SAXSdb — 2ers

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Interleukin-15 receptor alpha chain

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 31–96	片段：sushi domain of the Interleukin-15 receptor	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成：1 mM Il-15 receptor sushi domian 15N,13C; 20mM phosphate buffer; 150mM sodium chloride; 7% D2O; pH = 7.4 \| 20mM phosphate buffer; 150mM sodium chloride; 7% D2O; pH = 7.4p	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2ERS	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2Z3Q Crystal structure of the IL-15/IL-15Ra complex 提交 2007-06-05	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 31–132（102 aa）片段：IL-15Ra, residues in database 31-132	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.85 Å R-free 0.252
2Z3Q Crystal structure of the IL-15/IL-15Ra complex 提交 2007-06-05	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 31–132（102 aa）片段：IL-15Ra, residues in database 31-132	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.85 Å R-free 0.252
2Z3R Crystal structure of the IL-15/IL-15Ra complex 提交 2007-06-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 31–132（102 aa）片段：IL-15Ra, residues in database 31-132	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.250
2Z3R Crystal structure of the IL-15/IL-15Ra complex 提交 2007-06-05	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 31–132（102 aa）片段：IL-15Ra, residues in database 31-132	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.250
2Z3R Crystal structure of the IL-15/IL-15Ra complex 提交 2007-06-05	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 31–132（102 aa）片段：IL-15Ra, residues in database 31-132	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.250
2Z3R Crystal structure of the IL-15/IL-15Ra complex 提交 2007-06-05	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 31–132（102 aa）片段：IL-15Ra, residues in database 31-132	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.250
2Z3R Crystal structure of the IL-15/IL-15Ra complex 提交 2007-06-05	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 J 31–132（102 aa）片段：IL-15Ra, residues in database 31-132	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.250
2Z3R Crystal structure of the IL-15/IL-15Ra complex 提交 2007-06-05	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 31–132（102 aa）片段：IL-15Ra, residues in database 31-132	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.250
2Z3R Crystal structure of the IL-15/IL-15Ra complex 提交 2007-06-05	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 N 31–132（102 aa）片段：IL-15Ra, residues in database 31-132	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.250
2Z3R Crystal structure of the IL-15/IL-15Ra complex 提交 2007-06-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 31–132（102 aa）片段：IL-15Ra, residues in database 31-132	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.250
4GS7 Structure of the Interleukin-15 quaternary complex 提交 2012-08-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 30–97（68 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ACT ACETATE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.75；298 K；22.5% PEG3350, 0.1M BIS-TRIS propane, 0.2M sodium acetate, pH 8.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.35 Å R-free 0.227

共 3 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	I15RA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–66； UniProt 31–96

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2ers
沉积日期 deposition_date	2005-10-25
结构标题 title	Solution structure of the Interleukin-15 receptor sushi domain
关键词 keywords	sushi domain, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	13.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	12.88 Å
零角强度 I(0) i0	1305410.00
分子量 molecular_weight	7434.0 kDa
排除体积 excluded_volume	9275 Å³
包络体积 envelope_volume	11259 Å³
水化壳体积 shell_volume	8111 Å³
包络直径 envelope_diameter	48.8 Å
壳层 Rg shell_rg	17.37 Å
包络 Rg envelope_rg	13.40 Å
形状 Rg shape_rg	12.85 Å
总 Rg total_rg	14.15 Å
总原子数 total_atoms	1046
残基数 n_residues	66
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	50.1 Å
Rg (实空间) rg_real	13.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.36 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3050e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4500e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	13.76 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1305000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8279
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	14.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.496
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.025
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	416900.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.678; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.751; Smooth: 0.975

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2ersa1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.18 — Complement control module/SCR domain
超家族 Superfamily superfamily	g.18.1 — Complement control module/SCR domain
家族 Family family	g.18.1.1 — Complement control module/SCR domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2ersA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	28 — Rubrerythrin, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	230 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

描述 description	Interleukin-15 receptor alpha chain
分子量 formula_weight	7473.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1046

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Solution structure of the Interleukin-15 receptor sushi domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Interleukin-15 receptor alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/er/2ers/2ers.fit
pddf	/app/data/pr_computation/er/2ers/2ers.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/er/2ers/2ers.dat