2epf

Crystal Structure of Zinc-Bound Pseudecin From Pseudechis Porphyriacus

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pseudecin

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 2 SODIUM ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 1 SODIUM ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 1 SODIUM ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	ZINC ION × 5 SODIUM ION × 3 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CRVP_PSEPO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–210； UniProt 29–238 作者链 B； PDB构建体 1–210； UniProt 29–238 作者链 C； PDB构建体 1–210； UniProt 29–238 作者链 D； PDB构建体 1–210； UniProt 29–238

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2epf
沉积日期 deposition_date	2007-03-29
结构标题 title	Crystal Structure of Zinc-Bound Pseudecin From Pseudechis Porphyriacus
关键词 keywords	CRISP, SNAKE VENOM, CNG CHANNEL, TOXIN; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2epf__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2epf__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2epf__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	18.24 Å
Rg（电子密度）	17.78 Å
总 Rg	18.75 Å
原子数	1626
残基数	207
排除体积	28865 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2epf__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2epf__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2epf__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2epf__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`2epf__assembly_5__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Pseudecin
分子量 formula_weight	23622.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	6700

NKKNYQKEIVDKHNALRRSVKPTARNMLQMKWNSHAAQNAKRWADRCTFAHSPPNTRTVGKLRCGENIFMSSQPFPWSGVVQAWYDEIKNFVYGIGAKPPGSVIGHYTQVVWYKSHLIGCASAKCSSSKYLYVCQYCPAGNIRGSIATPYKSGPPCADCPSACVNRLCTNPCNYNNDFSNCKSLAKKSKCQTEWIKKKCPASCFCHNKII

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	196

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d2epfa1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.111 — PR-1-like
超家族 Superfamily superfamily	d.111.1 — PR-1-like
家族 Family family	d.111.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2epfa2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.19 — Crisp domain-like
超家族 Superfamily superfamily	g.19.1 — Crisp domain-like
家族 Family family	g.19.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2epfb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.111 — PR-1-like
超家族 Superfamily superfamily	d.111.1 — PR-1-like
家族 Family family	d.111.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2epfb2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.19 — Crisp domain-like
超家族 Superfamily superfamily	g.19.1 — Crisp domain-like
家族 Family family	g.19.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2epfc1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.111 — PR-1-like
超家族 Superfamily superfamily	d.111.1 — PR-1-like
家族 Family family	d.111.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2epfc2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.19 — Crisp domain-like
超家族 Superfamily superfamily	g.19.1 — Crisp domain-like
家族 Family family	g.19.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2epfd1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.111 — PR-1-like
超家族 Superfamily superfamily	d.111.1 — PR-1-like
家族 Family family	d.111.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2epfd2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.19 — Crisp domain-like
超家族 Superfamily superfamily	g.19.1 — Crisp domain-like
家族 Family family	g.19.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	2epfA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	33 — Pathogenesis-related Protein p14a
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — CAP

结构域编号 domain_id	2epfA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	740 — Crisp domain

结构域编号 domain_id	2epfB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	33 — Pathogenesis-related Protein p14a
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — CAP

结构域编号 domain_id	2epfB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	740 — Crisp domain

结构域编号 domain_id	2epfC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	33 — Pathogenesis-related Protein p14a
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — CAP

结构域编号 domain_id	2epfC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	740 — Crisp domain

结构域编号 domain_id	2epfD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	33 — Pathogenesis-related Protein p14a
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — CAP

结构域编号 domain_id	2epfD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	740 — Crisp domain

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晶胞边长 a length_a	60.077 Å
晶胞边长 b length_b	62.344 Å
晶胞边长 c length_c	246.943 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	38.720 Å
R 因子 r_factor	0.2216
R_work r_work	0.2186
R_free r_free	0.2772

Crystal Structure of Zinc-Bound Pseudecin From Pseudechis Porphyriacus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pseudecin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2epf__assembly_3__model_1

2epf__assembly_3__model_1 | I(q)

2epf__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of Zinc-Bound Pseudecin From Pseudechis Porphyriacus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pseudecin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2epf__assembly_3__model_1

2epf__assembly_3__model_1 | I(q)

2epf__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)