2fah

The structure of mitochondrial PEPCK, Complex with Mn and GDP

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphoenolpyruvate carboxykinase

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MALONIC ACID × 1 MANGANESE (II) ION × 2 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MALONIC ACID × 2 MANGANESE (II) ION × 2 water × 1	与蛋白数一致
3	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	beta-D-fructofuranose-(2-1)-6-O-octanoyl-alpha-D-glucopyranose × 1 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MALONIC ACID × 1 MANGANESE (II) ION × 2 water × 1	与蛋白数一致
4	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	beta-D-fructofuranose-(2-1)-6-O-octanoyl-alpha-D-glucopyranose × 1 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MALONIC ACID × 1 MANGANESE (II) ION × 2 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PPCKM_CHICK
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–608； UniProt 34–640 作者链 B； PDB构建体 1–608； UniProt 34–640 作者链 C； PDB构建体 1–608； UniProt 34–640 作者链 D； PDB构建体 1–608； UniProt 34–640

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2fah
沉积日期 deposition_date	2005-12-07
结构标题 title	The structure of mitochondrial PEPCK, Complex with Mn and GDP
关键词 keywords	phosphoenolpyruvate carboxykinase, PEPCK, PCK, PEP, GDP, kinase, phosphoryl transfer, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2fah__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2fah__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2fah__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.80 Å
Rg（电子密度）	23.69 Å
总 Rg	24.50 Å
原子数	4765
残基数	608
排除体积	84111 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2fah__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2fah__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2fah__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2fah__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Phosphoenolpyruvate carboxykinase
分子量 formula_weight	67391.9 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.32
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	20770

LSTSLSALPAAARDFVEEAVRLCRPREVLLCDGSEEEGKELLRGLQDDGVLHPLPKYDNCWLARTDPRDVARVESKTVLVTPEQSDAVPPPPPSGGPPQLGNWMSPNAFQAAVQERFPGCMAGRPLYVIPFSMGPPTSPLAKLGVQVTDSPYVVLSMRIMTRVGPAVLQRLDDDFVRCLHSVGRPLPLTEPLVSSWPCDPSRVLVAHIPSERRIVSFGSGYGGNSLLGKKCFALRIASRMAQQQGWLAEHMLILGVTSPSGEKRYMAAAFPSACGKTNLAMMTPSLPGWRIHCVGDDIAWMKFDDEGRLRAINPERGFFGVAPGTSSRTNPNAMATIARNTIFTNVGLRSDGGVYWDGLDEPTEPGVTYTSWLGKPWKHGDPEPCAHPNSRFCAPADQCPIMDPRWDDPEGVPIDAIIFGGRRPRGVPLVVEAFGWRHGVFMGSAMRSEATAAAEHKGGRLMHDPFAMRPFFGYNAGRYLEHWLSTGLRSNARLPRLFHVNWFLRDNEGRFVWPGFGHNARVLAWIFGRIQGRDTARPTPIGWVPKEGDLDLGGLPGVDYSQLFPMEKGFWEEECRQLREYYGENFGADLPRDVMAELEGLEERVRKM

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	beta-D-fructofuranose-(2-1)-6-O-octanoyl-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	468.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MALONIC ACID
分子量 formula_weight	104.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1450

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d2faha1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.109 — PEP carboxykinase N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	c.109.1 — PEP carboxykinase N-terminal domain
家族 Family family	c.109.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2faha2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.91 — PEP carboxykinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.91.1 — PEP carboxykinase-like
家族 Family family	c.91.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2fahb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.109 — PEP carboxykinase N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	c.109.1 — PEP carboxykinase N-terminal domain
家族 Family family	c.109.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2fahb2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.91 — PEP carboxykinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.91.1 — PEP carboxykinase-like
家族 Family family	c.91.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2fahc1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.109 — PEP carboxykinase N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	c.109.1 — PEP carboxykinase N-terminal domain
家族 Family family	c.109.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2fahc2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.91 — PEP carboxykinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.91.1 — PEP carboxykinase-like
家族 Family family	c.91.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2fahd1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.109 — PEP carboxykinase N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	c.109.1 — PEP carboxykinase N-terminal domain
家族 Family family	c.109.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2fahd2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.91 — PEP carboxykinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.91.1 — PEP carboxykinase-like
家族 Family family	c.91.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	2fahA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	449 — Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 1

结构域编号 domain_id	2fahA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	8 — Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 2

结构域编号 domain_id	2fahA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	228 — Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2fahB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	449 — Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 1

结构域编号 domain_id	2fahB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	8 — Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 2

结构域编号 domain_id	2fahB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	228 — Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2fahC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	449 — Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 1

结构域编号 domain_id	2fahC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	8 — Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 2

结构域编号 domain_id	2fahC03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	228 — Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2fahD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	449 — Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 1

结构域编号 domain_id	2fahD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	8 — Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Phosphoenolpyruvate Carboxykinase, domain 2

结构域编号 domain_id	2fahD03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	228 — Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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晶胞边长 a length_a	74.595 Å
晶胞边长 b length_b	90.852 Å
晶胞边长 c length_c	103.339 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	64.23 °
晶胞夹角 β angle_beta	73.74 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	71.18 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.090 Å
最低分辨率 resolution_low	32.810 Å
R 因子 r_factor	0.1891
R_work r_work	0.1867
R_free r_free	0.2337

The structure of mitochondrial PEPCK, Complex with Mn and GDP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphoenolpyruvate carboxykinase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2fah__assembly_2__model_1

2fah__assembly_2__model_1 | I(q)

2fah__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

The structure of mitochondrial PEPCK, Complex with Mn and GDP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphoenolpyruvate carboxykinase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2fah__assembly_2__model_1

2fah__assembly_2__model_1 | I(q)

2fah__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)