SAXSdb — 2fnq

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Allene oxide synthase-lipoxygenase protein

Plexaura homomalla

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	FE (II) ION × 1 CALCIUM ION × 3	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	FE (II) ION × 1 CALCIUM ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AOSL_PLEHO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 7–699； UniProt 374–1066 作者链 B； PDB构建体 7–699； UniProt 374–1066

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2fnq
沉积日期 deposition_date	2006-01-11
结构标题 title	Insights from the X-ray crystal structure of coral 8R-lipoxygenase: calcium activation via A C2-like domain and a structural basis of product chirality
关键词 keywords	beta-barrel, eicosanoid, fatty acid, c2-like domain, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2fnq__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2fnq__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2fnq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.82 Å
Rg（电子密度）	27.22 Å
总 Rg	27.89 Å
原子数	5217
残基数	669
排除体积	92060 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2fnq__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2fnq__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Allene oxide synthase-lipoxygenase protein
分子量 formula_weight	79937.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.13.11.40
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	10434

MHHHHHAIYNVEVETGDREHAGTDATITIRITGAKGRTDYLKLDKWFHNDFEAGSKEQYTVQGFDVGDIQLIELHSDGGGYWSGDPDWFVNRVIIISSTQDRVYSFPCFRWVIKDMVLFPGEATLPFNEVPAIVSEQRQKELEQRKLTYQWDYVSDDMPGNIKAKTHDDLPRDVQFTDEKSRSYQESRKAALVNLGIGSLFTMFENWDSYDDYHILYRNWILGGTPNMADRWHEDRWFGYQFLNGANPVILTRCDALPSNFPVTNEHVNASLDRGKNLDEEIKDGHIYIVDFKVLVGAKSYGGPVLEDIGYKVPDHLKHDEADIRYCAAPLALFYVNKLGHLMPIAIQINQEPGPENPIWTPHEENEHDWMMAKFWLGVAESNFHQLNTHLLRTHLTTESFALSTWRNLASAHPVFKLLQPHIYGVLAIDTIGRKELIGSGGIVDQSLSLGGGGHVTFMEKCFKEVNLQDYHLPNALKKRGVDDPSKLPGFYYRDDGLALWEAIETFIGEIIAIFYKNDDDVKRDNEIQSWIYDVHKNGWRVNPGHQDHGVPASFESREQLKEVLTSLVFTFSCQHAAVNFSQKDHYGFTPNAPAVLRHPPPKKKGEATLQSILSTLPSKSQAAKAIATVYILTKFSEDERYLGNYSATAWEDKDALDAINRFQDKLEDISKKIKQRNENLEVPYIYLLPERIPNGTAI

来源 Source

来源生物 organism	Plexaura homomalla
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	47982
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	2fnqA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	60 — Lipoxygenase-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — PLAT/LH2 domain

结构域编号 domain_id	2fnqA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	245 — Lipoxygenase-1; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Lipoxygenase-1; Domain 5

结构域编号 domain_id	2fnqA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	2fnqB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	60 — Lipoxygenase-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — PLAT/LH2 domain

结构域编号 domain_id	2fnqB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	245 — Lipoxygenase-1; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Lipoxygenase-1; Domain 5

结构域编号 domain_id	2fnqB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

▶

晶胞边长 a length_a	69.554 Å
晶胞边长 b length_b	78.023 Å
晶胞边长 c length_c	176.490 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.66 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	29.000 Å
R 因子 r_factor	0.2540
R_work r_work	0.2540
R_free r_free	0.2960

Insights from the X-ray crystal structure of coral 8R-lipoxygenase: calcium activation via A C2-like domain and a structural basis of product chirality

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Allene oxide synthase-lipoxygenase protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2fnq__assembly_1__model_1

2fnq__assembly_1__model_1 | I(q)

2fnq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Insights from the X-ray crystal structure of coral 8R-lipoxygenase: calcium activation via A C2-like domain and a structural basis of product chirality

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Allene oxide synthase-lipoxygenase protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2fnq__assembly_1__model_1

2fnq__assembly_1__model_1 | I(q)

2fnq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)