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2ed7

Solution structure of the first fibronectin type III domain of human Netrin receptor DCC

Method: SOLUTION NMR Dmax: 65.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Netrin receptor DCC

Homo sapiens

UniProt P43146

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 419–524 片段：first fn3 domain, Fibronectin type-III 1 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成：1.3mM sample U-15N,13C; 20mM d-Tris-HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O, 90% H2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2ED7 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2ED8 Solution structure of the second fibronectin type III domain of human Netrin receptor DCC 提交 2007-02-14 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 528–620（93 aa） 片段：second fn3 domain, Fibronectin type-III 2
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成 1.2mM sample U-15N,13C; 20mM d-Tris-HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O, 90% H2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2ED9 Solution structure of the third fibronectin type III domain of human Netrin receptor DCC 提交 2007-02-14 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 602–718（117 aa） 片段：third fn3 domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成 0.5mM sample U-15N,13C; 20mM d-Tris-HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O' | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2EDB Solution structure of the fourth fibronectin type III domain of human Netrin receptor DCC 提交 2007-02-14 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 716–818（103 aa） 片段：fourth fn3 domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成 1.2mM sample U-15N,13C; 20mM d-Tris-HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O' | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2EDD Solution structure of the fifth fibronectin type III domain of human Netrin receptor DCC 提交 2007-02-14 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 833–942（110 aa） 片段：fifth fn3 domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成 1.2mM sample U-15N, 13C; 20mM d-Tris-HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2EDE Solution structure of the sixth fibronectin type III domain of human Netrin receptor DCC 提交 2007-02-14 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 944–1044（101 aa） 片段：sixth fn3 domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成 1.3mM sample U-15N,13C; 20mM d-Tris-HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
3AU4 Structure of the human myosin-X MyTH4-FERM cassette bound to its specific cargo, DCC 提交 2011-01-28 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1390–1447（58 aa） 片段：P3 domain, UNP residues 1390-1447
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100mM maric acid-MES-Tris (MMT) buffer, 2% PEG 1500, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.233
4URT The crystal structure of a fragment of netrin-1 in complex with FN5- FN6 of DCC 提交 2014-07-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 844–1043（200 aa） 片段：FN5-FN6, RESIDUES 844-1043
未记录 CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 18 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；0.1M MES PH 6.0, 0.15M AMMONIUM SULFATE AND 15% (W/V) PEG 4000
分辨率 3.10 Å R-free 0.265
5X83 Structure of DCC FN456 domains 提交 2017-02-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 721–815（95 aa） 片段：UNP residues 721-815
链 B 844–1043（200 aa） 片段：UNP residues 844-1043
链 C 721–815（95 aa） 片段：UNP residues 721-815
链 D 844–1043（200 aa） 片段：UNP residues 844-1043
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；291 K；0.1M Sodium Phosphate Monobasic Monohydrate, 0.1M Potassium Phosphate Monobasic, 0.1M MES Monohydrate pH 6.5, 2.0M Sodium Chloride
分辨率 3.00 Å R-free 0.278

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DCC_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 8–113； UniProt 419–524

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2ed7

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2ed7
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2ed7
沉积日期 deposition_date2007-02-14
结构标题 titleSolution structure of the first fibronectin type III domain of human Netrin receptor DCC
关键词 keywords;Tumor suppressor protein DCC, Colorectal cancer suppressor, Structural Genomics, NPPSFA, National Project on Protein Structural and Functional Analyses, RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative, RSGI, APOPTOSIS ;; APOPTOSIS
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier16.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.19 Å
零角强度 I(0) i0925940000.00
分子量 molecular_weight252660.0 kDa
排除体积 excluded_volume314410 ų
包络体积 envelope_volume40842 ų
水化壳体积 shell_volume17731 ų
包络直径 envelope_diameter72.5 Å
壳层 Rg shell_rg26.21 Å
包络 Rg envelope_rg21.03 Å
形状 Rg shape_rg16.15 Å
总 Rg total_rg16.51 Å
总原子数 total_atoms35440
残基数 n_residues2380
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax65.5 Å
Rg (实空间) rg_real16.84 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.60 Å
I(0) (实空间) i0_real9.2590e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1810e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.82 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal925900000.0000
解质量估计 total_estimate0.7834
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary17.0 Å
偏度 Skewness skewness0.545
峰度 Kurtosis kurtosis0.135
角度范围 angular_range— – 0.4750 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha505900.0000
实空间数据点数 n_real_points78
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.537; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.578; Smooth: 0.991
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd2ed7a1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.2 — Fibronectin type III
家族 Family familyb.1.2.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2ed7a2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2ed7a3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2ed7A00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)