SAXSdb — 2f8p

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Obelin

Obelia longissima

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	CALCIUM ION × 3 N-[3-BENZYL-5-(4-HYDROXYPHENYL)PYRAZIN-2-YL]-2-(4-HYDROXYPHENYL)ACETAMIDE × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	OBL_OBELO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–195； UniProt 1–195

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2f8p
沉积日期 deposition_date	2005-12-03
结构标题 title	Crystal structure of obelin following Ca2+ triggered bioluminescence suggests neutral coelenteramide as the primary excited state
关键词 keywords	;helix-turn-helix, Structural Genomics, PSI, Protein Structure Initiative, Southeast Collaboratory for Structural Genomics, SECSG, LUMINESCENT PROTEIN ;; LUMINESCENT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2f8p__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2f8p__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2f8p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	17.19 Å
Rg（电子密度）	15.92 Å
总 Rg	17.07 Å
原子数	1563
残基数	190
排除体积	27626 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2f8p__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Obelin
分子量 formula_weight	22238.9 kDa
突变 mutation	S2A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1699

MASKYAVKLKTDFDNPRWIKRHKHMFDFLDINGNGKITLDEIVSKASDDICAKLEATPEQTKRHQVCVEAFFRGCGMEYGKEIAFPQFLDGWKQLATSELKKWARNEPTLIREWGDAVFDIFDKDGSGTITLDEWKAYGKISGISPSQEDCEATFRHCDLDNSGDLDVDEMTRQHLGFWYTLDPEADGLYGNGVP

来源 Source

来源生物 organism	Obelia longissima
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32570
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	N-[3-BENZYL-5-(4-HYDROXYPHENYL)PYRAZIN-2-YL]-2-(4-HYDROXYPHENYL)ACETAMIDE
分子量 formula_weight	411.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	136

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2f8pa_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamily	a.39.1 — EF-hand
家族 Family family	a.39.1.5 — Calmodulin-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2f8pA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

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7. 引用文献 (6)

Crystal structure of obelin after Ca2+-triggered bioluminescence suggests neutral coelenteramide as the primary excited state.

Proc.Natl.Acad.Sci.Usa (2006)

PMID: 16467137 · DOI: 10.1073/pnas.0511142103 PRIMARY

Crystal structure of a Ca2+-discharged photoprotein: implications for mechanisms of the calcium trigger and bioluminescence

J.Biol.Chem. (2004)

PMID: 15155735 · DOI: 10.1074/jbc.M402427200

;Violet Bioluminescence and Fast Kinetics from W92F Obelin: Structure-Based Proposals for the Bioluminescence Triggering and the Identification of the Emitting Species ;

Biochemistry (2003)

PMID: 12755603 · DOI: 10.1021/bi027258h

;Atomic Resolution Structure of Obelin: Soaking with Calcium Enhances Electron Density of the Second Oxygen Atom Substituted at the C2-Position of Coelenterazine ;

Biochem.Biophys.Res.Commun. (2003)

PMID: 14592432 · DOI: 10.1016/j.bbrc.2003.09.231

Structural Basis for the Emission of Violet Bioluminescence from a W92F Obelin Mutant

FEBS Lett. (2001)

PMID: 11602262 · DOI: 10.1016/S0014-5793(01)02937-4

;Structure of the Ca2+-Regulated Photoprotein Obelin at 1.7 Resolution Determined Directly From its Sulfur Substructure ;

Protein Sci. (2000)

PMID: 11152120

晶胞边长 a length_a	64.260 Å
晶胞边长 b length_b	64.260 Å
晶胞边长 c length_c	63.049 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 43
空间群编号 int_tables_number	78
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.930 Å
最低分辨率 resolution_low	28.740 Å
R 因子 r_factor	0.1924
R_work r_work	0.1904
R_free r_free	0.2300

Crystal structure of obelin following Ca2+ triggered bioluminescence suggests neutral coelenteramide as the primary excited state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Obelin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2f8p__assembly_1__model_1

2f8p__assembly_1__model_1 | I(q)

2f8p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (6)

Crystal structure of obelin following Ca2+ triggered bioluminescence suggests neutral coelenteramide as the primary excited state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Obelin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2f8p__assembly_1__model_1

2f8p__assembly_1__model_1 | I(q)

2f8p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (6)