2fil

;Crystal Structure Analysis of the A-DNA Decamer GCGT-2'OMeA-faT-ACGC, with Incorporated 2'-O-Methylated-Adenosine (2'OMeA) and 2'-Fluoroarabino-Thymidine (faT) ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 62.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2fil
沉积日期 deposition_date	2005-12-29
结构标题 title	;Crystal Structure Analysis of the A-DNA Decamer GCGT-2'OMeA-faT-ACGC, with Incorporated 2'-O-Methylated-Adenosine (2'OMeA) and 2'-Fluoroarabino-Thymidine (faT) ;
关键词 keywords	;2'-Fluoroarabino Acid, Sugar Modifications, A-form DNA, DNA ;; DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.56 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.34 Å
零角强度 I(0) i0	8962800.00
分子量 molecular_weight	13451.0 kDa
排除体积 excluded_volume	12957 Å³
包络体积 envelope_volume	17535 Å³
水化壳体积 shell_volume	10111 Å³
包络直径 envelope_diameter	60.5 Å
壳层 Rg shell_rg	20.32 Å
包络 Rg envelope_rg	16.37 Å
形状 Rg shape_rg	16.29 Å
总 Rg total_rg	16.86 Å
总原子数 total_atoms	868
残基数 n_residues	32
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	62.3 Å
Rg (实空间) rg_real	16.69 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.9630e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1640e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.68 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	8963000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7986
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	16.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.506
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.199
角度范围 angular_range	— – 0.4800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	788900.0000
实空间数据点数 n_real_points	78
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.600; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.579; Smooth: 1.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	32.733 Å
晶胞边长 b length_b	69.180 Å
晶胞边长 c length_c	32.831 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.21 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.690 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2040
R_work r_work	0.2034
R_free r_free	0.2154

描述 description	5'-D(GPCPGPTP(A2M)P(TAF)PAPCPGPC)-3'
分子量 formula_weight	3093.0 kDa
突变 mutation	;2'-Methylation at A5 and incorperated 2'-fluoroarabino-T at position 6 ;
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	1037

;Crystal Structure Analysis of the A-DNA Decamer GCGT-2'OMeA-faT-ACGC, with Incorporated 2'-O-Methylated-Adenosine (2'OMeA) and 2'-Fluoroarabino-Thymidine (faT) ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 non-polymer

Entity 3 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

描述 description	COBALT HEXAMMINE(III)
分子量 formula_weight	161.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	169

fit	/app/data/saxs_computation/fi/2fil/2fil.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fi/2fil/2fil.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fi/2fil/2fil.dat