SAXSdb — 2ftu

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha-2-macroglobulin receptor-associated protein, domain 3

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 240–357	片段：residues 240-357	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：压力 AMBIENT	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2FTU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1LRE RECEPTOR ASSOCIATED PROTEIN (RAP) DOMAIN 1, NMR, 20 STRUCTURES 提交 1997-05-08	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 51–131（81 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, DOMAIN 1, RESIDUES 17 - 97	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.4；298 K	分辨率未提供
1NRE RECEPTOR ASSOCIATED PROTEIN (RAP) DOMAIN 1, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1997-05-08	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 51–131（81 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, DOMAIN 1, RESIDUES 17 - 97	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.4；298 K	分辨率未提供
1OP1 Solution NMR structure of domain 1 of receptor associated protein 提交 2003-03-04	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 51–132（82 aa）片段：Domain 1 of receptor associated protein	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；303.5 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM NaCl, 75 mM NaPi；压力 ambient NMR样品组成 ~1.2 mM 15N/13C isotope labeled D1 of RAP in a 50 mM NaCl, 75 mM NaPi, pH 6.5 \| 95% H2O and 5% D2O NMR样品组成 ~1.2 mM 15N/13C isotpe-labeled D1 of RAP in a 50 mM NaCl, 75 mM NaPi, pH 6.5 \| 99.99% D2O	分辨率未提供
1OV2 Ensemble of the solution structures of domain one of receptor associated protein 提交 2003-03-25	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 35–133（99 aa）片段：domain 1 of receptor associated protein	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；303.5 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM NaCl, 75 mM NaPi；压力 ambient NMR样品组成 ~1.2 mM of 13C/15N isotope labeled domain 1 of receptor associated protein \| 50 mM NaCl, 75 mM NaPi, pH 6.5	分辨率未提供
2FCW Structure of a Complex Between the Pair of the LDL Receptor Ligand-Binding Modules 3-4 and the Receptor Associated Protein (RAP). 提交 2005-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 249–357（109 aa）片段：Domain Three	突变：E215G	NA SODIUM ION × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 5 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；298 K；40% MPD, 100 mM HEPES, 75 mM NaCl, 1.25 mM CaCl2, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.26 Å R-free 0.200
2FCW Structure of a Complex Between the Pair of the LDL Receptor Ligand-Binding Modules 3-4 and the Receptor Associated Protein (RAP). 提交 2005-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 249–357（109 aa）片段：Domain Three	突变：E215G	NA SODIUM ION × 8 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 10 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；298 K；40% MPD, 100 mM HEPES, 75 mM NaCl, 1.25 mM CaCl2, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.26 Å R-free 0.200
2FYL Haddock model of the complex between double module of LRP, CR56, and first domain of receptor associated protein, RAP-d1. 提交 2006-02-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 51–131（81 aa）片段：Rapd1	未记录	CA CALCIUM ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；压力 ambient NMR样品组成 0.1mM [U-99% 15N]-CR56; 0.1mM RAPd1; H2O/D2O (90:10) \| H2O/D2O (90:10) NMR样品组成 0.5mM [U-99% 15N]-RAPd1; 0.5mM CR56; H2O/D2O (90:10) \| H2O/D2O (90:10) NMR样品组成 0.08 mM [U-99% 15N, U-99% 13C]-CR56; 0.08 mM [U-99% 15N, U-99% 13C]-RAPd1; H2O/D2O (90:10) \| H2O/D2O (90:10)	分辨率未提供
2P01 The structure of receptor-associated protein(RAP) 提交 2007-02-28	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 35–357（323 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.25；303 K；离子强度（mmCIF原始值）75 mM NaPi 50 mM NaCl；压力 AMBIENT	分辨率未提供
2P03 The structure of receptor-associated protein(RAP) 提交 2007-02-28	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 35–357（323 aa）片段：Residues 35-357	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.25；303 K；离子强度（mmCIF原始值）75 mM NaPi 50 mM NaCl；压力 AMBIENT	分辨率未提供
9QAW CryoEM structure of the human LRP2 receptor ectodomain in complex with LRPAP1 提交 2025-02-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric	链 K 35–357（323 aa）链 L 35–357（323 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 19 BMA beta-D-mannopyranose × 2 NGA 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose × 7 CA CALCIUM ION × 25 NI NICKEL (II) ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.34 Å

共 9 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AMRP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–118； UniProt 240–357

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2ftu
沉积日期 deposition_date	2006-01-24
结构标题 title	solution structure of domain 3 of RAP
关键词 keywords	domain 3; RAP; receptor-associated protein, LIPID BINDING PROTEIN; LIPID BINDING PROTEIN
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.33 Å
零角强度 I(0) i0	1185340000.00
分子量 molecular_weight	276650.0 kDa
排除体积 excluded_volume	340470 Å³
包络体积 envelope_volume	35395 Å³
水化壳体积 shell_volume	16405 Å³
包络直径 envelope_diameter	73.1 Å
壳层 Rg shell_rg	24.78 Å
包络 Rg envelope_rg	19.86 Å
形状 Rg shape_rg	18.30 Å
总 Rg total_rg	18.54 Å
总原子数 total_atoms	38680
残基数 n_residues	2360
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	65.1 Å
Rg (实空间) rg_real	19.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.19 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1900e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3140e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.92 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1185000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5603
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	16.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.646
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.234
角度范围 angular_range	— – 0.4250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	6.9380
最高正则化参数 α highest_alpha	567000.0000
实空间数据点数 n_real_points	74
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.642; Stabil: 0.903; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.494; Smooth: 0.159

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2ftua1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.13 — RAP domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.13.1 — RAP domain-like
家族 Family family	a.13.1.1 — RAP domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2ftuA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	81 — Receptor-associated Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RAP domain

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8. 引用文献 (1)

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描述 description	Alpha-2-macroglobulin receptor-associated protein, domain 3
分子量 formula_weight	13881.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	38680

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

fit	/app/data/saxs_computation/ft/2ftu/2ftu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ft/2ftu/2ftu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ft/2ftu/2ftu.dat

solution structure of domain 3 of RAP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha-2-macroglobulin receptor-associated protein, domain 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)