2ff4

Mycobacterium tuberculosis EmbR in complex with low affinity phosphopeptide

Method: X-RAY DIFFRACTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable regulatory protein embR

Mycobacterium tuberculosis

UniProt P66799

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 DNA repair protein RAD9 × 1 (P14737) water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 DNA repair protein RAD9 × 1 (P14737) water × 2 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 DNA repair protein RAD9 × 2 (P14737) water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EMBR_MYCTU
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–388; UniProt 1–388 作者链 B; PDB构建体 1–388; UniProt 1–388

DNA repair protein RAD9

物种未注明

UniProt P14737

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Probable regulatory protein embR × 1 (P66799) water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Probable regulatory protein embR × 1 (P66799) water × 2 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Probable regulatory protein embR × 2 (P66799) water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RAD9_YEAST
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–8; UniProt 188–195 作者链 F; PDB构建体 1–8; UniProt 188–195

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2ff4
沉积日期 deposition_date2005-12-19
结构标题 titleMycobacterium tuberculosis EmbR in complex with low affinity phosphopeptide
关键词 keywordswinged-helix; tetratricopeptide repeat; beta-sandwich, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2ff4__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2ff4__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

2ff4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)23.67 Å
Rg(电子密度)22.60 Å
总 Rg23.44 Å
原子数2954
残基数386
排除体积52040 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2ff4__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 2ff4__assembly_2__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 2ff4__assembly_3__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd2ff4a1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamilya.4.6 — C-terminal effector domain of the bipartite response regulators
家族 Family familya.4.6.1 — PhoB-like
结构域编号 domain_idd2ff4a2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamilya.118.8 — TPR-like
家族 Family familya.118.8.3 — BTAD-like
结构域编号 domain_idd2ff4a3
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.26 — SMAD/FHA domain
超家族 Superfamily superfamilyb.26.1 — SMAD/FHA domain
家族 Family familyb.26.1.2 — FHA domain
结构域编号 domain_idd2ff4b1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamilya.4.6 — C-terminal effector domain of the bipartite response regulators
家族 Family familya.4.6.1 — PhoB-like
结构域编号 domain_idd2ff4b2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamilya.118.8 — TPR-like
家族 Family familya.118.8.3 — BTAD-like
结构域编号 domain_idd2ff4b3
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.26 — SMAD/FHA domain
超家族 Superfamily superfamilyb.26.1 — SMAD/FHA domain
家族 Family familyb.26.1.2 — FHA domain

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id2ff4A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain
结构域编号 domain_id2ff4A02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Tetratricopeptide repeat domain
结构域编号 domain_id2ff4A03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Tumour Suppressor Smad4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20
结构域编号 domain_id2ff4B01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain
结构域编号 domain_id2ff4B02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Tetratricopeptide repeat domain
结构域编号 domain_id2ff4B03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Tumour Suppressor Smad4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20

7. 引用文献 (1)