2f2f

Crystal structure of cytolethal distending toxin (CDT) from Actinobacillus actinomycetemcomitans

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytolethal distending toxin A

Aggregatibacter actinomycetemcomitans

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Cytolethal distending toxin B × 1 （Q7DK12） cytolethal distending toxin C × 1 （Q7DK11） water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Cytolethal distending toxin B × 1 （Q7DK12） cytolethal distending toxin C × 1 （Q7DK11） water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CDTA_ACTAC
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–222； UniProt 1–222 作者链 D； PDB构建体 1–222； UniProt 1–222

Cytolethal distending toxin B

Aggregatibacter actinomycetemcomitans

UniProt Q7DK12

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Cytolethal distending toxin A × 1 （O87120） cytolethal distending toxin C × 1 （Q7DK11） water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Cytolethal distending toxin A × 1 （O87120） cytolethal distending toxin C × 1 （Q7DK11） water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q7DK12_ACTAC
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–283； UniProt 1–283 作者链 E； PDB构建体 1–283； UniProt 1–283

cytolethal distending toxin C

Aggregatibacter actinomycetemcomitans

UniProt Q7DK11

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Cytolethal distending toxin A × 1 （O87120） Cytolethal distending toxin B × 1 （Q7DK12） water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Cytolethal distending toxin A × 1 （O87120） Cytolethal distending toxin B × 1 （Q7DK12） water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q7DK11_ACTAC
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–186； UniProt 1–186 作者链 F； PDB构建体 1–186； UniProt 1–186

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2f2f
沉积日期 deposition_date	2005-11-16
结构标题 title	Crystal structure of cytolethal distending toxin (CDT) from Actinobacillus actinomycetemcomitans
关键词 keywords	Cytolethal distending toxin, CDT, Actinobacillus actinomycetemcomitans, oligomerization, stability and toxic activity, TOXIN; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2f2f__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2f2f__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2f2f__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.68 Å
Rg（电子密度）	23.61 Å
总 Rg	24.43 Å
原子数	4458
残基数	568
排除体积	78814 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2f2f__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2f2f__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cytolethal distending toxin A
分子量 formula_weight	24532.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	9188

MKKFLPGLLLMGLVACSSNQRMSDYSQPESQSDLAPKSSTTQFQPQPLLSKASSMPLNLLSSSKNGQVSPSEPSNFMTLMGQNGALLTVWALAKRNWLWAYPNIYSQDFGNIRNWKIEPGKHREYFRFVNQSLGTCIEAYGNGLIHDTCSLDKLAQEFELLPTDSGAVVIKSVSQGRCVTYNPVSPTYYSTVTLSTCDGATEPLRDQTWYLAPPVLEATAVN

来源 Source

来源生物 organism	Aggregatibacter actinomycetemcomitans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	714
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cytolethal distending toxin B
分子量 formula_weight	31528.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

MQWVKQLNVVFCTMLFSFSSYANLSDFKVATWNLQGSSAVNESKWNINVRQLLSGEQGADILMVQEAGSLPSSAVRTSRVIQHGGTPIEEYTWNLGTRSRPNMVYIYYSRLDVGANRVNLAIVSRRQADEAFIVHSDSSVLQSRPAVGIRIGTDVFFTVHALATGGSDAVSLIRNIFTTFTSSPSSPERRGYSWMVVGDFNRAPVNLEAALRQEPAVSENTIIIAPTEPTHRSGNILDYAILHDAHLPRREQARERIGASLMLNQLRSQITSDHFPVSFVHDR

来源 Source

来源生物 organism	Aggregatibacter actinomycetemcomitans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	714
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	cytolethal distending toxin C
分子量 formula_weight	20731.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

MKKYLLSFLLSMILTLTSHAESNPDPTTYPDVELSPPPRISLRSLLTAQPIKNDHYDSHNYLSTHWELIDYKGKEYEKLRDGGTLVQFKVVGAAKCFAFPGEGTTDCKDIDHTVFNLIPTNTGAFLIKDALLGFCMTSHDFDDLRLEPCGISVSGRTFSLAYQWGILPPFGPSKILRPPVGRNQGS

来源 Source

来源生物 organism	Aggregatibacter actinomycetemcomitans
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	714
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	272

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d2f2fa1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamily	b.42.2 — Ricin B-like lectins
家族 Family family	b.42.2.1 — Ricin B-like

结构域编号 domain_id	d2f2fb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.151 — DNase I-like
超家族 Superfamily superfamily	d.151.1 — DNase I-like
家族 Family family	d.151.1.1 — DNase I-like

结构域编号 domain_id	d2f2fc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamily	b.42.2 — Ricin B-like lectins
家族 Family family	b.42.2.1 — Ricin B-like

结构域编号 domain_id	d2f2fd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamily	b.42.2 — Ricin B-like lectins
家族 Family family	b.42.2.1 — Ricin B-like

结构域编号 domain_id	d2f2fe_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.151 — DNase I-like
超家族 Superfamily superfamily	d.151.1 — DNase I-like
家族 Family family	d.151.1.1 — DNase I-like

结构域编号 domain_id	d2f2ff_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.42 — beta-Trefoil
超家族 Superfamily superfamily	b.42.2 — Ricin B-like lectins
家族 Family family	b.42.2.1 — Ricin B-like

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	2f2fA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	2f2fB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	10 — Deoxyribonuclease I; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Endonuclease/exonuclease/phosphatase

结构域编号 domain_id	2f2fC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	2f2fD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	2f2fE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	10 — Deoxyribonuclease I; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Endonuclease/exonuclease/phosphatase

结构域编号 domain_id	2f2fF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

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晶胞边长 a length_a	115.650 Å
晶胞边长 b length_b	117.460 Å
晶胞边长 c length_c	123.370 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2240
R_work r_work	0.2210
R_free r_free	0.2510

Crystal structure of cytolethal distending toxin (CDT) from Actinobacillus actinomycetemcomitans

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytolethal distending toxin A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cytolethal distending toxin B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

cytolethal distending toxin C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2f2f__assembly_2__model_1

2f2f__assembly_2__model_1 | I(q)

2f2f__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of cytolethal distending toxin (CDT) from Actinobacillus actinomycetemcomitans

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytolethal distending toxin A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytolethal distending toxin B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

cytolethal distending toxin C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2f2f__assembly_2__model_1

2f2f__assembly_2__model_1 | I(q)

2f2f__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)