2fkp

The mutant G127C-T313C of Deinococcus Radiodurans N-acylamino acid racemase

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

当前条目没有可用的 UniProt 蛋白身份。

七张关系表仍保留该条目的 assembly 与组成信息,但缺少统一蛋白身份时,不能可靠建立跨 PDB 的同蛋白链接。

当前条目的 assembly 组成

Assembly 物理组成 蛋白状态 蛋白 / DNA / RNA / 其他聚合物 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 8 / 0 / 0 / 0 与蛋白数一致
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 8 / 0 / 0 / 0 与蛋白数一致

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2fkp
沉积日期 deposition_date2006-01-05
结构标题 titleThe mutant G127C-T313C of Deinococcus Radiodurans N-acylamino acid racemase
关键词 keywordsN-Acylamino Acid Racemase, Deinococcus Radiodurans, ISOMERASE; ISOMERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2fkp__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2fkp__assembly_2__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 109 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

2fkp__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)42.49 Å
Rg(电子密度)41.95 Å
总 Rg42.33 Å
原子数22136
残基数2880
排除体积392100 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2fkp__assembly_1__model_1 octameric (8) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 2fkp__assembly_2__model_1 octameric (8) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_idd2fkpa1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.11 — Enolase C-terminal domain-like
家族 Family familyc.1.11.2 — D-glucarate dehydratase-like
结构域编号 domain_idd2fkpa2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.54 — Enolase N-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilyd.54.1 — Enolase N-terminal domain-like
家族 Family familyd.54.1.1 — Enolase N-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd2fkpb1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.54 — Enolase N-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilyd.54.1 — Enolase N-terminal domain-like
家族 Family familyd.54.1.1 — Enolase N-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd2fkpb2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.11 — Enolase C-terminal domain-like
家族 Family familyc.1.11.2 — D-glucarate dehydratase-like
结构域编号 domain_idd2fkpc1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.54 — Enolase N-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilyd.54.1 — Enolase N-terminal domain-like
家族 Family familyd.54.1.1 — Enolase N-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd2fkpc2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.11 — Enolase C-terminal domain-like
家族 Family familyc.1.11.2 — D-glucarate dehydratase-like
结构域编号 domain_idd2fkpd1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.54 — Enolase N-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilyd.54.1 — Enolase N-terminal domain-like
家族 Family familyd.54.1.1 — Enolase N-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd2fkpd2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.11 — Enolase C-terminal domain-like
家族 Family familyc.1.11.2 — D-glucarate dehydratase-like

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id2fkpA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Enolase-like, N-terminal domain
结构域编号 domain_id2fkpA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily120 — Enolase-like C-terminal domain
结构域编号 domain_id2fkpB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Enolase-like, N-terminal domain
结构域编号 domain_id2fkpB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily120 — Enolase-like C-terminal domain
结构域编号 domain_id2fkpC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Enolase-like, N-terminal domain
结构域编号 domain_id2fkpC02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily120 — Enolase-like C-terminal domain
结构域编号 domain_id2fkpD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Enolase-like, N-terminal domain
结构域编号 domain_id2fkpD02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily120 — Enolase-like C-terminal domain
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7. 引用文献 (1)