TNF receptor-associated factor 4
Homo sapiens
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 | 链 A； UniProt 190–248 | 片段：zf-TRAF, UNP residues 190-248 | ZN ZINC ION × 2 | SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；293 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成：1.13mM uniformly 13C,15N-labeled protein; 20mM TrisHCl; 100mM NaCl; 1mM DTT; 0.02% NaN3; 0.05mM ZnCl2; 1mM IDA; 10% D2O, 90% H2O | 10% D2O, 90% H2O | 分辨率未提供 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 2EOD | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2YUC Solution structure of the TRAF-type zinc finger domains (102-164) from human TNF receptor associated factor 4 提交 2007-04-06 | 构建体不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
102–164（63 aa）
片段：TRAF-type zinc finger domains
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient
NMR样品组成
1.24mM U-15N, 13C-labeled protein; 20mM d-Tris-HCl; 100mM NaCl; 1mM DTT; 0.02% NaN3; 0.05mM ZnCl2; 1mM IDA, 90% H2O, 10%D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 3ZJB The structure of the TRAF domain of human TRAF4 提交 2013-01-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
283–470（188 aa）
片段：MATH DOMAIN, RESIDUES 283-470
链 B
283–470（188 aa）
片段：MATH DOMAIN, RESIDUES 283-470
链 C
283–470（188 aa）
片段：MATH DOMAIN, RESIDUES 283-470
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7；15% PEG 4000, 0.1M HEPES PH 7.0
|
分辨率 1.84 Å R-free 0.200 |
| 4K8U Crystal structure of TRAF4 TRAF domain 提交 2013-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
281–470（190 aa）
片段：UNP residues 281-470
链 B
281–470（190 aa）
片段：UNP residues 281-470
链 C
281–470（190 aa）
片段：UNP residues 281-470
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；13% PEG 3350, 0.14M Magnessium formate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.281 |
| 4M4E TRAF domain of human TRAF4 提交 2013-08-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
292–466（175 aa）
链 B
292–466（175 aa）
链 C
292–466（175 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；289 K；0.2M Ammonium fluoride, 20%(w/v) Polyethylene glycol 3350, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.277 |
| 5YC1 TRAF4_GPIb complex 提交 2017-09-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
290–470（181 aa）
片段：UNP residues 290-470
链 B
290–470（181 aa）
片段：UNP residues 290-470
链 C
290–470（181 aa）
片段：UNP residues 290-470
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；magnesium formate dehydrate, polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.51 Å R-free 0.265 |
| 5YC1 TRAF4_GPIb complex 提交 2017-09-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 D
290–470（181 aa）
片段：UNP residues 290-470
链 E
290–470（181 aa）
片段：UNP residues 290-470
链 F
290–470（181 aa）
片段：UNP residues 290-470
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；magnesium formate dehydrate, polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.51 Å R-free 0.265 |
| 9OGV Identification of ligands for E3 ligases using fragment-based methods 提交 2025-05-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
292–466（175 aa）
链 B
292–466（175 aa）
链 C
292–466（175 aa）
|
未记录 | A1CA9 N-(1,3-thiazol-2-yl)quinoxaline-6-carboxamide × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；10-15% PEG 3350, 0.1 M Bis-TRIS pH 6.5
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.295 |
| 9OLB Identification of ligands for E3 ligases using fragment-based methods 提交 2025-05-12 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
292–466（175 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；10-15% PEG 3350, 0.1 M Bis-TRIS pH 6.5
|
分辨率 2.62 Å R-free 0.276 |
| 9OLB Identification of ligands for E3 ligases using fragment-based methods 提交 2025-05-12 | 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
292–466（175 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；10-15% PEG 3350, 0.1 M Bis-TRIS pH 6.5
|
分辨率 2.62 Å R-free 0.276 |
| 9OLB Identification of ligands for E3 ligases using fragment-based methods 提交 2025-05-12 | 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
292–466（175 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；10-15% PEG 3350, 0.1 M Bis-TRIS pH 6.5
|
分辨率 2.62 Å R-free 0.276 |
共 7 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态
查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | TRAF4_HUMAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 8–66； UniProt 190–248 |
