2exh

Structure of the family43 beta-Xylosidase from geobacillus stearothermophilus

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

beta-D-xylosidase

Geobacillus stearothermophilus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	CALCIUM ION × 4 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 3 GLYCEROL × 4 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	CALCIUM ION × 4 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 3 GLYCEROL × 4 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q68HB3_BACST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–535； UniProt 1–535 作者链 B； PDB构建体 1–535； UniProt 1–535 作者链 C； PDB构建体 1–535； UniProt 1–535 作者链 D； PDB构建体 1–535； UniProt 1–535

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2exh
沉积日期 deposition_date	2005-11-08
结构标题 title	Structure of the family43 beta-Xylosidase from geobacillus stearothermophilus
关键词 keywords	glykosidase, hydrolsase, xylosidase, family43, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2exh__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2exh__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2exh__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	46.58 Å
Rg（电子密度）	46.66 Å
总 Rg	46.76 Å
原子数	17568
残基数	2132
排除体积	310070 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2exh__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2exh__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	beta-D-xylosidase
分子量 formula_weight	61985.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.37
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	19399

MSKIKNPILTGFHPDPSICRVGDDYYIAVSTFEWFPGVRIYHSKDLKNWRLVARPLNRLSQLNMIGNPDSGGVWAPHLSYSDGKFWLIYTDVKVVEGQWKDGHNYLVTCDTIDGAWSDPIYLNSSGFDPSLFHDEDGRKYLVNMYWDHRVDHHPFYGIVLQEYSVEQKKLVGEPKIIFKGTDLRITEGPHLYKINGYYYLLTAEGGTRYNHAATIARSTSLYGPYEVHPDNPLLTSWPYPRNPLQKAGHASIVHTHTDEWFLVHLTGRPLPREGQPLLEHRGYCPLGRETAIQRLEWKDGWPYVVGGNGPSLEIDGPSVEEVSWEKDYDEKDDFDGDTLNHHFQTLRIPLGEDIATLKARPGHLRLYGRESLTSRFTQAFVARRWQHFHFVAETKVSFRPTTFQQSAGLVNYYNTQNWTTLQITWHEEKGRILELMTCDHLVVDQPLRGREIVVPDDIEYVYLRVTVQATTYKYSYSFDGMNWIDLPVTFESYKLSDDYIKSRAAFTGAFVGMHCRDGSGQNNYADFDYFLYKEL

来源 Source

来源生物 organism	Geobacillus stearothermophilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1422
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1831

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d2exha1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.23 — Beta-D-xylosidase C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2exha2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.67 — 5-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.67.2 — Arabinanase/levansucrase/invertase
家族 Family family	b.67.2.1 — alpha-L-arabinanase-like

结构域编号 domain_id	d2exhb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.23 — Beta-D-xylosidase C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2exhb2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.67 — 5-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.67.2 — Arabinanase/levansucrase/invertase
家族 Family family	b.67.2.1 — alpha-L-arabinanase-like

结构域编号 domain_id	d2exhc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.23 — Beta-D-xylosidase C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2exhc2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.67 — 5-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.67.2 — Arabinanase/levansucrase/invertase
家族 Family family	b.67.2.1 — alpha-L-arabinanase-like

结构域编号 domain_id	d2exhd1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.23 — Beta-D-xylosidase C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d2exhd2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.67 — 5-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.67.2 — Arabinanase/levansucrase/invertase
家族 Family family	b.67.2.1 — alpha-L-arabinanase-like

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	2exhA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	115 — 5 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Tachylectin-2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Glycosyl hydrolase domain; family 43

结构域编号 domain_id	2exhA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	2exhB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	115 — 5 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Tachylectin-2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Glycosyl hydrolase domain; family 43

结构域编号 domain_id	2exhB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	2exhC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	115 — 5 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Tachylectin-2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Glycosyl hydrolase domain; family 43

结构域编号 domain_id	2exhC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

结构域编号 domain_id	2exhD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	115 — 5 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Tachylectin-2; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Glycosyl hydrolase domain; family 43

结构域编号 domain_id	2exhD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

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晶胞边长 a length_a	140.027 Å
晶胞边长 b length_b	140.027 Å
晶胞边长 c length_c	231.599 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.880 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	0.2350
R_work r_work	0.2330
R_free r_free	0.2860

Structure of the family43 beta-Xylosidase from geobacillus stearothermophilus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

beta-D-xylosidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2exh__assembly_2__model_1

2exh__assembly_2__model_1 | I(q)

2exh__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (3)

Structure of the family43 beta-Xylosidase from geobacillus stearothermophilus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

beta-D-xylosidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2exh__assembly_2__model_1

2exh__assembly_2__model_1 | I(q)

2exh__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (3)