SAXSdb — 2f8x

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2f8x
沉积日期 deposition_date	2005-12-04
结构标题 title	Crystal structure of activated Notch, CSL and MAML on HES-1 promoter DNA sequence
关键词 keywords	Notch, CSL, Mastermind, Hes-1, ankyrin repeats, Rel-Homology region, TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.33 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.90 Å
零角强度 I(0) i0	155608000.00
分子量 molecular_weight	89353.0 kDa
排除体积 excluded_volume	107850 Å³
包络体积 envelope_volume	144660 Å³
水化壳体积 shell_volume	39533 Å³
包络直径 envelope_diameter	109.5 Å
壳层 Rg shell_rg	37.73 Å
包络 Rg envelope_rg	29.78 Å
形状 Rg shape_rg	29.86 Å
总 Rg total_rg	30.66 Å
总原子数 total_atoms	6226
残基数 n_residues	733
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	103.5 Å
Rg (实空间) rg_real	31.22 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.88 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5560e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4590e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.27 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	155600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8952
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.216
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.413
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	19190000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.883; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.990

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(GPTPTPAPCPTPGPTPGPGPGPAPAPAPGPAPAPA)-3'
分子量 formula_weight	5628.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	X
原子数 atom_count	6236

GTTACTGTGGGAAAGAAA

Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(TPTPTPCPTPTPTPCPCPCPAPCPAPGPTPAPAPC)-3'
分子量 formula_weight	5401.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	Y

TTTCTTTCCCACAGTAAC

Entity 3 polymer

描述 description	Recombining binding protein suppressor of hairless, isoform 4
分子量 formula_weight	49294.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MGERPPPKRLTREAMRNYLKERGDQTVLILHAKVAQKSYGNEKRFFCPPPCVYLMGSGWKKKKEQMERDGCSEQESQPCAFIGIGNSDQEMQQLNLEGKNYCTAKTLYISDSDKRKHFMLSVKMFYGNSDDIGVFLSKRIKVISKPSKKKQSLKNADLCIASGTKVALFNRLRSQTVSTRYLHVEGGNFHASSQQWGAFFIHLLDDDESEGEEFTVRDGYIHYGQTVKLVCSVTGMALPRLIIRKVDKQTALLDADDPVSQLHKCAFYLKDTERMYLCLSQERIIQFQATPCPKEPNKEMINDGASWTIISTDKAEYTFYEGMGPVLAPVTPVPVVESLQLNGGGDVAMLELTGQNFTPNLRVWFGDVEAETMYRCGESMLCVVPDISAFREGWRWVRQPVQVPVTLVRNDGIIYSTSLTFTYTPEPGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	Neurogenic locus notch homolog protein 1
分子量 formula_weight	27885.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

GMDVNVRGPDGFTPLMIASCSGGGLETGNSEEEEDAPAVISDFIYQGASLHNQTDRTGETALHLAARYSRSDAAKRLLEASADANIQDNMGRTPLHAAVSADAQGVFQILIRNRATDLDARMHDGTTPLILAARLAVEGMLEDLINSHADVNAVDDLGKSALHWAAAVNNVDAAVVLLKNGANKDMQNNREETPLFLAAREGSYETAKVLLDHFANRDITDHMDRLPRDIAQERMHHDIVRLLDEYNLVRSPQLHG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 polymer

描述 description	Mastermind-like protein 1
分子量 formula_weight	7532.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

GLPRHSAVMERLRRRIELCRRHHSTCEARYEAVSPERLELERQHTFALHQRCIQAKAKRAGKH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	10

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	2f8xC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1450 — LAG1, DNA binding domain

结构域编号 domain_id	2f8xC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	80 — Trefoil
拓扑 Topology topology	10 — Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	2f8xC03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2f8xK00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ankyrin repeat-containing domain

结构域编号 domain_id	2f8xM00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	970 —

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	273.866 Å
晶胞边长 b length_b	273.866 Å
晶胞边长 c length_c	121.016 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 63 2 2
空间群编号 int_tables_number	182
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.250 Å
最低分辨率 resolution_low	44.820 Å
R 因子 r_factor	0.2410
R_work r_work	0.2220
R_free r_free	0.2570

fit	/app/data/saxs_computation/f8/2f8x/2f8x.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f8/2f8x/2f8x.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f8/2f8x/2f8x.dat

Crystal structure of activated Notch, CSL and MAML on HES-1 promoter DNA sequence

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)