SAXSdb — 2f17

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thiamin pyrophosphokinase 1

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	MAGNESIUM ION × 2 SULFATE ION × 6 1-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-3-(2-{[HYDROXY(PHOSPHONOOXY)PHOSPHORYL]OXY}ETHYL)-2-METHYLPYRIDINIUM × 2 ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	MAGNESIUM ION × 4 SULFATE ION × 12 1-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-3-(2-{[HYDROXY(PHOSPHONOOXY)PHOSPHORYL]OXY}ETHYL)-2-METHYLPYRIDINIUM × 4 ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TPK1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 21–263； UniProt 1–243 作者链 B； PDB构建体 21–263； UniProt 1–243

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2f17
沉积日期 deposition_date	2005-11-14
结构标题 title	Mouse Thiamin Pyrophosphokinase in a Ternary Complex with Pyrithiamin Pyrophosphate and AMP at 2.5 angstrom
关键词 keywords	BETA BARREL, ALPHA/BETA/ALPHA SANDWICH, pyrophosphokinase, AMP, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2f17__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2f17__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2f17__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.01 Å
Rg（电子密度）	23.84 Å
总 Rg	24.66 Å
原子数	4021
残基数	498
排除体积	71484 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2f17__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2f17__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Thiamin pyrophosphokinase 1
分子量 formula_weight	29268.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.6.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4153

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMEHAFTPLEPLLPTGNLKYCLVVLNQPLDARFRHLWKKALLRACADGGANHLYDLTEGERESFLPEFVSGDFDSIRPEVKEYYTKKGCDLISTPDQDHTDFTKCLQVLQRKIEEKELQVDVIVTLGGLGGRFDQIMASVNTLFQATHITPVPIIIIQKDSLIYLLQPGKHRLHVDTGMEGSWCGLIPVGQPCNQVTTTGLKWNLTNDVLGFGTLVSTSNTYDGSGLVTVETDHPLLWTMAIKS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-3-(2-{[HYDROXY(PHOSPHONOOXY)PHOSPHORYL]OXY}ETHYL)-2-METHYLPYRIDINIUM
分子量 formula_weight	419.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ADENOSINE MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	347.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	132

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d2f17a1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.6 — Thiamin pyrophosphokinase, substrate-binding domain
家族 Family family	b.82.6.1 — Thiamin pyrophosphokinase, substrate-binding domain

结构域编号 domain_id	d2f17a2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.100 — Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain
超家族 Superfamily superfamily	c.100.1 — Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain
家族 Family family	c.100.1.1 — Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	d2f17a3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2f17b1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.100 — Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain
超家族 Superfamily superfamily	c.100.1 — Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain
家族 Family family	c.100.1.1 — Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	d2f17b2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.6 — Thiamin pyrophosphokinase, substrate-binding domain
家族 Family family	b.82.6.1 — Thiamin pyrophosphokinase, substrate-binding domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2f17A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	320 — Thiamin pyrophosphokinase, thiamin-binding domain

结构域编号 domain_id	2f17A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10240 — Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain

结构域编号 domain_id	2f17B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	320 — Thiamin pyrophosphokinase, thiamin-binding domain

结构域编号 domain_id	2f17B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10240 — Thiamin pyrophosphokinase, catalytic domain

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晶胞边长 a length_a	89.363 Å
晶胞边长 b length_b	89.363 Å
晶胞边长 c length_c	141.430 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2400
R_work r_work	0.2370
R_free r_free	0.2520

Mouse Thiamin Pyrophosphokinase in a Ternary Complex with Pyrithiamin Pyrophosphate and AMP at 2.5 angstrom

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thiamin pyrophosphokinase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2f17__assembly_1__model_1

2f17__assembly_1__model_1 | I(q)

2f17__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Mouse Thiamin Pyrophosphokinase in a Ternary Complex with Pyrithiamin Pyrophosphate and AMP at 2.5 angstrom

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thiamin pyrophosphokinase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2f17__assembly_1__model_1

2f17__assembly_1__model_1 | I(q)

2f17__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)