SAXSdb — 2few

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PTS system mannitol-specific EIICBA component

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 491–637	片段：EIIA-MTL, PHOSPHOTRANSFERASE ENZYME II, A DOMAIN COMPONENT 突变：H65Q	mannitol-specific PTS system enzyme IIABC components × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7.4；303 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM TRIS-D11	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2FEW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A3A CRYSTAL STRUCTURE OF IIA MANNITOL FROM ESCHERICHIA COLI 提交 1998-01-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–637（147 aa）片段：IIA DOMAIN, RESIDUES 491 - 637 链 C 491–637（147 aa）片段：IIA DOMAIN, RESIDUES 491 - 637	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.242
1A3A CRYSTAL STRUCTURE OF IIA MANNITOL FROM ESCHERICHIA COLI 提交 1998-01-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 491–637（147 aa）片段：IIA DOMAIN, RESIDUES 491 - 637 链 D 491–637（147 aa）片段：IIA DOMAIN, RESIDUES 491 - 637	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.242
1J6T COMPLEX OF ENZYME IIAMTL AND THE HISTIDINE-CONTAINING PHOSPHOCARRIER PROTEIN HPR FROM ESCHERICHIA COLI NMR, RESTRAINED REGULARIZED MEAN STRUCTURE 提交 2002-08-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 491–637（147 aa）片段：EIIA DOMAIN	未记录	PO3 PHOSPHITE ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；308 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM SODIUM PHOSPHATE	分辨率未提供
1VKR STRUCTURE OF IIB DOMAIN OF THE MANNITOL-SPECIFIC PERMEASE ENZYME II 提交 2004-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 367–489（123 aa）片段：IIB DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.1；308 K；离子强度（mmCIF原始值）40 mM SODIUM PHOSPHATE	分辨率未提供
1VRV Structure of phosphorylated IIB (C384(SEP)) domain of the mannitol-specific permease enzyme II 提交 2005-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 375–475（101 aa）片段：IIB DOMAIN	突变：C384(SEP) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0 EXCEPT FOR RDC MEASUREMENTS IN PHAGE PF1 WHERE IT WAS 0.5M	分辨率未提供

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PTM3C_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–148； UniProt 491–637

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2few
沉积日期 deposition_date	2005-12-16
结构标题 title	Complex of enzyme IIAMTL and phosphorylated enzyme IIBMTL from Escherichia coli NMR, restrained regularized mean structure
关键词 keywords	PHOSPHOTRANSFERASE, TRANSFERASE, KINASE, SUGAR TRANSPORT, COMPLEX (TRANSFERASE-PHOSPHOCARRIER); TRANSFERASE
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.15 Å
零角强度 I(0) i0	12883000.00
分子量 molecular_weight	26360.0 kDa
排除体积 excluded_volume	32910 Å³
包络体积 envelope_volume	39051 Å³
水化壳体积 shell_volume	18088 Å³
包络直径 envelope_diameter	62.4 Å
壳层 Rg shell_rg	24.20 Å
包络 Rg envelope_rg	18.51 Å
形状 Rg shape_rg	18.16 Å
总 Rg total_rg	19.06 Å
总原子数 total_atoms	3725
残基数 n_residues	240
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	62.8 Å
Rg (实空间) rg_real	19.24 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2880e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5540e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	12880000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8104
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.274
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.332
角度范围 angular_range	— – 0.4100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3820000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.845; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PTS system mannitol-specific EIICBA component
分子量 formula_weight	16338.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.69
突变 mutation	H65Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3725

MANLFKLGAENIFLGRKAATKEEAIRFAGEQLVKGGYVEPEYVQAMLDREKLTPTYLGESIAVPQGTVEAKDRVLKTGVVFCQYPEGVRFGEEEDDIARLVIGIAARNNEHIQVITSLTNALDDESVIERLAHTTSVDEVLELLAGRK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	mannitol-specific PTS system enzyme IIABC components
分子量 formula_weight	11028.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.69
突变 mutation	C384(SEP)
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SHVRKIIVASDAGMGSSAMGAGVLRKKIQDAGLSQISVTNSAINNLPPDVDLVITHRDLTERAMRQVPQAQHISLTNFLDSGLYTSLTERLVAAQRHTENE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli O157:H7
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83334
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2fewa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.112 — Phoshotransferase/anion transport protein
超家族 Superfamily superfamily	d.112.1 — Phoshotransferase/anion transport protein
家族 Family family	d.112.1.1 — IIA domain of mannitol-specific and ntr phosphotransferase EII

结构域编号 domain_id	d2fewb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.44 — Phosphotyrosine protein phosphatases I-like
超家族 Superfamily superfamily	c.44.2 — PTS system IIB component-like
家族 Family family	c.44.2.1 — PTS system, Lactose/Cellobiose specific IIB subunit

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2fewA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	930 — Mannitol-specific EII; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannitol-specific EII; Chain A

结构域编号 domain_id	2fewB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2300 — Response regulator

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

fit	/app/data/saxs_computation/fe/2few/2few.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fe/2few/2few.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fe/2few/2few.dat

Complex of enzyme IIAMTL and phosphorylated enzyme IIBMTL from Escherichia coli NMR, restrained regularized mean structure

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PTS system mannitol-specific EIICBA component

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)