2flo

Crystal structure of exopolyphosphatase (PPX) from E. coli O157:H7

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Exopolyphosphatase

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PPX_ECO57
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 13–524； UniProt 1–512 作者链 B； PDB构建体 13–524； UniProt 1–512 作者链 C； PDB构建体 13–524； UniProt 1–512 作者链 D； PDB构建体 13–524； UniProt 1–512

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2flo
沉积日期 deposition_date	2006-01-06
结构标题 title	Crystal structure of exopolyphosphatase (PPX) from E. coli O157:H7
关键词 keywords	;exopolyphosphatase, PPX/GPPA, metaphosphatase, Structural Genomics, Bacterial Structural Genomics, Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative, BSGI, HYDROLASE ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2flo__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2flo__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2flo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	33.55 Å
Rg（电子密度）	32.92 Å
总 Rg	33.55 Å
原子数	7913
残基数	959
排除体积	141460 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2flo__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2flo__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Exopolyphosphatase
分子量 formula_weight	60213.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.1.11
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	16478

MGSSHHHHHHGSPIHDKSPRPQEFAAVDLGSNSFHMVIARVVDGAMQIIGRLKQRVHLADGLGPDNMLSEEAMTRGLNCLSLFAERLQGFSPASVCIVGTHTLRQALNATDFLKRAEKVIPYPIEIISGNEEARLIFMGVEHTQPEKGRKLVIDIGGGSTELVIGENFEPILVESRRMGCVSFAQLYFPGGVINKENFQRARMAAAQKLETLTWQFRIQGWNVAMGASGTIKAAHEVLMEMGEKDGIITPERLEKLVKEVLRHRNFASLSLPGLSEERKTVFVPGLAILCGVFDALAIRELRLSDGALREGVLYEMEGRFRHQDVRSRTASSLANQYHIDSEQARRVLDTTMQMYEQWREQQPKLAHPQLEALLRWAAMLHEVGLNINHSGLHRHSAYILQNSDLPGFNQEQQLMMATLVRYHRKAIKLDDLPRFTLFKKKQFLPLIQLLRLGVLLNNQRQATTTPPTLTLITDDSHWTLRFPHDWFSQNALVLLDLEKEQEYWEGVAGWRLKIEEESTPEIAA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83334
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	630

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d2floa1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.211 — HD-domain/PDEase-like
超家族 Superfamily superfamily	a.211.1 — HD-domain/PDEase-like
家族 Family family	a.211.1.5 — Ppx associated domain

结构域编号 domain_id	d2floa2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.8 — Ppx/GppA phosphatase

结构域编号 domain_id	d2floa3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.8 — Ppx/GppA phosphatase

结构域编号 domain_id	d2flob1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.211 — HD-domain/PDEase-like
超家族 Superfamily superfamily	a.211.1 — HD-domain/PDEase-like
家族 Family family	a.211.1.5 — Ppx associated domain

结构域编号 domain_id	d2flob2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.8 — Ppx/GppA phosphatase

结构域编号 domain_id	d2flob3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.8 — Ppx/GppA phosphatase

结构域编号 domain_id	d2floc1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.211 — HD-domain/PDEase-like
超家族 Superfamily superfamily	a.211.1 — HD-domain/PDEase-like
家族 Family family	a.211.1.5 — Ppx associated domain

结构域编号 domain_id	d2floc2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.8 — Ppx/GppA phosphatase

结构域编号 domain_id	d2floc3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.8 — Ppx/GppA phosphatase

结构域编号 domain_id	d2flod1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.211 — HD-domain/PDEase-like
超家族 Superfamily superfamily	a.211.1 — HD-domain/PDEase-like
家族 Family family	a.211.1.5 — Ppx associated domain

结构域编号 domain_id	d2flod2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.8 — Ppx/GppA phosphatase

结构域编号 domain_id	d2flod3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.8 — Ppx/GppA phosphatase

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	2floA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	2floA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Exopolyphosphatase. Domain 2

结构域编号 domain_id	2floA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3210 — Hypothetical protein af1432
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hypothetical protein af1432

结构域编号 domain_id	2floA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2260 —

结构域编号 domain_id	2floB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	2floB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Exopolyphosphatase. Domain 2

结构域编号 domain_id	2floB03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3210 — Hypothetical protein af1432
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hypothetical protein af1432

结构域编号 domain_id	2floB04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2260 —

结构域编号 domain_id	2floC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	2floC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Exopolyphosphatase. Domain 2

结构域编号 domain_id	2floC03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3210 — Hypothetical protein af1432
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hypothetical protein af1432

结构域编号 domain_id	2floC04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2260 —

结构域编号 domain_id	2floD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — ATPase, nucleotide binding domain

结构域编号 domain_id	2floD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Exopolyphosphatase. Domain 2

结构域编号 domain_id	2floD03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3210 — Hypothetical protein af1432
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hypothetical protein af1432

结构域编号 domain_id	2floD04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2260 —

▶

晶胞边长 a length_a	95.547 Å
晶胞边长 b length_b	132.139 Å
晶胞边长 c length_c	107.850 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	105.10 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2048
R_work r_work	0.2025
R_free r_free	0.2471

Crystal structure of exopolyphosphatase (PPX) from E. coli O157:H7

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Exopolyphosphatase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2flo__assembly_1__model_1

2flo__assembly_1__model_1 | I(q)

2flo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of exopolyphosphatase (PPX) from E. coli O157:H7

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Exopolyphosphatase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2flo__assembly_1__model_1

2flo__assembly_1__model_1 | I(q)

2flo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)