SAXSdb — 2ful

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Eukaryotic translation initiation factor 5

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 241–405	片段：residues 236-412	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；277 K；2.8M (NH4)2SO4, 0.1M MES pH6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.50 Å R-free 0.205
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 241–405	片段：residues 236-412	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；277 K；2.8M (NH4)2SO4, 0.1M MES pH6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.50 Å R-free 0.205
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 241–405	片段：residues 236-412	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；277 K；2.8M (NH4)2SO4, 0.1M MES pH6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.50 Å R-free 0.205
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 241–405	片段：residues 236-412	SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；277 K；2.8M (NH4)2SO4, 0.1M MES pH6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.50 Å R-free 0.205
5	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 241–405	片段：residues 236-412	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；277 K；2.8M (NH4)2SO4, 0.1M MES pH6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.50 Å R-free 0.205
6	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 241–405	片段：residues 236-412	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；277 K；2.8M (NH4)2SO4, 0.1M MES pH6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.50 Å R-free 0.205

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2FUL	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6FYX Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 N-terminal domain (model C1) 提交 2018-03-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric	链 m 1–405（405 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 117 ZN ZINC ION × 5 MET METHIONINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
6FYY Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 N-terminal domain (model C2) 提交 2018-03-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric	链 m 1–405（405 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 117 ZN ZINC ION × 5 MET METHIONINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.02 Å
6ZU9 Structure of a yeast ABCE1-bound 48S initiation complex 提交 2020-07-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：44-meric	链 m 1–405（405 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.20 Å
8S8J Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in closed conformation (model py48S-AUC-eIF5) 提交 2024-03-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：42-meric	链 m 1–405（405 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 115 ZN ZINC ION × 4 MET METHIONINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.70 Å
9F79 Crystal structure of the S. cerevisiae eIF2beta N-terminal tail bound to the C-terminal domain of eIF5 提交 2024-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 201–405（205 aa）链 B 201–405（205 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；283 K；0.4 M (NH4)2SO4, 0.08 M Li2SO4	分辨率 2.00 Å R-free 0.228

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IF5_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–170； UniProt 241–405 作者链 B； PDB构建体 6–170； UniProt 241–405 作者链 C； PDB构建体 6–170； UniProt 241–405 作者链 D； PDB构建体 6–170； UniProt 241–405 作者链 E； PDB构建体 6–170； UniProt 241–405 作者链 F； PDB构建体 6–170； UniProt 241–405

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2ful
沉积日期 deposition_date	2006-01-27
结构标题 title	Crystal Structure of the C-terminal Domain of S. cerevisiae eIF5
关键词 keywords	atypical HEAT motif, translation; TRANSLATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.38 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.66 Å
零角强度 I(0) i0	185099000.00
分子量 molecular_weight	112840.0 kDa
排除体积 excluded_volume	141940 Å³
包络体积 envelope_volume	196970 Å³
水化壳体积 shell_volume	41669 Å³
包络直径 envelope_diameter	164.3 Å
壳层 Rg shell_rg	43.47 Å
包络 Rg envelope_rg	41.80 Å
形状 Rg shape_rg	41.66 Å
总 Rg total_rg	41.76 Å
总原子数 total_atoms	7929
残基数 n_residues	970
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	153.9 Å
Rg (实空间) rg_real	41.69 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.20 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8510e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.8070e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	185000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8152
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	40.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.483
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.443
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15220000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.635; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.706; Smooth: 0.981

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Eukaryotic translation initiation factor 5
分子量 formula_weight	20412.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	9151

GSPEFVNSELTQLDEYGEWILEQAGEDKENLPSDVELYKKAAELDVLNDPKIGCVLAQCLFDEDIVNEIAEHNAFFTKILVTPEYEKNFMGGIERFLGLEHKDLIPLLPKILVQLYNNDIISEEEIMRFGTKSSKKFVPKEVSKKVRRAAKPFITWLETAESDDDEEDDELERPHRD

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	20

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	916

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	2fulA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 —

结构域编号 domain_id	2fulB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 —

结构域编号 domain_id	2fulC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 —

结构域编号 domain_id	2fulD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 —

结构域编号 domain_id	2fulE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 —

结构域编号 domain_id	2fulF01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	44.849 Å
晶胞边长 b length_b	64.536 Å
晶胞边长 c length_c	108.916 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	88.60 °
晶胞夹角 β angle_beta	86.57 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	74.93 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.500 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1770
R_free r_free	0.2050

fit	/app/data/saxs_computation/fu/2ful/2ful.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fu/2ful/2ful.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fu/2ful/2ful.dat

Crystal Structure of the C-terminal Domain of S. cerevisiae eIF5

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Eukaryotic translation initiation factor 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction