SAXSdb — 2eph

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fructose-bisphosphate aldolase

Plasmodium falciparum

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–369 链 B； UniProt 1–369 链 C； UniProt 1–369 链 D； UniProt 1–369	未记录	PbTRAP × 1 （P90573）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；2.5 mM TRAP-tail, 0.5% n-dodecyl-beta-D-maltoside, 50 mM cacodylic acid pH 6.0, 20% PEG 2000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.250

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2EPH	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A5C FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE ALDOLASE FROM PLASMODIUM FALCIPARUM 提交 1998-02-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–369（368 aa）链 B 2–369（368 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.6；VAPOR DIFFUSION: 2.0 M AMMONIUM SULFATE/5% 2-PROPANOL, pH 7.6, vapor diffusion	分辨率 3.00 Å R-free 0.329
2PC4 Crystal structure of fructose-bisphosphate aldolase from Plasmodium falciparum in complex with TRAP-tail determined at 2.4 angstrom resolution 提交 2007-03-29	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–369（369 aa）链 B 1–369（369 aa）链 C 1–369（369 aa）链 D 1–369（369 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；2.5 mM TRAP-tail, 0.5% n-dodecyl-beta-D-maltoside, 50 mM Cacodylic acid pH 6.0, 20% PEG 2000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.250

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ALF_PLAFA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–369； UniProt 1–369 作者链 B； PDB构建体 1–369； UniProt 1–369 作者链 C； PDB构建体 1–369； UniProt 1–369 作者链 D； PDB构建体 1–369； UniProt 1–369

PbTRAP

物种未注明

UniProt P90573

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 601–606	片段：C-terminus: Residues 601-606	Fructose-bisphosphate aldolase × 4 （P14223）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；2.5 mM TRAP-tail, 0.5% n-dodecyl-beta-D-maltoside, 50 mM cacodylic acid pH 6.0, 20% PEG 2000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.250

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2EPH	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2PC4 Crystal structure of fructose-bisphosphate aldolase from Plasmodium falciparum in complex with TRAP-tail determined at 2.4 angstrom resolution 提交 2007-03-29	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 H 601–606（6 aa）片段：C-terminus: Residues 601-606	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；2.5 mM TRAP-tail, 0.5% n-dodecyl-beta-D-maltoside, 50 mM Cacodylic acid pH 6.0, 20% PEG 2000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.250

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	P90573_PLABE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–6； UniProt 601–606

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2eph
沉积日期 deposition_date	2007-03-30
结构标题 title	Crystal structure of fructose-bisphosphate aldolase from Plasmodium falciparum in complex with TRAP-tail determined at 2.7 angstrom resolution
关键词 keywords	;Aldolase, Invasion machinery, Plasmodium falciparum, Structural Genomics, PSI, Protein Structure Initiative, Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium, SGPP, LYASE ;; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.02 Å
零角强度 I(0) i0	354730000.00
分子量 molecular_weight	154750.0 kDa
排除体积 excluded_volume	194970 Å³
包络体积 envelope_volume	245810 Å³
水化壳体积 shell_volume	57005 Å³
包络直径 envelope_diameter	127.7 Å
壳层 Rg shell_rg	42.36 Å
包络 Rg envelope_rg	35.78 Å
形状 Rg shape_rg	35.03 Å
总 Rg total_rg	35.47 Å
总原子数 total_atoms	10887
残基数 n_residues	1424
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	117.0 Å
Rg (实空间) rg_real	35.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.76 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.5470e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.6350e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	354800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8911
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	42.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.237
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.399
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	68850000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.879; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.943

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Fructose-bisphosphate aldolase
分子量 formula_weight	40152.9 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.2.13
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	11239

MAHCTEYMNAPKKLPADVAEELATTAQKLVQAGKGILAADESTQTIKKRFDNIKLENTIENRASYRDLLFGTKGLGKFISGAILFEETLFQKNEAGVPMVNLLHNENIIPGIKVDKGLVNIPCTDEEKSTQGLDGLAERCKEYYKAGARFAKWRTVLVIDTAKGKPTDLSIHETAWGLARYASICQQNRLVPIVEPEILADGPHSIEVCAVVTQKVLSCVFKALQENGVLLEGALLKPNMVTAGYECTAKTTTQDVGFLTVRTLRRTVPPALPGVVFLSGGQSEEEASVNLNSINALGPHPWALTFSYGRALQASVLNTWQGKKENVAKAREVLLQRAEANSLATYGKYKGGAGGENAGASLYEKKYVY

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium falciparum
通用名 common_name	malaria parasite P. falciparum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5833
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PbTRAP
分子量 formula_weight	791.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EDNDWN

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	336

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2ephA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	2ephB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	2ephC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	2ephD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	70.019 Å
晶胞边长 b length_b	146.162 Å
晶胞边长 c length_c	148.961 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	19.970 Å
R 因子 r_factor	0.1945
R_work r_work	0.1915
R_free r_free	0.2504

fit	/app/data/saxs_computation/ep/2eph/2eph.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ep/2eph/2eph.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ep/2eph/2eph.dat

Crystal structure of fructose-bisphosphate aldolase from Plasmodium falciparum in complex with TRAP-tail determined at 2.7 angstrom resolution

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fructose-bisphosphate aldolase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PbTRAP

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)