← 返回搜索
2fau

Crystal structure of human vps26

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 94.3 Å Quality: GOOD
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vacuolar protein sorting 26

Homo sapiens

UniProt O75436

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–327 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；300 K；8% PEG 8000 100mM Na cacodylate pH 6.5 15% glycerol 10mM DTT 1mM TmCl3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K 分辨率 2.10 Å R-free 0.284

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2FAU Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5F0J Structure of retromer VPS26-VPS35 subunits bound to SNX3 提交 2015-11-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 2–326（325 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 24 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.9 M AmSO4, 0.1 M MES pH 6.0
分辨率 2.70 Å R-free 0.246
5F0L Structure of retromer VPS26-VPS35 subunits bound to SNX3 and DMT1 提交 2015-11-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–317（317 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 10 GOL GLYCEROL × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 18 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.75 M AmSO4, 0.1 M MES pH 6.0, 15% Glycerol
分辨率 3.20 Å R-free 0.259
5F0M Structure of retromer VPS26-VPS35 subunits bound to SNX3 and DMT1 (SeMet labeled) 提交 2015-11-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 2–321（320 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.8 M AmSO4, 0.1 M MES pH 6.0, 5% Glycerol
分辨率 3.10 Å R-free 0.254
5F0P Structure of retromer VPS26-VPS35 subunits bound to SNX3 and DMT1(L557M) (SeMet labeled) 提交 2015-11-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–321（321 aa） 片段：Residues 1-321
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 20 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.8 M AmSO4, 0.1 M MES pH 6.0, 10% Glycerol
分辨率 2.78 Å R-free 0.261
7BLO VPS26 dimer region of metazoan membrane-assembled retromer:SNX3 complex modelled with human proteins 提交 2021-01-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 F 8–301（294 aa）
链 J 8–301（294 aa）
未记录 PIB 2-(BUTANOYLOXY)-1-{[(HYDROXY{[2,3,4,6-TETRAHYDROXY-5-(PHOSPHONOOXY)CYCLOHEXYL]OXY}PHOSPHORYL)OXY]METHYL}ETHYL BUTANOATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 9.50 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VPS26_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–329； UniProt 1–327

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2fau

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2fau
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2fau
沉积日期 deposition_date2005-12-08
结构标题 titleCrystal structure of human vps26
关键词 keywordsARRESTIN, RETROMER, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.90 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.54 Å
零角强度 I(0) i018670600.00
分子量 molecular_weight33994.0 kDa
排除体积 excluded_volume43088 ų
包络体积 envelope_volume53965 ų
水化壳体积 shell_volume19945 ų
包络直径 envelope_diameter94.8 Å
壳层 Rg shell_rg29.43 Å
包络 Rg envelope_rg25.78 Å
形状 Rg shape_rg25.45 Å
总 Rg total_rg26.32 Å
总原子数 total_atoms2389
残基数 n_residues286
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax94.3 Å
Rg (实空间) rg_real26.25 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.04 Å
I(0) (实空间) i0_real1.8670e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.7060e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.14 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal18670000.0000
解质量估计 total_estimate0.7857
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary21.6 Å
偏度 Skewness skewness0.667
峰度 Kurtosis kurtosis-0.050
角度范围 angular_range— – 0.3050 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6108000.0000
实空间数据点数 n_real_points62
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.579; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.494; Smooth: 0.981
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2fauA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily640 —
结构域编号 domain_id2fauA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily640 —
▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)