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2f6d

Structure of the complex of a glucoamylase from Saccharomycopsis fibuligera with acarbose

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 71.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glucoamylase GLU1

Saccharomycopsis fibuligera

UniProt P08017

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 2 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 28–519 未记录 ;4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose ; × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；295 K；50 mM acetate buffer, 15% PEG 8K, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K 分辨率 1.60 Å R-free 0.160

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2F6D Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1AYX CRYSTAL STRUCTURE OF GLUCOAMYLASE FROM SACCHAROMYCOPSIS FIBULIGERA AT 1.7 ANGSTROMS 提交 1997-11-12 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 28–519（492 aa）
未记录 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.1；50 MM ACETATE BUFFER, PH 5.1, 15 % (W/V) PEG 8000 HANGING DROP
分辨率 1.70 Å R-free 0.181
2FBA Glucoamylase from Saccharomycopsis fibuligera at atomic resolution 提交 2005-12-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 28–519（492 aa）
未记录 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；295 K；50 mM acatate buffer, 15% PEG 8K, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.10 Å R-free 0.161

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AMYG_SACFI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–492； UniProt 28–519

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2f6d

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2f6d
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2f6d
沉积日期 deposition_date2005-11-29
结构标题 titleStructure of the complex of a glucoamylase from Saccharomycopsis fibuligera with acarbose
关键词 keywords(alpha-alpha)6 barrel, protein-acarbose complex, sugar tongs, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.99 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.60 Å
零角强度 I(0) i053514600.00
分子量 molecular_weight56024.0 kDa
排除体积 excluded_volume69429 ų
包络体积 envelope_volume77706 ų
水化壳体积 shell_volume28672 ų
包络直径 envelope_diameter73.2 Å
壳层 Rg shell_rg29.73 Å
包络 Rg envelope_rg21.96 Å
形状 Rg shape_rg21.58 Å
总 Rg total_rg22.55 Å
总原子数 total_atoms3965
残基数 n_residues492
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax71.3 Å
Rg (实空间) rg_real22.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.27 Å
I(0) (实空间) i0_real5.3510e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.8470e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.87 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal53520000.0000
解质量估计 total_estimate0.8965
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary30.7 Å
偏度 Skewness skewness0.123
峰度 Kurtosis kurtosis-0.436
角度范围 angular_range— – 0.3450 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha16440000.0000
实空间数据点数 n_real_points66
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.894; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.981; Smooth: 0.989
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2f6da_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.102 — alpha/alpha toroid
超家族 Superfamily superfamilya.102.1 — Six-hairpin glycosidases
家族 Family familya.102.1.1 — Glucoamylase

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2f6dA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture50 — Alpha/alpha barrel
拓扑 Topology topology10 — Glycosyltransferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)