride 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 25% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.89 Å R-free 0.240
7S3P BD2 domain of human BRD3 bound to Physachenolide C 提交 2021-09-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 9 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 H 306–416（111 aa）
未记录 8L6 Physachenolide C × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Sodium chloride 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5 25% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.89 Å R-free 0.240
7TO7 BRD3-BD1 in complex with RaPID linear peptide 1xAcK.4XE (monoAcK.4xE) 提交 2022-01-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–147（123 aa） 片段：BD1 (UNP residues 25-147)
链 B 25–147（123 aa） 片段：BD1 (UNP residues 25-147)
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M PCTP, pH 4.0, 25% w/v PEG1500
分辨率 1.93 Å R-free 0.251
7TO7 BRD3-BD1 in complex with RaPID linear peptide 1xAcK.4XE (monoAcK.4xE) 提交 2022-01-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 25–147（123 aa） 片段：BD1 (UNP residues 25-147)
链 E 25–147（123 aa） 片段：BD1 (UNP residues 25-147)
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M PCTP, pH 4.0, 25% w/v PEG1500
分辨率 1.93 Å R-free 0.251
7TO8 BRD3-BD1 in complex with RaPID linear peptide 2xAcK.1 (diAcK.1) 提交 2022-01-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–147（123 aa） 片段：BD1 (UNP residues 25-147)
链 B 25–147（123 aa） 片段：BD1 (UNP residues 25-147)
未记录 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M MMT, pH 6.0, 25% w/v PEG1500
分辨率 1.50 Å R-free 0.200
7TO9 BRD3-BD1 in complex with RaPID linear peptide 2xAcK.4xE (diAcK.4xE) 提交 2022-01-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–147（123 aa）
链 B 25–147（123 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.2 M sodium chloride, 10% v/v 2-propanol
分辨率 1.60 Å R-free 0.227
7TOA BRD3-BD1 in complex with RaPID linear peptide 3xAcK.1 (triAcK.1) 提交 2022-01-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 32–147（116 aa） 片段：BD1 (UNP residues 32-147)
链 B 32–147（116 aa） 片段：BD1 (UNP residues 32-147)
未记录 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 25% w/v PEG3350
分辨率 1.41 Å R-free 0.196
7UG5 Second bromodomain of BRD3 liganded with BMS-536924 提交 2022-03-23 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 306–416（111 aa）
未记录 N6I (3M)-4-{[(2S)-2-(3-chlorophenyl)-2-hydroxyethyl]amino}-3-[4-methyl-6-(morpholin-4-yl)-1H-benzimidazol-2-yl]pyridin-2(1H)-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.05M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M HEPES pH7.5, 30% v/v Polyethylene glycol monomethyl ether 550
分辨率 1.80 Å R-free 0.224
7UG5 Second bromodomain of BRD3 liganded with BMS-536924 提交 2022-03-23 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 306–416（111 aa）
未记录 N6I (3M)-4-{[(2S)-2-(3-chlorophenyl)-2-hydroxyethyl]amino}-3-[4-methyl-6-(morpholin-4-yl)-1H-benzimidazol-2-yl]pyridin-2(1H)-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.05M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M HEPES pH7.5, 30% v/v Polyethylene glycol monomethyl ether 550
分辨率 1.80 Å R-free 0.224
7UG5 Second bromodomain of BRD3 liganded with BMS-536924 提交 2022-03-23 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 306–416（111 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.05M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M HEPES pH7.5, 30% v/v Polyethylene glycol monomethyl ether 550
分辨率 1.80 Å R-free 0.224
7UG5 Second bromodomain of BRD3 liganded with BMS-536924 提交 2022-03-23 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 306–416（111 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.05M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M HEPES pH7.5, 30% v/v Polyethylene glycol monomethyl ether 550
分辨率 1.80 Å R-free 0.224
8B5A Human BRD3 bromodomain 2 in complex with a H4 peptide containing ApmTri (H4K20ApmTri) 提交 2022-09-22 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 307–416（110 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；200 mM potassium sodium tatrate 100 mM sodium citrate pH 5.6 2 M ammonium sulfate
分辨率 1.92 Å R-free 0.250
8CV5 Peptide 4.2B in complex with BRD3.2 提交 2022-05-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 307–419（113 aa） 片段：BD2 (UNP residues 307-419)
未记录 ACE ACETYL GROUP × 1 NH2 AMINO GROUP × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M sodium sulfate, 20% w/v PEG3350
分辨率 1.47 Å R-free 0.197
9MPF BRD3-BD1 in complex with cyclic peptide 2.1B 提交 2024-12-30 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 25–147（123 aa） 片段：BD1 (UNP residues 25-147)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M Phosphate/citrate pH 4.2, 20 % w/v PEG 1000
分辨率 2.70 Å R-free 0.219
9MPH BRD3-BD1 in complex with cyclic peptide 4.1D 提交 2024-12-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 25–147（123 aa） 片段：BD1 (UNP residues 25-147)
链 D 25–147（123 aa） 片段：BD1 (UNP residues 25-147)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M lithium chloride pH 6.8, 20% (w/v) PEG3350
分辨率 2.25 Å R-free 0.249
9MPH BRD3-BD1 in complex with cyclic peptide 4.1D 提交 2024-12-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 25–147（123 aa） 片段：BD1 (UNP residues 25-147)
链 C 25–147（123 aa） 片段：BD1 (UNP residues 25-147)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M lithium chloride pH 6.8, 20% (w/v) PEG3350
分辨率 2.25 Å R-free 0.249
9MPK BRD3-BD1 in complex with cyclic peptide 2.1C-Y5A 提交 2024-12-30 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 25–147（123 aa） 片段：BD1 (UNP residues 25-147)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Sodium citrate pH 5.5, 20 % w/v PEG 3000
分辨率 2.70 Å R-free 0.295
9MPK BRD3-BD1 in complex with cyclic peptide 2.1C-Y5A 提交 2024-12-30 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 25–147（123 aa） 片段：BD1 (UNP residues 25-147)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Sodium citrate pH 5.5, 20 % w/v PEG 3000
分辨率 2.70 Å R-free 0.295
9MPK BRD3-BD1 in complex with cyclic peptide 2.1C-Y5A 提交 2024-12-30 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 25–147（123 aa） 片段：BD1 (UNP residues 25-147)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Sodium citrate pH 5.5, 20 % w/v PEG 3000
分辨率 2.70 Å R-free 0.295
9MPK BRD3-BD1 in complex with cyclic peptide 2.1C-Y5A 提交 2024-12-30 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 25–147（123 aa） 片段：BD1 (UNP residues 25-147)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Sodium citrate pH 5.5, 20 % w/v PEG 3000
分辨率 2.70 Å R-free 0.295
9MPK BRD3-BD1 in complex with cyclic peptide 2.1C-Y5A 提交 2024-12-30 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 25–147（123 aa） 片段：BD1 (UNP residues 25-147)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Sodium citrate pH 5.5, 20 % w/v PEG 3000
分辨率 2.70 Å R-free 0.295
9MPK BRD3-BD1 in complex with cyclic peptide 2.1C-Y5A 提交 2024-12-30 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 25–147（123 aa） 片段：BD1 (UNP residues 25-147)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Sodium citrate pH 5.5, 20 % w/v PEG 3000
分辨率 2.70 Å R-free 0.295
9MPM BRD3-BD1 in complex with cyclic peptide 2.1C-W11A 提交 2024-12-30 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 25–147（123 aa） 片段：BD1 (UNP residues 25-147)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Ammonium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.0, 20 % w/v PEG 6000
分辨率 2.60 Å R-free 0.263
9MPM BRD3-BD1 in complex with cyclic peptide 2.1C-W11A 提交 2024-12-30 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 25–147（123 aa） 片段：BD1 (UNP residues 25-147)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Ammonium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.0, 20 % w/v PEG 6000
分辨率 2.60 Å R-free 0.263
9MPN BRD3-BD1 A128T mutant 提交 2024-12-30 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 25–147（123 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Calcium chloride dihydrate, 0.1 M BIS-Tris pH 5.5, 45 % v/v MPD
分辨率 1.60 Å R-free 0.210
9MPN BRD3-BD1 A128T mutant 提交 2024-12-30 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 25–147（123 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Calcium chloride dihydrate, 0.1 M BIS-Tris pH 5.5, 45 % v/v MPD
分辨率 1.60 Å R-free 0.210
9MPN BRD3-BD1 A128T mutant 提交 2024-12-30 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 25–147（123 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Calcium chloride dihydrate, 0.1 M BIS-Tris pH 5.5, 45 % v/v MPD
分辨率 1.60 Å R-free 0.210
9MPN BRD3-BD1 A128T mutant 提交 2024-12-30 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 25–147（123 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Calcium chloride dihydrate, 0.1 M BIS-Tris pH 5.5, 45 % v/v MPD
分辨率 1.60 Å R-free 0.210
9NN4 BET BRD3-BD1 in complex with peptide 7.2 提交 2025-03-05 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 28–147（120 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.2 M Magnesium chloride 0.1 M TRIS pH 7.0 PEG 8000
分辨率 1.37 Å R-free 0.195
9NN4 BET BRD3-BD1 in complex with peptide 7.2 提交 2025-03-05 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 28–147（120 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.2 M Magnesium chloride 0.1 M TRIS pH 7.0 PEG 8000
分辨率 1.37 Å R-free 0.195

共 47 个其他 PDB 条目、101 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BRD3_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 8–117； UniProt 306–415

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2e7n

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2e7n
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2e7n
沉积日期 deposition_date2007-01-11
结构标题 titleSolution structure of the second Bromodomain from human Bromodomain-containing protein 3
关键词 keywords;Bromodomain, Bromodomain-containing protein 3, RING3-like protein, Structural Genomics, NPPSFA, National Project on Protein Structural and Functional Analyses, RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative, RSGI, DNA BINDING PROTEIN ;; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.45 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.98 Å
零角强度 I(0) i01043930000.00
分子量 molecular_weight269430.0 kDa
排除体积 excluded_volume334830 ų
包络体积 envelope_volume34705 ų
水化壳体积 shell_volume16668 ų
包络直径 envelope_diameter57.8 Å
壳层 Rg shell_rg23.63 Å
包络 Rg envelope_rg18.14 Å
形状 Rg shape_rg14.99 Å
总 Rg total_rg15.12 Å
总原子数 total_atoms37240
残基数 n_residues2340
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax52.5 Å
Rg (实空间) rg_real15.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real1.0440e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1490e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1044000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8689
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary17.3 Å
偏度 Skewness skewness0.330
峰度 Kurtosis kurtosis-0.287
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha342600.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.780; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.968; Smooth: 0.983
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2e7na1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.29 — Bromodomain-like
超家族 Superfamily superfamilya.29.2 — Bromodomain
家族 Family familya.29.2.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2e7na2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2e7nA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology920 — Histone Acetyltransferase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Bromodomain-like
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)