2erp

Crystal structure of vascular apoptosis-inducing protein-1(inhibitor-bound form)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 137.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2erp
沉积日期 deposition_date	2005-10-25
结构标题 title	Crystal structure of vascular apoptosis-inducing protein-1(inhibitor-bound form)
关键词 keywords	metalloprotease, disintegrin, calcium-binding, ADAM, SVMP, MDC protein, TOXIN; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.02 Å
零角强度 I(0) i0	161916000.00
分子量 molecular_weight	96330.0 kDa
排除体积 excluded_volume	117850 Å³
包络体积 envelope_volume	174250 Å³
水化壳体积 shell_volume	39598 Å³
包络直径 envelope_diameter	143.9 Å
壳层 Rg shell_rg	40.86 Å
包络 Rg envelope_rg	40.46 Å
形状 Rg shape_rg	39.96 Å
总 Rg total_rg	40.24 Å
总原子数 total_atoms	6677
残基数 n_residues	852
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	137.3 Å
Rg (实空间) rg_real	40.92 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6190e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3400e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.52 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	161800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7847
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	38.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.559
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.415
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7450000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.718; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.624; Smooth: 0.420

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	vascular apoptosis-inducing protein 1
分子量 formula_weight	47378.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6712

QSNLTPEQQRYLNAKKYVKLFLVADYIMYLKYGRNLTAVRTRMYDIVNVITPIYHRMNIHVALVGLEIWSNTDKIIVQSSADVTLDLFAKWRATDLLSRKSHDNAQLLTGINFNGPTAGLGYLGGICNTMYSAGIVQDHSKIHHLVAIAMAHEMGHNLGMDHDKDTCTCGTRPCVMAGALSCEASFLFSDCSQKDHREFLIKNMPQCILKKPLKTDVVSPAVCGNYFVEVGEECDCGSPRTCRDPCCDATTCKLRQGAQCAEGLCCDQCRFKGAGTECRAAKDECDMADVCTGRSAECTDRFQRNGQPCKNNNGYCYNGKCPIMADQCIALFGPGATVSQDACFQFNREGNHYGYCRKEQNTKIACEPQDVKCGRLYCFPNSPENKNPCNIYYSPNDEDKGMVLPGTKCADRKACSNGQCVDVTTPY

Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	COBALT (III) ION
分子量 formula_weight	58.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	3-(N-HYDROXYCARBOXAMIDO)-2-ISOBUTYLPROPANOYL-TRP-METHYLAMIDE
分子量 formula_weight	388.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	35

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2erpA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Collagenase (Catalytic Domain)

结构域编号 domain_id	2erpB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	390 — Collagenase (Catalytic Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Collagenase (Catalytic Domain)

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	86.345 Å
晶胞边长 b length_b	91.379 Å
晶胞边长 c length_c	136.039 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.950 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2100
R_work r_work	0.2080
R_free r_free	0.2640

fit	/app/data/saxs_computation/er/2erp/2erp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/er/2erp/2erp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/er/2erp/2erp.dat