SAXSdb — 2fq6

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cystathionine beta-lyase

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–395 链 B； UniProt 1–395	未记录	P3F PHOSPHORIC ACID MONO-(5-HYDROXY-6-METHYL-4-{[2-(2-TRIFLUOROMETHYL-BENZOYLAMINO)-ACETYL]-HYDRAZONOMETHYL}-PYRIDIN-3-YLMETHYL)ESTER × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；298 K；0.1M Hepes, 0.15M calcium chloride, 26% PEG 400, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.78 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2FQ6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CL1 CYSTATHIONINE BETA-LYASE (CBL) FROM ESCHERICHIA COLI 提交 1997-09-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–395（395 aa）链 B 1–395（395 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	BCT BICARBONATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.2；20% PEG400, 0.15M CACL2, 0.1 M HEPES/NAOH (PH 8.2)	分辨率 1.83 Å R-free 0.221
1CL2 CYSTATHIONINE BETA-LYASE (CBL) FROM ESCHERICHIA COLI IN COMPLEX WITH AMINOETHOXYVINYLGLYCINE 提交 1997-09-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–395（395 aa）链 B 1–395（395 aa）	未记录	PPG (2E,3E)-4-(2-aminoethoxy)-2-[({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methyl)imino]but-3-enoic acid × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.2；20% PEG400, 0.15M CACL2, 0.1 M HEPES/NAOH (PH 8.2)	分辨率 2.20 Å
2GQN Cystathionine Beta-Lyase (CBL) from Escherichia Coli in complex with N-Hydrazinocarbonylmethyl-2-Nitro-Benzamide 提交 2006-04-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–395（395 aa）链 B 1–395（395 aa）	未记录	BLP (5-HYDROXY-6-METHYL-4-((2-(2-(2-NITROBENZAMIDO)ACETYL)HYDRAZINYL)METHYL)PYRIDIN-3-YL)METHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；298 K；0.1M Hepes, 0.15M calcium chloride, and 26% PEG400, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.227
4ITG P113S mutant of E. coli Cystathionine beta-lyase MetC 提交 2013-01-18	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–395（395 aa）链 B 1–395（395 aa）	突变：P113S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：P113S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；293 K；20% PEG400, 0.15M CACL2, 0.1 M HEPES/NAOH (PH 8.2), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.74 Å R-free 0.198
4ITX P113S mutant of E. coli Cystathionine beta-lyase MetC inhibited by reaction with L-Ala-P 提交 2013-01-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–395（395 aa）链 B 1–395（395 aa）	突变：P113S 突变：P113S	IN5 {1-[(3-HYDROXY-METHYL-5-PHOSPHONOOXY-METHYL-PYRIDIN-4-YLMETHYL)-AMINO]-ETHYL}-PHOSPHONIC ACID × 4 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；293 K；20% PEG400, 0.15M CACL2, 0.1 M HEPES/NAOH (PH 8.2), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.61 Å R-free 0.195

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	METC_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 21–415； UniProt 1–395 作者链 B； PDB构建体 21–415； UniProt 1–395

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2fq6
沉积日期 deposition_date	2006-01-17
结构标题 title	Cystathionine beta-lyase (cbl) from escherichia coli in complex with n-hydrazinocarbonylmethyl-2-trifluoromethyl-benzamide
关键词 keywords	PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX, PLP COFACTOR COVALENTLY BOUND TO P3F INHIBITOR, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.43 Å
零角强度 I(0) i0	115990000.00
分子量 molecular_weight	86630.0 kDa
排除体积 excluded_volume	108410 Å³
包络体积 envelope_volume	136930 Å³
水化壳体积 shell_volume	33692 Å³
包络直径 envelope_diameter	109.3 Å
壳层 Rg shell_rg	41.09 Å
包络 Rg envelope_rg	32.71 Å
形状 Rg shape_rg	33.46 Å
总 Rg total_rg	33.90 Å
总原子数 total_atoms	6099
残基数 n_residues	783
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	105.8 Å
Rg (实空间) rg_real	33.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.99 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1600e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9160e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	116000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8816
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	27.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.222
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.823
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	36680000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.898; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.876; Smooth: 0.886

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cystathionine beta-lyase
分子量 formula_weight	45432.6 kDa
EC 编号 ec_number	4.4.1.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7017

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMADKKLDTQLVNAGRSKKYTLGAVNSVIQRASSLVFDSVEAKKHATRNRANGELFYGRRGTLTHFSLQQAMCELEGGAGCVLFPCGAAAVANSILAFIEQGDHVLMTNTAYEPSQDFCSKILSKLGVTTSWFDPLIGADIVKHLQPNTKIVFLESPGSITMEVHDVPAIVAAVRSVVPDAIIMIDNTWAAGVLFKALDFGIDVSIQAATKYLVGHSDAMIGTAVCNARCWEQLRENAYLMGQMVDADTAYITSRGLRTLGVRLRQHHESSLKVAEWLAEHPQVARVNHPALPGSKGHEFWKRDFTGSSGLFSFVLKKKLNNEELANYLDNFSLFSMAYSWGGYESLILANQPEHIAAIRPQGEIDFSGTLIRLHIGLEDVDDLIADLDAGFARIV

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHORIC ACID MONO-(5-HYDROXY-6-METHYL-4-{[2-(2-TRIFLUOROMETHYL-BENZOYLAMINO)-ACETYL]-HYDRAZONOMETHYL}-PYRIDIN-3-YLMETHYL)ESTER
分子量 formula_weight	490.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	918

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2fq6a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.67 — PLP-dependent transferase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.67.1 — PLP-dependent transferases
家族 Family family	c.67.1.3 — Cystathionine synthase-like

结构域编号 domain_id	d2fq6b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.67 — PLP-dependent transferase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.67.1 — PLP-dependent transferases
家族 Family family	c.67.1.3 — Cystathionine synthase-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2fq6A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)

结构域编号 domain_id	2fq6A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1150 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aspartate Aminotransferase, domain 1

结构域编号 domain_id	2fq6B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)

结构域编号 domain_id	2fq6B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1150 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aspartate Aminotransferase, domain 1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	59.830 Å
晶胞边长 b length_b	153.470 Å
晶胞边长 c length_c	151.450 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.780 Å
最低分辨率 resolution_low	76.700 Å
R 因子 r_factor	0.1715
R_work r_work	0.1687
R_free r_free	0.2248

fit	/app/data/saxs_computation/fq/2fq6/2fq6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fq/2fq6/2fq6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fq/2fq6/2fq6.dat

Cystathionine beta-lyase (cbl) from escherichia coli in complex with n-hydrazinocarbonylmethyl-2-trifluoromethyl-benzamide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cystathionine beta-lyase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction