2fif

Crystal Structure of a Bovine Rabex-5 fragment complexed with ubiquitin

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 100.2 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–76	未记录	Rab5 GDP/GTP exchange factor × 1 （O18973） SO4 SULFATE ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；295 K；20-25% PEG 4000, 0.2M lithium sulfate , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.49 Å R-free 0.263
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–76	未记录	Rab5 GDP/GTP exchange factor × 1 （O18973） ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；295 K；20-25% PEG 4000, 0.2M lithium sulfate , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.49 Å R-free 0.263
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–76	未记录	Rab5 GDP/GTP exchange factor × 1 （O18973） ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；295 K；20-25% PEG 4000, 0.2M lithium sulfate , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.49 Å R-free 0.263

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2FIF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AAR STRUCTURE OF A DIUBIQUITIN CONJUGATE AND A MODEL FOR INTERACTION WITH UBIQUITIN CONJUGATING ENZYME (E2) 提交 1992-04-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–76（76 aa）链 B 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1P3Q Mechanism of Ubiquitin Recognition by the CUE Domain of VPS9 提交 2003-04-18	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 V 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；PEG 3350, magnesium chloride, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.277
1P3Q Mechanism of Ubiquitin Recognition by the CUE Domain of VPS9 提交 2003-04-18	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 U 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；PEG 3350, magnesium chloride, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.277
1V80 Solution structures of ubiquitin at 30 bar and 3 kbar 提交 2003-12-27	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.6；293 K；离子强度（mmCIF原始值）0.03；压力 30 NMR测量条件 pH 4.6；293 K；离子强度（mmCIF原始值）0.03；压力 1 NMR样品组成 10mM Ubiquitin; 30mM deutrated acetate buffer; 92% H2O, 8% D2O \| 92% H2O, 8% D2O NMR样品组成 3.0mM 15N-Ubiquitin; 30mM deutrated acetate buffer; 95% H2O, 5% D20 \| 95% H2O, 5% D20 NMR样品组成 1.8mM 15N-13C-Ubiquitin; 30mM deutrated acetate buffer; 95% H2O, 5% D2O \| 95% H2O, 5% D20	分辨率未提供
1V81 Solution structures of ubiquitin at 30 bar and 3 kbar 提交 2003-12-27	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.6；293 K；离子强度（mmCIF原始值）0.03；压力 3000 NMR样品组成 10mM Ubiquitin; 30mM deutrated acetate buffer; 92% H2O, 8% D2O \| 92% H2O, 8% D2O NMR样品组成 3mM 15N-Ubiquitin; 30mM deutrated acetate buffer; 95% H2O, 5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 1.8mM 15N-13C-Ubiquitin; 30mM deutrated acetate buffer; 95% H2O, 5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
1WR6 Crystal structure of GGA3 GAT domain in complex with ubiquitin 提交 2004-10-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG3350, Ammonium formate, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.290
1WR6 Crystal structure of GGA3 GAT domain in complex with ubiquitin 提交 2004-10-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG3350, Ammonium formate, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.290
1WR6 Crystal structure of GGA3 GAT domain in complex with ubiquitin 提交 2004-10-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG3350, Ammonium formate, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.290
1WR6 Crystal structure of GGA3 GAT domain in complex with ubiquitin 提交 2004-10-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG3350, Ammonium formate, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.290
1WRD Crystal structure of Tom1 GAT domain in complex with ubiquitin 提交 2004-10-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；sodium citrate, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.75 Å R-free 0.259
1WRD Crystal structure of Tom1 GAT domain in complex with ubiquitin 提交 2004-10-14	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric	链 B 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；sodium citrate, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.75 Å R-free 0.259
1YD8 COMPLEX OF HUMAN GGA3 GAT DOMAIN AND UBIQUITIN 提交 2004-12-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 U 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å R-free 0.297
1YD8 COMPLEX OF HUMAN GGA3 GAT DOMAIN AND UBIQUITIN 提交 2004-12-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 V 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å R-free 0.297
2C7M Human Rabex-5 residues 1-74 in complex with Ubiquitin 提交 2005-11-25	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–76（76 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；SITTING DROP 300 NL PLUS 300 NL 20 MG/ML PROTEIN SOLUTION 0.2 M LIS2SO4, 0.1 MES PH 6.5 25% PEG3350	分辨率 2.40 Å R-free 0.214
2C7N Human Rabex-5 residues 1-74 in complex with Ubiquitin 提交 2005-11-25	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–76（76 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；SITTING DROP 300NL PLUS 300NL 0.2M AMMONIUM ACETATE 0.1M NACITRATE PH 6.5 25% PEG400	分辨率 2.10 Å R-free 0.238
2C7N Human Rabex-5 residues 1-74 in complex with Ubiquitin 提交 2005-11-25	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–76（76 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；SITTING DROP 300NL PLUS 300NL 0.2M AMMONIUM ACETATE 0.1M NACITRATE PH 6.5 25% PEG400	分辨率 2.10 Å R-free 0.238
2C7N Human Rabex-5 residues 1-74 in complex with Ubiquitin 提交 2005-11-25	实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–76（76 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；SITTING DROP 300NL PLUS 300NL 0.2M AMMONIUM ACETATE 0.1M NACITRATE PH 6.5 25% PEG400	分辨率 2.10 Å R-free 0.238
2C7N Human Rabex-5 residues 1-74 in complex with Ubiquitin 提交 2005-11-25	实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–76（76 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；SITTING DROP 300NL PLUS 300NL 0.2M AMMONIUM ACETATE 0.1M NACITRATE PH 6.5 25% PEG400	分辨率 2.10 Å R-free 0.238
2C7N Human Rabex-5 residues 1-74 in complex with Ubiquitin 提交 2005-11-25	实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 J 1–76（76 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；SITTING DROP 300NL PLUS 300NL 0.2M AMMONIUM ACETATE 0.1M NACITRATE PH 6.5 25% PEG400	分辨率 2.10 Å R-free 0.238
2C7N Human Rabex-5 residues 1-74 in complex with Ubiquitin 提交 2005-11-25	实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 1–76（76 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；SITTING DROP 300NL PLUS 300NL 0.2M AMMONIUM ACETATE 0.1M NACITRATE PH 6.5 25% PEG400	分辨率 2.10 Å R-free 0.238
2D3G Double sided ubiquitin binding of Hrs-UIM 提交 2005-09-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–76（76 aa）链 B 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.5；289 K；PEG400, CHES, pH 9.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.70 Å R-free 0.228
2DX5 The complex structure between the mouse EAP45-GLUE domain and ubiquitin 提交 2006-08-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；18% PEG600, 0.1M HEPPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.35 Å R-free 0.329
2FID Crystal Structure of a Bovine Rabex-5 fragment complexed with ubiquitin 提交 2005-12-29	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–76（76 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；295 K；20-25% PEG 4000, 0.2M lithium sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.80 Å R-free 0.268
2OOB crystal structure of the UBA domain from Cbl-b ubiquitin ligase in complex with ubiquitin 提交 2007-01-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.2M calcium chloride, 0.1M sodium acetate, 20% PEG6000, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.256
2QHO Crystal structure of the UBA domain from EDD ubiquitin ligase in complex with ubiquitin 提交 2007-07-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.1M citric acid, 20% PEG 6000, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.85 Å R-free 0.258
2QHO Crystal structure of the UBA domain from EDD ubiquitin ligase in complex with ubiquitin 提交 2007-07-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.1M citric acid, 20% PEG 6000, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.85 Å R-free 0.258
2QHO Crystal structure of the UBA domain from EDD ubiquitin ligase in complex with ubiquitin 提交 2007-07-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.1M citric acid, 20% PEG 6000, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.85 Å R-free 0.258
2QHO Crystal structure of the UBA domain from EDD ubiquitin ligase in complex with ubiquitin 提交 2007-07-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–76（76 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.1M citric acid, 20% PEG 6000, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.85 Å R-free 0.258
2WWZ TAB2 NZF DOMAIN IN COMPLEX WITH Lys63-linked di-ubiquitin, P212121 提交 2009-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–76（76 aa）链 B 1–76（76 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.40 Å R-free 0.202
2WX0 TAB2 NZF DOMAIN IN COMPLEX WITH Lys63-linked di-ubiquitin, P21 提交 2009-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–76（76 aa）链 B 1–76（76 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å R-free 0.236
2WX0 TAB2 NZF DOMAIN IN COMPLEX WITH Lys63-linked di-ubiquitin, P21 提交 2009-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 1–76（76 aa）链 F 1–76（76 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å R-free 0.236
2WX1 TAB2 NZF DOMAIN IN COMPLEX WITH Lys63-linked tri-ubiquitin, P212121 提交 2009-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–76（76 aa）链 B 1–76（76 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å R-free 0.269
3H1U Structure of ubiquitin in complex with Cd ions 提交 2009-04-14	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–76（76 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；291.15 K；100mM HEPES pH 7.5, 50mm Cadmium sulfate, 1.0M Sodium citrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K	分辨率 3.00 Å R-free 0.257
3H1U Structure of ubiquitin in complex with Cd ions 提交 2009-04-14	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–76（76 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；291.15 K；100mM HEPES pH 7.5, 50mm Cadmium sulfate, 1.0M Sodium citrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K	分辨率 3.00 Å R-free 0.257
3M3J A new crystal form of Lys48-linked diubiquitin 提交 2010-03-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–76（76 aa）链 B 1–76（76 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；30% PEG 4000, 0.2M lithium sulfate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.60 Å R-free 0.229
3M3J A new crystal form of Lys48-linked diubiquitin 提交 2010-03-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–76（76 aa）链 D 1–76（76 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；30% PEG 4000, 0.2M lithium sulfate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.60 Å R-free 0.229
3M3J A new crystal form of Lys48-linked diubiquitin 提交 2010-03-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–76（76 aa）链 F 1–76（76 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；30% PEG 4000, 0.2M lithium sulfate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.60 Å R-free 0.229

共 19 个其他 PDB 条目、37 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBIQ_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 C； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 E； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76

Rab5 GDP/GTP exchange factor

Bos taurus

UniProt O18973

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 9–73	片段：A20 zinc finger and inverted ubiquitin interacting motif domains	Ubiquitin × 1 （P62990） SO4 SULFATE ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；295 K；20-25% PEG 4000, 0.2M lithium sulfate , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.49 Å R-free 0.263
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 9–73	片段：A20 zinc finger and inverted ubiquitin interacting motif domains	Ubiquitin × 1 （P62990） ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；295 K；20-25% PEG 4000, 0.2M lithium sulfate , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.49 Å R-free 0.263
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 9–73	片段：A20 zinc finger and inverted ubiquitin interacting motif domains	Ubiquitin × 1 （P62990） ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；295 K；20-25% PEG 4000, 0.2M lithium sulfate , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.49 Å R-free 0.263

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 2FIF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2FID Crystal Structure of a Bovine Rabex-5 fragment complexed with ubiquitin 提交 2005-12-29	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 9–73（65 aa）片段：A20 zinc finger and inverted ubiquitin interacting motif domains	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；295 K；20-25% PEG 4000, 0.2M lithium sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.80 Å R-free 0.268

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RABX5_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 6–70； UniProt 9–73 作者链 D； PDB构建体 6–70； UniProt 9–73 作者链 F； PDB构建体 6–70； UniProt 9–73

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2fif
沉积日期 deposition_date	2005-12-29
结构标题 title	Crystal Structure of a Bovine Rabex-5 fragment complexed with ubiquitin
关键词 keywords	zinc finger, helix, PROTEIN TURNOVER-ENDOCYTOSIS COMPLEX; PROTEIN TURNOVER/ENDOCYTOSIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.05 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.54 Å
零角强度 I(0) i0	36127900.00
分子量 molecular_weight	45814.0 kDa
排除体积 excluded_volume	56924 Å³
包络体积 envelope_volume	82586 Å³
水化壳体积 shell_volume	23764 Å³
包络直径 envelope_diameter	102.0 Å
壳层 Rg shell_rg	35.87 Å
包络 Rg envelope_rg	29.79 Å
形状 Rg shape_rg	30.54 Å
总 Rg total_rg	31.08 Å
总原子数 total_atoms	3209
残基数 n_residues	392
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	100.2 Å
Rg (实空间) rg_real	31.17 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.84 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.6130e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.5730e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.12 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	36130000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8893
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	29.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.282
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.716
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2532000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.942; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.817; Smooth: 0.912

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ubiquitin
分子量 formula_weight	8576.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E
原子数 atom_count	3228

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Rab5 GDP/GTP exchange factor
分子量 formula_weight	8124.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F

GAMGSGIHVDQSELLCKKGCGYYGNPAWQGFCSKCWREEYHKARQKQIQEDWELAERLQREEEEAFASSQ

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	cattle
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	19

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d2fifa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d2fifb_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.39 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
超家族 Superfamily superfamily	g.39.1 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
家族 Family family	g.39.1.15 — A20-like zinc finger

结构域编号 domain_id	d2fifc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d2fifd_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.39 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
超家族 Superfamily superfamily	g.39.1 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
家族 Family family	g.39.1.15 — A20-like zinc finger

结构域编号 domain_id	d2fife_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d2fiff_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.39 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
超家族 Superfamily superfamily	g.39.1 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
家族 Family family	g.39.1.15 — A20-like zinc finger

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	2fifA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	2fifB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	4770 —

结构域编号 domain_id	2fifC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	2fifD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	4770 —

结构域编号 domain_id	2fifE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	2fifF01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	4770 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	192.200 Å
晶胞边长 b length_b	44.420 Å
晶胞边长 c length_c	69.170 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	108.98 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.490 Å
最低分辨率 resolution_low	90.910 Å
R 因子 r_factor	0.2300
R_work r_work	0.2282
R_free r_free	0.2635

fit	/app/data/saxs_computation/fi/2fif/2fif.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fi/2fif/2fif.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fi/2fif/2fif.dat

Crystal Structure of a Bovine Rabex-5 fragment complexed with ubiquitin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Rab5 GDP/GTP exchange factor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)